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Sono trascorsi più di cinquant'anni dall'ultimo avvistamento di Samurai Jack e il tempo non è stato clemente con lui. Aku ha distrutto tutti i portali del tempo e Jack ha smesso di invecchiare, come effetto secondario del viaggio nel tempo. Sembra che la sua maledizione lo constringa soltanto a vagare in eterno per la landa desolata. Il suo passato lo bracca, al pari di una setta di assassini che vuole dedita alla sua morte, per la gloria di Aku.

L'istinto di sopravvivenza di Jack è messo alla prova oltre ogni limite dopo che un mortale nemico mai affrontato prima lancia un implacabile attacco a sorpresa.

Samurai Jack è gravemente ferito, ma ancora una volta decide di affrontare uno dei nemici più pericolosi che abbia mai affrontato: le Assassine del Culto di Aku.

Jack si allea con una mortale assassina per sfuggire ad una gigantesca creatura che li ha inghiottiti interi entrambi.

Samurai Jack combatte per salvare un gruppo di schiavi usati come fonte di energia da un mostruoso Mega-Robot.

Ashi è aiutata dalla ricerca di Samurai Jack a vedere i suoi effetti sul mondo, dopo aver incontrato molte persone e posti dove il samurai ha cambiato in meglio le cose.

Jack e Ashi superano una serie di test fisici e spirituali per recuperare la spada di Jack.

La nascente affinità fra Jack e Ashi prende una svolta decisiva dopo essere stati braccati da una delle creature più letali della galassia.

La peggiore paura di Samurai Jack si materializza quando affronta Aku: il demone fa una sconvolgente scoperta su Ashi che la mette in grave pericolo.

Il destino dell'intero universo è in bilico mentre Samurai Jack finalmente affronta Aku.