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John Doe se retrouve naufragé sur une île au large de Seattle. Secouru par des pêcheurs asiatiques, il se découvre peu à peu de nouvelles aptitudes : il se met, entre autres, à parler couramment leur langue, qu'il ignorait auparavant. De retour sur terre, il apprend l'enlèvement d'une fillette, dont il voit la photo en couleurs alors qu'il est daltonien. Persuadé qu'elle est la clé de son existence, il va tout faire pour la retrouver...

Tout en cherchant à découvrir qui il est et d'où il vient, John utilise ses extraordinaires capacités pour résoudre une affaire de meurtre : un individi est retrouvé dans une piscine dont l'eau a été colorée par du sang humain.

La Police demande à John Doe de l'aider sur une affaire de plusieurs meurtres où les victimes ont été coupées en deux. Dans le même temps, John va essayer de retrouver la mémoire en subissant des tests mais les résultats disparaîssent avec le médecin...

John Doe enquête sur son sosie des années 1960 qui serait un assassin. Pour en savoir plus, li décide d'interroger la veuve qui ne dira qu'un seul mot en voyant John : Assassin...

Lorsqu'un homme nu, amnésique et portant la même marque que lui apparaît sur une plage de Horseshoe, John Doe pense immédiatement que cet inconnu peut l'aider à découvrir sa propre identité. Mais l'homme disparaît de sa chambre d'hôpital. Doe se lance dans une enquête qui le mène à un mystérieux medecin...

Menant l'enquête sur un crime complexe commis au Musée d'Art de Seattle, John déchiffre rapidement la méthode qui a été employée, mais une caméra de sécurité montre son assistante, Karen, s'échappant par une porte de côté...

Wesley et sa mère apprennent à John Doe qu'il serait le père du jeune garçon, d'après les informations recueillies à la banque de sperme. Pour en avoir le coeur net, John décide de consulter la liste des donneurs : deux d'entre eux sont morts. Mais surtout, il découvre qu'ils ont été assassinés et leur cerveau prélevé. Pour éviter à d'autres hommes de subir le même sort, il se met à leur recherche...

Le meurtre d'un détective privé par un homme en imperméable conduit John à la maison de Theresa. Là-bas, une femme mystérieuse, qui l'appelle Thomas Crowder, l'apostrophe puis l'enlève avec l'aide du meurtrier. Plus tard, elle lui affirme qu'il est le fils d'un fermier de l'Idaho. Souffrant d'une maladie du cerveau, lui et deux autres enfants auraient été soignés par une organisation secrète.

John Doe s'apprête à savourer quelques jours de vacances. Dans l'avion qui l'emmène à Londres, il fait la connaissance de Rachel Penbroke, sa voisine, une charmante neurologiste. Subitement, un passager s'écroule sous leurs yeux. John est persuadé qu'il a été empoisonné. Théorie confirmée par Rachel. A leur tour, le copilote puis le commandant décèdent...

Un serial killer sème la terreur en ville et défie John Doe en laissant sur les lieux de ses crimes des cartes de visite. De quoi intriguer Doe, d'autant qu'il découvre, imprimé sur les cartes, un mystérieux symbole... le même que celui qu'il porte tatoué sur son torse et dont il ne connaît toujours pas la signification. De justesse, John parvient à sauver Lenny Pescoe, victime des agissements du détraqué. Mais pour le tueur, la partie de jeu de piste n'est pas terminée...

Lenny Pescoe continue de défier John. Cette fois, c'est Jamie Avery qu'il enlève. Et il prend un malin plaisir à envoyer à Doe quantité d'indices énigmatiques assortis de menaces de mort. Confronté à l'incompétence du nouvel inspecteur en charge de l'affaire, John Doe et Digger prennent les choses en main ; ils vont tendre un piège au tueur en série...

John Doe aide la police à résoudre le mystérieux meurtre d'un jeune disc-jockey de Seattle. Par ailleurs, il fréquente avec toujours autant d'assiduité Rachel Pembrocke, la neurologiste. Doe hésite cependant à poursuivre cette relation, qui pourrait déboucher sur une histoire d'amour, tant le tourmente l'ignorance qu'il a de son passé...

John et Franck enquêtent sur l'enlèvement d'une adolescente, Lisa, qui se baladait en forêt avec sa petite soeur. C'est la quatrième disparition en trois semaines dans le même secteur. Mais les victimes n'ont rien en commun. John remonte néanmoins la piste du kidnappeur jusqu'à une ancienne mine désaffectée. Il remarque une fosse fraîchement creusée et fait inspecter le sol. La police déterre quatre cadavres : ce ne sont pas ceux des disparus. En appliquant de la pâte à modeler sur les crânes des victimes, Doe réussit à reconstituer les visages. Il identifie ainsi les membres de la famille Murchison, morts dans un accident de voiture...

De retour d'une exposition à laquelle participait Karen, John et la jeune femme trouvent l'appartement dévasté. La pièce «interdite» a été vidée de toutes ses archives. En activant la souris de l'ordinateur, John enclenche une bombe à retardement. Il se précipite à l'extérieur pour couper le courant. Quand il revient, Karen a disparu. Aidé de Frank, John piste des suspects, sourds et muets comme les membres du groupe «Phoenix». C'est dans un entrepôt qu'il retrouve leurs corps : suicide collectif au cyanure.Tandis que que Karen est interrogée par ses ravisseurs, John, lui, est enlevé par la NSA...

Frank est chargé de retrouver Felicity, Lisa et Connie, trois jeunes femmes qui ont disparu. Delphine Young, qui prétend être voyante, lui propose son aide. Elle les emmène, lui et Jamie Avery à Palmer Park où sont enterrés les corps de Felicity et Lisa. John constate que les cadavres portent les mêmes stigmates : traces de ligatures aux poignets, artère sectionnée et marques d'agressions sexuelles. Toutefois, Delphine est incapable de localiser la dernière victime. Au moment où John commence à douter de ses dons, elle a une nouvelle vision: il faut chercher dans les cuisines de la cafétéria où Connie travaillait.

En pleine forêt, près d'une base militaire, Ryan et ses amis assistent au crash d'un mystérieux objet lumineux d'où émerge une forme étrange. Persuadé qu'il s'agit d'un extraterrestre, Ryan arme son fusil et tire. En s'approchant du cadavre, il découvre stupéfait que la victime est vêtue d'une combinaison d'astronaute. Le lendemain, Frank et Jamie Avery apprennent qu'ils sont dessaisis de l'affaire. Le colonel Dunagan emporte la dépouille et annonce à la presse que Nelson Barnes, un militaire de l'US Air Force est mort accidentellement. Intrigué, John pirate les images d'un satellite militaire et remarque une forme circulaire identique à celle qu'il a vue sur l'île où il s'est réveillé.

Ken Rothman, un ex-flic dont Jamie Avery a obtenu le renvoi pour violences, parvient à s'introduire dans le QG des forces de l'ordre, et à en prendre le contrôle avec l'aide d'un commando. Retenant une partie du staff en otage, il formule son exigence : être réintégré dans les rangs de la police ! John Doe, qui a réussi à s'échapper, rampe dans les conduits d'aération. Bientôt, il découvre avec effroi que Rothman et ses sbires possèdent des échantillons du virus de la variole.

Une mallette verrouillée est dérobée à une femme nommée Paulette. Celle-ci demande de l'aide à John et lui explique que la valise lui avait été confiée par Moretti, un scientifique décédé qui travaillait sur un procédé d'intensification des performances du cerveau humain. John accepte d'aider Paulette, car il pressent que ces recherches ont peut-être un lien avec lui. L'enquête mène John à la maison du scientifique et à une agence on-line d'escort-girls, pour laquelle Paulette travaille. John ouvre la mallette, qui contient un plan de la ville. Celui-ci le mène à un sous-sol où d'étranges expérimentations sont menées...

A la suite d'un coup de foudre - au sens propre - John voit en couleur mais a perdu tout son savoir, ce qui est très embêtant car la police a besoin de lui...

Avant-dernier épisode de la série qui annonce la couleur du dernier : Rouge, comme le Phénix... En effet, un homme trouve la mort en s'échappant d'un centre pour surdoués handicapés, caché au beau milieu de la forêt ! Digger voit en la victime son frère d'arme... John et lui décident alors d'en savoir plus et découvrent que des médecins effectuent des tests de Télévoyance sur des innocents...

Alors qu'il prend un verre dans un bar, John Doe est hanté par des visions insupportables, dont il ne parvient pas à saisir le sens. Optimiste, Digger suppose que son ami est peut-être en train de retrouver la mémoire... Au fil des heures, les hallucinations devenant de plus en plus nettes, Doe parvient à y distinguer la forme de pylônes électriques. Dans le même temps, la police découvre un cadavre atrocement mutilé sous une ligne à haute tension. Alerté, John Doe se rend sur les lieux. De son oeil infaillible, l'amnésique omniscient repère une écaille de poisson collée sur l'un des bras de la dépouille. Un indice qui le conduit rapidement jusqu'à une conserverie, non loin de là.