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Depuis le final de la première saison la Section 9 est officiellement dissoute. Une prise d'otage, menée par un groupuscule nommé "Les 11 individuels", vient changer la donne. Dépassé par les événements le gouvernement en appelle à Aramaki. De la réussite de cette mission dépend l'avenir de la Section 9.

Gino, ancien militaire, transporte des personnalités dans un hélicoptère. Il rêve de changer le monde en tuant les personnes qu'il croit compromises.

La section 9 simule une tentative de cambriolage pour s'infiltrer chez Mr Todokoro et récupérer des documents compromettants dans son coffre-fort.

Lors d'un exercice d'entraînement militaire, un pilote d'hélicoptère décède d'une crise cardiaque. Cependant, l'IA de soutien prend le contrôle de l'appareil et refuse d'obéir aux ordres de retour du commandement.

Le premier ministre ayant reçu des menaces de mort, la section 9 se retrouve chargée de sa protection.

Le corps d'un individu ayant menacé le gouvernement est retrouvé détruit. Togusa est chargé de l'enquête qui va le conduire à Tokyo.

La section 9 est chargée de transporter du Plutonium à travers un centre de réfugiés. Gōda les accompagne.

Pendant que Ishikawa enquête sur Gōda, le reste de l'équipe est sur la piste d'un suspect dans l'affaire des 11 individuels.

Alors que des attentats-suicides se succèdent, le major infiltre un super ordinateur gouvernemental pour enquêter sur Gōda.

En rentrant chez lui, Togusa tente de porter secours à une jeune femme en vain. Il parvient néanmoins à neutraliser le tireur ce qui va lui porter préjudice lors du procès immédiat.

Lors de tests de recrutements pour la section 9, le major Kusanagi se retrouve dans un univers rempli des souvenirs de différentes personnes.

Ishikawa et Borma fouillent la mémoire de Kawashima à la recherche de pistes sur les onze individuels alors que Kusanagi part à la poursuite de Kuze qui a tenté d'assassiner le premier ministre et qui vient d'être localisé.

Alors que la section 9 suit la piste d'un artisan du visage, quelqu'un se faisant passer pour Paz commet des meurtres.

Au cours d'une partie de poker, Saito raconte une histoire sur ce que serait son passé, bluff ou réalité ?

Les Tachikomas débattent sur l'affaire des onze individuels ainsi que sur leur "ghost".

Le premier ministre a convoqué Aramaki au sujet de la menace d'une révolte des réfugiés à Dejima. À la section 9, Ishikawa revient d'un voyage en Corée et fait son rapport sur son enquête sur Kuze.

Motoko Kusanagi se rend à Taïwan pour enquêter sur Hideo Kuze où elle rencontre un jeune réfugié ayant côtoyé Kuze. Elle va devoir le sortir d'affaire.

Motoko et Batō tentent d'intercepter un terroriste international, poseur de bombe, à Berlin. Batō y rencontre une jeune infirme qui l'intrigue.

Alors que les réfugiés asiatiques de Dejima déclarent leur indépendance, la section 9 se rend sur l'île pour tenter de capturer Kuze qui devrait s'y trouver.

Kuze va acheter du Plutonium à un mafieux russe pour faire de Dejima une puissance nucléaire. La section 9 se rend sur l'île d'Etorofu où doit avoir lieu la transaction.

Kuze a réussi à échapper à la section 9 et prend la direction de Dejima.

Une bombe nucléaire a été trouvée à Fukuoka, plus de 30 millions de personnes ont été évacuées depuis cinq jours pendant que des démineurs inspectent l'engin.

La section 9 se dirige vers Spring 8 pour y amener le Plutonium. Pendant ce temps, la loi martiale est décrétée et l'armée se déploie autour de l'île de Dejima. Le major décide de changer de plan et d'amener une partie du Plutonium sur Dejima.

Le premier ministre est démis de ses fonctions pour avoir fait appel à l'ONU. Kusanagi et le reste de la section 9 sont séparés à leur arrivée sur Dejima.

Les Tachikomas ont repéré un sous-marin nucléaire de l'empire américain. Sur Dejima, Kusanagi part à la recherche de Kuze alors que le reste de l'équipe est poursuivi par un commando de la section 4.

Un missile nucléaire est lancé du sous-marin, les Tachikomas vont essayer de l'arrêter. Kusanagi et Kuze se retrouvent coincés sous des décombres.