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L'ultimo capitolo di BONES riparte dal colpo di scena della scorsa stagione: la Brennan era stata rapita dal suo ex assistente, Zack Addy, e Booth e i suoi colleghi di laboratorio la cercano disperatamente. Tuttavia, il salvataggio della Brennan è solo l'inizio dei loro problemi.

Dopo aver scoperto il cadavere di un uomo coinvolto nella creazione di robot con intelligenza artificiale, il team deve capire se il bot della vittima era programmato per ucciderlo. Nel frattempo, per i suoi 40 anni, Bones pianifica una sorpresa speciale per tutti.

Quando il corpo di un anziano viene trovato in una discarica di acido, il team resta invischiato nei drammi di una casa di riposo. Mentre il caso viene affrontato, discorsi sul matrimonio e sui figli iniziano a dominare la conversazione in laboratorio.

Il team indaga sull'omicidio di una persona nel passato di Booth e della Brennan. Nel frattempo, Aubrey affronta un dilemma morale quando scopre che suo padre si è rifatto vivo.

Quando si scopre il cadavere di un tutor di studenti privilegiati, il team interroga tutti i possibili autori del delitto, da genitori scontenti al compagno di stanza del tutor con precedenti penali. Nel frattempo, Bones è frustrata dalla voce del suo audiolibro e vuole dimostrare di poterlo registrare lei stessa.

Il team indaga su un omicidio durante una gara di taglialegna.

Booth e la Brennan sono in allerta.

La recente scomparsa di un conoscente crea una frattura fra Booth e la Brennan, poiché i due affrontano il dolore in modo diverso. Nel frattempo, spunta una vecchia fiamma dal passato della Brennan.

Quando un giovane muore in un terribile incidente in una pressa per balle di fieno, Booth, la Brennan e Aubrey si recano, sotto mentite spoglie, in un turbolento demolition derby per indagare. Nel frattempo, il dottor Gordon Wyatt fa ritorno e assiste Hodgins e Cam quando finiscono in un vicolo cieco nel caso Gormogon.

Quando il corpo di un aspirante scrittore/regista, in fiamme e pieno di lividi, si schianta su un'auto di passaggio, il team indaga su una serie di strane location e personaggi legati al suo film. Nel frattempo, Bones vuole che il dottor Mayer la conduca verso il significato della passione sul posto di lavoro, mentre Booth lascia che Aubrey prenda le redini del caso in corso.

Il team racconta nuovi inizi e vecchie ferite in questo penultimo episodio.

Con Kovac ancora in libertà, la squadra cerca di rintracciarlo in ogni modo. Dopo che la Brennan sperimenta una battuta d'arresto, il resto del team deve capire come trovare Kovac senza di lei, mettendo in pratica tutto ciò che lei ha insegnato loro negli anni. Quando ogni indizio indica che Kovac ha un aiuto esterno, e anche un nascondiglio, Booth e la Brennan vanno a cercarlo.