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Optimus se bat pour survivre après la destruction de la base Autobot; les membres séparés de l'équipe Autobot "Prime" essaient de se reconnecter.

Les Autobots tentent de chercher des signes des autres Autobots, les Décepticons accueillent un nouveau dans leurs rangs; une victoire de Wheeljack pourrait conduire à une défaite des Autobots.

Un nouvel Autobot, Ultra Magnus, arrive au même moment que les Décepticons libérent leur chasseur ultime "Predaking".

Les Décepticons qui rispostent farouchement à l'assault contre la citadelle des Décepticons par l'équipe Prime (Autobots) dirigés par Ultra Magnus qui tentent le tout pour le tout pour une victoire anticipé avec l'aide d'un courageux Autobot: Le retour d'Optimus remis sur pied de ses blessures par le marteau de Solus.

Les Décepticons lancent un nouveau plan pour cloner une armée de bêtes.

Starscream est chargé par Megatron du dressage de la Bête. Ce n'est pas une mince affaire, mais c'est le meilleur moyen de contrer les Autobots qui viennent de découvrir et d'investir la mine d’extraction des ossements de Bêtes...

Un nouvel os de Predacon est découvert dans un musée. Mais Optimus n’est pas rentré avec son équipe. L'agent Fowler et June décident de récupérer seuls le précieux vestige. Mais ils tombent dans les bras de Knock Out...

Starscream découvre que Knock Out utilise Cylas comme cobaye pour ses expériences sur l'énergon synthétique. Il y voit une chance de surpasser Shockwave et son Predacon, en essayant de construire son propre super soldat...

Mégatron questionne les résultats du projet Prédacon.

Les Autobots interrogent un ennemi capturé, Soundwave, pour des informations concernant les plans de Mégatron; Mégatron relance un vieux projet.

Mégatron demande de l'aide à Ratchet; Optimus s'attaque au Prédacon.

Les Autobots tentent de sauver l'un des leur (Ratchet) en traquant le vaisseau "Némesis" des Décepticons.

Au moment où les Autobots sont enfin en mesure de prévoir un révitalisation de leur planète d'origine, ils doivent, aux côtés de leurs compatriotes humains, confrontés les vils Decepticons déterminés dans une bataille finale pour l'avenir ultime de la civilisation.