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Cinquante ans se sont écoulés depuis la fin de la saison 4. Aku a détruit tous les portails temporels et Jack a arrêté de vieillir. Il semble que le samouraï soit condamné à errer dans cette époque pour l'éternité. Il a également perdu son sabre, et avec lui tout espoir de vaincre son ennemi. Parallèlement, un mystérieux groupe dévoué à Aku entraîne sept sœurs à devenir des tueuses destinées à un seul objectif : tuer Jack.

Jack est attaqué par les sept filles d'Aku, des guerrières fanatisées qui ne vivent que pour le tuer.

Sévèrement blessé, Jack est toujours confronté aux tueuses qui le traquent sans repos.

Jack doit faire équipe avec la dangereuse Ashi afin de s'échapper de la créature gargantuesque qui les a avalé.

Jack se bat pour libérer un groupe d'enfants capturés et utilisés comme source de pouvoir pour un monstrueux Mega-Robot.

Ashi part à la recherche de Jack. Cette quête l'aide à se rendre compte des effets qu'il a eu sur le monde, rencontrant des personnes et des lieux divers où le samouraï a jadis apporté son aide.

Jack et Ashi passent une série de tests physiques et spirituels afin de se préparer à retrouver l'épée du samouraï.

La relation naissante entre Jack et Ashi prend un tournant après qu'ils soient pourchassés par l'une des créatures les plus dangereuses de la galaxie.

Jack et Ashi se rendent au repaire d'Aku pour l'affronter et tenter de mettre un terme à sa tyrannie.

Alors qu'Aku annonce au monde que Jack est vaincu, tous les peuples se soulèvent contre lui. Ashi permet finalement à Jack de revenir dans le passé et ainsi triompher d'Aku.