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Il s'agit d'une adaptation faisant suite aux animes déjà existants (il adapte donc la partie Sigma). L'histoire de Full Metal Panic! se centre sur Sôsuke Sagara, soldat d'élite de 17 ans, chargé de protéger Chidori Kaname, dont les pouvoirs sont convoités par une organisation criminelle.

À Tokyo, Sousuke et Kaname fuient les agents ennemis dans une tentative désespérée de rendez-vous avec leurs alliés. Sur l'île de Mérida, Mithril lutte pour répondre à un assaut féroce et démoralisant des forces d'Amalgam.

L’équipe SRT a les mains plus que pleines pour essayer de protéger l’île de Mérida de trois Behemoths déchaînés. Sousuke et Kaname tentent de faire face à leur propre situation frénétique, alors que Kurama d’Amalgame entraîne les élèves du lycée Jindai dans la mêlée.

Sousuke et Kaname travaillent ensemble pour sauver Kyoko et tout le monde au lycée Jindai, et ils atteignent tous les deux un point où ils doivent prendre des décisions difficiles et fatidiques. Tessa essaie également de sauver autant de son peuple que possible en abandonnant la base de l’île.

Sousuke se rend dans la ville de Namsac, où les gens parient sur des combats entre esclaves désarmés. Grâce à un peu de sérendipité, il rencontre une propriétaire d’équipe nommée Nami à l’arène juste au moment où elle cherche un opérateur AS.

Alors qu’il connaît un succès considérable en combattant dans l’arène pour l’équipe de Nami, Sousuke commence à s’habituer à sa nouvelle vie à Namsac. Mais de petites choses lui rappellent qu’il est venu dans cette ville avec un but précis en tête.

L’équipe de Crossbow prend part à sa première bataille illégale, mais des forces néfastes sont à l’œuvre dans les coulisses. Si Sousuke ne joue pas bien ses cartes, cette première bataille pourrait être la dernière.

La rancune de Sousuke contre Kurama dégénère en une véritable guerre de tirs dans les rues de Namsac, mais est-il possible pour lui de mener cette guerre tout seul ? Et chaque guerre a son lot de victimes.

Lorsque Tessa est retrouvée errant hébétée et pieds nus sur une autoroute californienne, son psychiatre traitant pourrait bien être dans le cas de sa vie. L’histoire racontée par Tessa ressemble à une illusion complexe, mais parfois la vérité est plus étrange que la fiction.

Sousuke qui sont attaqués par amalgame. Les raids se rapprochent également de Sousuke qui ne peut pas encore guérir ses blessures. D’autre part, Tessa, qui a manqué Fowler un peu plus tard, promet Leonard et l’amalgame.

Lemon détermine l’endroit où Kaname est probablement retenu captif, alors Sousuke et son groupe hétéroclite lancent une mission de sauvetage. Mais de nombreuses forces sont en mouvement en cette nuit orageuse, et la mission ne se déroule pas tout à fait comme prévu.

Leonard et Kalinine font tout leur possible pour éloigner Kaname avant que Sousuke ne puisse l’atteindre. Alors que la bataille éclate entre les factions rivales d’Amalgame et les restes de Mithril, Sousuke et Kaname se retrouvent tous deux à devoir se battre contre le destin pour garder espoir.