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L'équipage du Serenity se voit confier une mission très simple par un puissant truand dénommé Niska : dérober deux boites lors de leur transport en train. Mais les choses se compliquent très vite...

Le Serenity rencontre un vaisseau non identifié en plein espace. N'obtenant aucune réponse, le capitaine Reynolds décide de l'inspecter.

Après avoir aider un village à se débarrasser d'un groupe de pillards, le Serenity reprend son périple. Le capitaine se rend vite compte qu'il a embarqué un bien étrange passager clandestin.

Le Serenity débarque sur Canton où l'équipage doit récupérer de la marchandise. Mais la situation se complique lorsqu'ils s'aperçoivent que la dernière visite de Jayne sur la planète n'est pas passée inaperçu.

Alors que l'équipage célèbre l'anniversaire de Simon, une explosion se produit à bord du Serenity. La vie de tous étant en jeu, Malcolm est obligé de prendre une décision difficile.

Lors d'un bal, Malcolm frappe un client d'Inara qui lui avait manqué de respect. Ce que le capitaine ignore, c'est la façon dont ce genre de duel se règle sur Perséphone...

Alors qu'ils livrent de la marchandise à des clients, l'équipage du Serenity est pris dans une fusillade. Le pasteur Book est gravement touché mais Simon reste introuvable.

Voulant découvrir ce que l'Alliance a fait à sa sœur, Simon engage l'équipe du Serenity pour une mission périlleuse : pénétrer dans un hôpital de la planète Ariel.

En route vers des clients intéressés par la marchandise dérobée à l'hôpital de Ariel, le Serenity est repéré par Niska qui en profite pour se venger du capitaine Reynolds qui avait refuser de remplir un contrat pour lui.

Alors que l'équipage du Serenity se pose des questions sur la dangerosité de River, un chasseur de prime s'introduit à bord du Serenity pour capturer River et Simon et ainsi toucher la récompense promise par l'Alliance.

Inspectant une épave abandonnée au milieu de l'espace, l'équipage du Serenity est repéré par un vaisseau de l'Alliance. Parvenant à s'enfuir avec de la marchandise qu'ils n'arrivent pas à écouler, ils sont contraint de rendre visite à une vieille connaissance du capitaine.

Saffron, "ex-femme" du capitaine Reynolds, réapparaît et propose une nouvelle mission à l'équipage du Serenity : voler un objet très précieux à un ancien membre de l'Alliance. Malgré la suspicion générale, Malcolm accepte.