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Alors que Sailor Pluto vient récupérer Hotaru des bras de son père, une étrange voix libère Queen Nehelennia de sa prison. La reine des ténèbres veut prendre sa revanche sur Sailor Moon et ses amies...

Hotaru continue sa croissance démentielle pour devenir une jeune fille de 10 ans. Accumulant un savoir infini, elle comprend que la princesse de la Lune, Sailor Moon, est en grave danger.

Tant au lycée qu’en ville, les Tokyoïtes semblent devenus des zombies absorbés par les miroirs. Inquiète du comportement de Mamoru, Usagi lui fait une petite visite surprise et découvre le sol et les murs de son appartement jonchés de miroirs…

Chibiusa commence à se sentir très faible et son corps semble s’évaporer depuis l’enlèvement de Mamoru. En effet, si son père meurt, elle ne peut être née dans le futur et est donc vouée à disparaître. Quant à Queen Nehelennia, elle pose un ultimatum à Sailor Moon : si elle veut retrouver Mamoru, elle devra venir le chercher elle-même avant la nouvelle aube.

Sailor Mars et Sailor Neptune apprennent à faire confiance l’une à l’autre et finissent par se débarrasser du leurre de Nehelennia. Mais elles sont aussitôt enfermées dans un miroir...

Sailor Jupiter réussit à réveiller Sailor Moon, grâce à ses boucles d’oreille en forme de rose, qui lui ont rappelé Tuxedo Mask. Mais la guerrière de la foudre est elle aussi piégée dans un miroir par Nehelennia.

Sailor Galaxia arrive aux abords du système solaire et souhaite s’emparer des Star Seeds des représentants des planètes. Sur Terre, Mamoru doit quitter le Japon pendant un an pour étudier aux États-Unis.

Tout le monde à l'école d'Usagi est enthousiaste à l'idée que les Trois Lumières soient transférées au lycée de Juuban. Seiya fait en sorte qu'Usagi lui montre tous les clubs de l'école. Le capitaine de l'équipe de football est transformé en un phage nommé « Sailor Guts » par Iron Mouse. Les autres justicières du système solaire intérieur sont choquées d'apprendre l'existence des nouveaux soldats.

Minako a toujours rêvé de devenir une idole et elle voit en l’arrivée des Three Lights une excellente opportunité pour se faire connaître.

Les Three Lights répètent pour leur prochaine comédie musicale, dans laquelle ils joueront. Mais ils semblent avoir du mal à obtenir l'approbation du metteur en scène, en particulier Seiya, qui se sent personnellement mis à l'épreuve.

Ami a invité Taiki à venir regarder la comète de Wataru passer par la Terre avec leur professeur de sciences, Amanogawa, pour être rejeté.

Yaten adopte temporairement Luna.

Taiki demande à Makoto de participer à une émission de cuisine avec lui. Usagi décide de suivre, mais sa maladresse crée un énorme gâchis au studio de télévision.

Usagi et les filles essaient d'acheter des tickets pour un concert de Three Lights, seulement pour apprendre qu'il est déjà complet. Michiru passe ensuite et leur donne les billets, révélant qu'elle se produira avec les Trois Lumières.

Seiya demande à Usagi un rendez-vous, auquel elle accepte à contrecœur. Sailor Iron Mouse tente de compenser ses récents échecs en s'attaquant à la tête de série de Seiya.

Sailor Aluminum Seiren prend officiellement la place de Sailor Iron Mouse pour collecter les Star Seeds présents sur Terre.

Les filles partent à la campagne pour rendre visite au cousin de Rei, un artiste-sculpteur. Là-bas, elles découvrent que son atelier a été ravagé.

Alors que le quartier et le reste de la famille Tsukino sont victimes d'une série d'effractions en dehors de la ville, Seiya propose de rester chez Usagi au cas où quelque chose arriverait. Mais lorsque les membres du groupe des Three Lights, le reste des soldats marins et même les méchants marins Aluminium Seiren et Lead Crow se présentent. Sailor Moon et le reste des Sailor Soldiers doivent combattre un monstre dans la maison de Tsukino, très fréquentée.

Taiki commence à se demander si leur activité en tant que Three Lights les aide vraiment à atteindre leur objectif de retrouver leur princesse disparue. Sa frustration ne cesse de grandir, au point qu'il n'a plus envie de chanter.

Dernièrement, Chibi Chibi est rentré à la maison avec beaucoup de collations. Curieux de savoir d'où vient toutes les collations, Usagi et les filles décident de suivre Chibi Chibi pour la journée.

Usagi fait équipe avec Seiya pour le tournoi annuel de softball de l'école. Pour aggraver les choses, Isagi devient la cible des fans de Seiya, qui pensent qu'elle le drague.

Sailor Aluminium Siren apprend qu'Usagi est Sailor Moon. En utilisant cette connaissance, elle tend un piège dans un avion où les Trois Lumières organisent un événement en vol afin d'attirer l'attention d'Usagi.

Les Inner Senshi et les Starlights apprennent mutuellement leurs vraies identités, mais se méfient l'un de l'autre, Usagi et Seiya essaient de réunir les deux groupes.

Seiya et Usagi essaient de rester ensemble après que l'Outer Senshi et les deux autres Starlights leur interdisent de se voir.

Ami et les autres tentent de dissiper le malentendu que les Trois Lumières ont à propos d'Usagi mais ne parviennent pas à les contacter. En dernier recours, les filles décident de participer à un tournoi de jeux vidéo où le gagnant a la chance de parler avec Taiki.

Minako a enfin la chance d'auditionner pour devenir une idole. Elle se rend compte qu'elle doit poursuivre ses rêves, même au milieu d'une attaque des animés.

Usagi et ses camarades de classe sont tous occupés à préparer le prochain Juban School Festival. Pendant ce temps, Sailor Lead Crow trouve une note laissée par son ami décédé Sailor Aluminium Siren qui contient des informations sur la véritable identité de Sailor Moon.

La princesse Kakyu, la princesse disparue que les Star Lights cherchaient depuis longtemps, apparaît enfin devant les Sailor Guardians. La princesse Kakyu explique qu'elle est venue sur Terre à la recherche de la lumière de l'espoir.

Usagi avoue finalement à Rei qu'elle n'a pas pu entrer en contact avec Mamoru au cours des derniers mois. Pendant ce temps, les Trois Lumières annoncent publiquement leur intention de dissoudre leur groupe.

Les scouts marins se préparent pour la bataille finale contre la Galaxie. Ils se transforment tous et se préparent à se rendre à la tour, mais une force s'amasse autour d'elle. Ils pensent que tout ce qu'ils peuvent faire, c'est regarder Galaxia TV alors que Starlights est attaqué par Galaxia. Puis, une boule de lumière rose apparaît, son Chibu Chibi ! Elle les transporte dans la tour. Les Justicières Sailor se tiennent devant la lune Sailor mais Galaxia les fait disparaître et leur tire des boules d'énergie. On passe par chacune d'elles dans cet ordre Mercure Vénus Jupiter puis Mars. Sailor Uranus, Neptune, Pluton et Saturne ne peuvent pas croire qu'elles sont parties. Leurs graines d'étoile apparaissent et flottent vers la Galaxie. Les marins Mercure, Vénus, Jupiter et Mars font leurs adieux. Galaxia leur montre toutes les graines d'étoile qu'elle possède, la lune de Sailor en remarque une dorée à l'arrière. Il s'agit de la graine d'étoile de Mamoru (Tuxedo Mask) !

Dans un flash-back, on assiste à la mort de Tuxedo Mask, dont le Star Seed a été prélevé par Sailor Galaxia. Réalisant qu’elle a perdu toutes ses amies et son fiancé, Sailor Moon est comme paralysée : Galaxia en profite pour l’attaquer.

Uranus et Neptune se sont retournés contre les Sailor Guardians en jurant allégeance à Galaxia. Malgré l'appel désespéré de Sailor Moon, les deux continuent leur attaque, forçant Sailor Moon et les Star Lights à battre en retraite.

Sailor Moon se prépare pour la bataille finale avec Galaxia.

Chibi Chibi Moon libère la lumière de l'espoir qui fait apparaître un personnage mystérieux. Cette figure donne à Usagi une graine d'étoile, qui la transforme en Princesse Sérénité et une épée créée à partir de la Lumière de l'Espoir. La Galaxie est consumée par plus de rage et de haine alors que Sérénité tente de la convaincre de mettre fin à ses mauvaises habitudes. Galaxia parvient à détruire l'épée, tuant Chibi Chibi alors que la Lumière de l'espoir a disparu. Sérénité devient un ange et atteint finalement le fond du coeur de Galaxia et libère le Chaos de son corps. Elle est enfin libre. Usagi se sent très seule jusqu'au retour de tous les Sailor, avec son amour, Mamo-chan avec Chibi Chibi! Chibi Chibi remercie Usagi et s'en va. La princesse de Starlights est également de retour. Les Sailor font leurs adieux aux Starlights et à leur princesse, alors que les visiteurs les voient comme des étoiles filantes. A la fin, Usagi demande à Mamoru combien il aime sa princesse.