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Après des années d'internement, Zack Addy, l'ancien interne du Dr Brennan, s'est évadé de l'hôpital psychiatrique et a enlevé son ancien mentor pour la convaincre de son innocence dans l’affaire du Marionnettiste, qu'il n'est pas le tueur en série. À la surprise de Booth et de l'équipe du Jeffersonian, Brennan le croit et accepte de l’aider à se disculper.

Un spécialiste en intelligence artificielle est retrouvé mort dans des bois. Au cours de l'enquête, l'altruisme du scientifique est remis en question. Brennan se prépare à fêter ses 40 ans et son entourage s'étonne de ne pas la voir très enthousiaste, d'autant qu'Angela et Daisy ont des projets d'avenir ambitieux.

Les restes d'une personne âgée sont retrouvés dans une décharge sauvage de barils d'acide. L'enquête parmi les résidents de la maison de repos de la victime amène l'équipe du Jeffersonian à réfléchir à leur avenir personnel.

Un corps rongé par les rats est retrouvé dans un parc. Brennan l'identifie vite comme celui d'Aldo Clemens, un ancien sniper de l'unité de Booth devenu prêtre et qui semble avoir sombré dans la drogue. Aubrey a du mal à se concentrer sur l’affaire car son père, criminel en col blanc en fuite depuis des années, est de retour aux États-Unis.

Un corps est retrouvé dans un terrain vague, défiguré par cinq coups de fusil. L'équipe du Jeffersonian identifie la victime comme un tuteur particulier pour de futurs élèves d'universités prestigieuses. En collectant des preuves, Hodgins libère des araignées dans le bureau du Dr Saroyan et préfère ne rien dire. Aubrey découvre que son père est à Washington et ne sait pas comment réagir.

Le corps démembré d'une femme a été retrouvé dans une cuve de déchets animaux. La victime était une golfeuse reconvertie dans les compétitions de bûcherons, un milieu que Booth et Brennan décident d'infiltrer. En parallèle de l'enquête, Hodgins décide de reprendre le dossier qui a fait condamner Zack.

Le corps d'une femme âgée sans histoire est retrouvé en forêt. En commençant à enquêter sur la vie de la victime, le FBI découvre qu'elle a été torturée par celui qui traque Booth pour avoir tué un tyran serbe en 1995. La famille de Booth est également visée, dont Max Brennan et les enfants du couple.

Depuis la mort de son père, Brennan s'enferme dans le travail. Booth essaie de la soutenir mais une affaire l'oblige à partir pour le Canada, où une américaine a été retrouvée morte échouée sur la côte. L'équipe du Jefferson s'inquiète de voir qu'au moment où Booth part, Tim Sullivan réapparait dans la vie de Brennan.

Hodgins s'est replongé dans l'affaire Gormogon mais il est dans l'impasse et demande l'aide de la seule personne de confiance pour cette affaire, l'ex-psychiatre Dr Gordon Wyatt. Le Jeffersonian travaille sur les restes d'un pilote de derby retrouvé déchiqueté par une moissonneuse.

Un réalisateur de nanars est retrouvé mort, l'équipe du Jefferson va enquêter sur ce meurtre avec l'aide en grande partie de l'agent James Aubrey, auquel Booth a confié les rênes de l'enquête. Pendant ce temps, Brennan va se remettre en question sur son métier et cela va pousser Wendell, un de ses internes, à faire de même.

L'équipe célèbre le mariage de Camille et Arastoo, mais chacun a ses projets pour l’avenir : Aubrey pense à partir pour Los Angeles, Angela attend un 2e enfant… Le lendemain, l'équipe du Jeffersonian est appelée sur une affaire urgente : un corps a été retrouvé et tout indique que Mark Kovac, l'homme qui a tué Max Keenan, s'est évadé grâce à la victime et a une bombe.

Brennan, Booth, Angela et Hodgins ont survécu à l'explosion du laboratoire mais sont coincés dans les décombres. Alors qu'à l'extérieur, ses collègues ignorent leur état de santé et si les preuves contre Kovac sont définitivement perdues, Brennan réalise qu'un choc à la tête l'a privé de ses capacités intellectuelles. C'est alors aux internes (Daisy, Jessica, Clark, Arastoo & Wendell ) de résoudre cette affaire.