Tutti gli episodi

John Doe si risveglia su di un'isola al largo delle coste di Seattle. Tratto in salvo da alcuni pescatori asiatici, con i quali l'uomo ha parlato fluentemente, Doe sembra non rammentare assolutamente nulla del suo passato. Più tardi si convince che una ragazza che è appena stata rapita potrebbe avere le risposte che cerca ed affianca perciò l'ufficiale di Polizia che si sta occupando del caso.

John Doe usa le sue abilità per risolvere un caso di omicidio, iniziato quando un uomo si è tuffato in una piscina coperta di sangue umano. Le indagini contribuiscono a fermare un traffico di immigrati clandestini. Karen viene licenziata e quindi prova a convincere John che ha bisogno di un'assistente. Una donna misteriosa potrebbe avere alcune informazioni sull'identità di John.

Frank chiede a John di aiutarlo in un caso di omicidio nel quale l'assassino taglia in due pezzi le sue vittime. Il primo sospetto è un uomo ricoverato in un manicomio che afferma di poter lasciare l'edificio durante i suoi sogni. John insegue il fratello gemello dell'uomo, divenuto un transessuale. Il medico che ha sottoposto John ad una seduta viene ucciso dalla stessa donna misteriosa.

I resti di uno scheletro vengono rinvenuti durante i lavori in un cantiere. Le indagini sul proprietario conducono ad un uomo di nome Prescott, che nel 1960 acquistò il terreno, e ad una donna anziana, la quale, alla vista di John, lo apostrofa come assassino. Karen si convince che John sia un viaggiatore del tempo. Altri indizi fanno supporre che John potrebbe essere il figlio di Prescott.

Un altro uomo nudo e privo di memoria emerge dalle acque vicino a Horseshoe Island. Doe si convince di un legame fra la sua identità perduta e questo nuovo uomo misterioso. Ma quando quest'ultimo scompare misteriosamente ed un medico offre a John tutte le risposte, l'intera faccenda si complica. Doe si ritrova alla mercé di un chirurgo intenzionato a privarlo per sempre del suo cuore.

John indaga sul furto di un anello avvenuto al museo, crimine che sulle prime sembra coinvolgere Karen. La giovane è collegata con il principale sospetto, un fotografo di nome Max Clark, che però possiede un alibi. Quando il corpo della vittima del museo scompare, John scopre che a sottrarre il cadavere, e quanto conteneva, è stato Clark, il quale a sua volta era in combutta con la donna morta.

Il giovane Wesley e sua madre affermano che i registri della banca dello sperma, alla quale a suo tempo si rivolse la donna, indicano che John è il padre del ragazzo. John si ritrova coinvolto in un mistero e scopre che due donatori della banca sono stati uccisi ed i loro cervelli rimossi. John lotta contro il tempo per scoprire l'assassino, ma al tempo stesso deve proteggere il piccolo Wesley.

La morte di un detective privato conduce John sulle tracce della donna dai denti gialli. Un gruppo di persone catturano John e gli raccontano del suo passato: egli era il figlio di un contadino dell'Idaho, colpito da un morbo fatale al cervello. L'organizzazione ha provveduto a curarlo insieme ad altri due bambini, una dei quali era Theresa, come parte di un "Programma". Doe si reca in Idaho.

Doe si imbarca su di un volo per Londra e conosce una donna di nome Rachel. Quando un passeggero e uno dei piloti muoiono durante il viaggio, tutti assassinati, mentre l'altro pilota è stato messo fuori gioco, John prende i comandi dell'aereo e cerca di stabilizzarne la quota. Scopre inoltre che il vero bersaglio del killer era Rachel.

John è costretto a giocare una sorta di partita a scacchi con un assassino che sembra conoscere molte cose del suo passato ed è strettamente collegato con il misterioso simbolo sul petto dell'uomo. John lotta contro il tempo per salvare la vita di un addetto alle fognature, che però si rivela essere il serial killer. Quest'ultimo nel frattempo ha rapito Stella e costringe John ad una scelta.

Lenny continua la sua lotta con John e stavolta rapisce Avery. Ostacolati da un nuovo capitano, John e Digger continuano da soli le indagini. John si incontra con Frank e i due arrivano alla conclusione che gli uomini della Polizia stanno per cadere in una trappola. Frank accidentalmente spara a John e permette così a Lenny di fuggire ancora. Ma questa volta a condurre il gioco non è più il killer.

John indaga sulla morte di un disc-jockey che sembra essere deceduto per semplici cause naturali. Nel frattempo, l'uomo cerca di venire a capo dei suoi dubbi in merito al fatto di avere o meno una relazione con Rachel. L'indagine sul decesso del disc-jockey evidenzia che la vittima è stata uccisa da un suono che ha oltrepassato l'impianto che lo proteggeva dagli attacchi di epilessia.

John e Frank indagano sul misterioso rapimento di una ragazza. Le prove sembrano indicare che il rapitore sia un uomo mentalmente instabile che sta cercando di rimpiazzare, pezzo per pezzo con altri individui, i membri della famiglia che ha perso tragicamente. Quando il sospetto riesce a fuggire, John e Frank cercano di fermarlo prima che questi uccida sé stesso e tutta la famiglia.

Il misterioso gruppo che perseguita John rapisce Karen, convinti che la giovane sappia qualcosa su di un oggetto. Durante la ricerca, John viene fermato da alcuni agenti della NSA, in cerca di informazioni su "Fenice". Karen contatta John e lo indirizza a Horseshoe, dove lui e Digger rinvengono il cadavere della ragazza. Denti Gialli è ancora viva e, prima di morire, rivela a John che lui è la Fenice, mentre il misterioso oggetto, un bastone pastorale, compare in Vaticano.

John comincia a soffrire di incubi mentre aiuta la Polizia ad investigare sulla morte di alcune giovani ragazze. Una medium aiuta i detective a localizzare due cadaveri all'interno di un parco. Per ritrovare il corpo di una terza ragazza, Delphine conduce i poliziotti nello stesso parco dove vengono rinvenuti dei resti umani vecchi di 5 anni. Intanto, John scopre la verità sulle intuizioni di Delphine.

Alcune strane luci nel cielo e la successiva morte di un astronauta convincono John della possibilità di ottenere le tanto agognate risposte sulla sua identità. Così, insieme a Digger e Frank, si inoltra nel bosco e giunge sul luogo dell'ultimo avvistamento dove individua una costruzione con al suo interno altri cadaveri. Jamie inizia un'altra indagine nonostante l'opposizione dei militari.

Ken Rothman, un ufficiale di Polizia licenziato da Avery a causa del pestaggio di un sospetto, inscena la sua morte e riesce così a penetrare nel Quartier Generale della Polizia. Qui, prende in ostaggio la maggior parte del personale. L'uomo pretende che la sua reputazione venga riabilitata. John scopre che Rothman possiede ed intende usare alcune fiale del virus del vaiolo.

Una donna di nome Paulette chiede aiuto a John per ritrovare una valigetta. Uno scienziato morto ha sviluppato dei chip capaci di immagazzinare i ricordi e la coscienza di un essere umano. La valigetta contiene degli indizi che conducono John ad un magazzino dove pazienti in stato comatoso vengono utilizzati come cavie negli esperimenti. E c'è una connessione fra gli scienziati e la Fenice.

John viene colpito da un fulmine in pieno torace. Questo gli consente di vedere a colori, ma al tempo stesso John realizza di aver perso la sua enciclopedica conoscenza. Questo brutto momento coincide con le azioni di un killer che riesce a colpire per ben tre volte. Si scopre che in realtà l'assassino non è una sola persona, bensì due sorelle, le quali cercano di attirare John in una trappola.

Digger riconosce nella foto di un uomo investito il fratello di sangue Jay Dougan. John riesce a vedere la foto dell'uomo a colori. I due si recano a Northam dove scoprono che Jay era fuggito da un istituto dove i pazienti vengono drogati e usati per vedere eventi a distanza. John scopre inoltre un collegamento del Seneca Institute con la NSA, il dottor Moretti, un gruppo di terroristi ed il gruppo Fenice.

John sperimenta alcune bizzarre visioni che lo conducono alla vittima senza volto di un omicidio e ad uno stabilimento dove si trovavano gli uomini dell'organizzazione Fenice. La vittima era un agente della NSA sotto copertura; per questo motivo John incontra Sam Clarkson e i due collaborano per incastrare l'uomo con il soprabito. Scoprono che questi non è sordo e parla fluentemente il latino ed il sanscrito. L'uomo rivela a John che Michael è ancora vivo e potrebbe essere la chiave del mistero. Poi usa alcune abilità mentali per fuggire. Sam conduce John da Doya, il quale sottopone l'uomo a dei test che rivelano dove si trovano Theresa e Michael. Questi ultimi, intanto, scoprono l'ubicazione del bastone pastorale: il Vaticano. L'uomo con l'impermeabile uccide Michael e, insieme all'uomo col berretto di lana, fugge portandosi dietro Theresa. John cerca di liberare la donna quando un fascio di luce illumina il volto dell'uomo col berretto di lana: si tratta di Digger.