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Max, hanté par l'image de son fils disparu, entraîne Liz dans une recherche effrénée de l'enfant. Leur enquête les mène à un supermarché où se dissimule un vaisseau spatial. Le couple, dénoncé par un mystérieux informateur, est arrêté pour tentative de hold-up. De son côté, Isabel poursuit une liaison clandestine avec Jesse, un bel avocat. Michael est, quant à lui, très occupé à mettre de l'ordre dans sa vie...

Michael, tout fier d'avoir décroché un job de vigile, déchante vite. Sa maladresse lui vaut d'être prestement limogé par son employeur. De son côté, Kyle se rend compte qu'il est seul désormais à assumer les dépenses de sa famille, car Jim, son shérif de père, a décidé de tout plaquer pour se lancer dans une carrière musicale avec un groupe local. Max et Liz continuent à se voir malgré le désaccord de leurs parents...

Aidée par le fantôme d'Alex, Isabel surmonte ses peurs et assume ses sentiments envers Jesse. Maria, délaissée par Michael, a la surprise de le retrouver au bowling et de découvrir un aspect de sa personnalité qui lui était totalement inconnu. De leur côté, Max et Liz affrontent le père de la jeune femme qui désapprouve leur relation...

Max part enquêter à Hollywood où un meurtre a été commis. Il est persuadé que l'auteur en est un extra-terrestre. Ses investigations le conduisent dans les studios de la Paramount, sur le plateau d'une production fantastique : «They are among us». Et contre toute attente, le jeune homme se retrouve à auditionner pour interpréter le rôle d'un extra-terrestre dans un épisode de la série «Star-Trek». Le producteur Jonathan Frakes remarque ses talents d'acteur...

Max demande à Kal Langley de l'aider à retrouver son fils : il est le seul à pouvoir localiser le vaisseau et surtout à savoir le piloter. Mais son ancien protecteur se met en colère et refuse catégoriquement de l'épauler. Il le menace même violemment... Isabel annonce ses fiançailles à ses proches. Une nouvelle qui sidère sa mère, Diane, et ses amies. Toutes essaient de la dissuader d'épouser Jesse. En vain. Isabel attend patiemment le retour de Max pour lui faire part de l'événement. Diane, fébrile, l'appelle sur son portable : il doit convaincre sa soeur de renoncer à ce mariage. Mais l'arrivée inopinée de Langley met fin à cette conversation. Max, au cours de sa discussion avec Kal, s'aperçoit qu'il peut lui donner des ordres...

À quelques jours de son mariage avec Jesse, Isabel rêve qu'elle embrasse langoureusement un homme autre que son futur époux. Perturbée, elle se confie à Kyle. De leur côté, Max - qui a accepté d'être le témoin des mariés - et Michael parviennent à prélever une goutte du sang de Jesse et décident d'analyser cet échantillon...

Isabel et Jesse partent en voyage de noces dans une station balnéaire californienne. Jaloux, Kivar les rejoint et tente de droguer Jesse... Pendant ce temps, Michael et ses amis questionnent Kyle au sujet de Kivar, dont le comportement les intrigue. Kyle leur révèle que, dans leur autre vie, l'alien les avait tués avec la complicité d'Isabel. Grâce aux scientifiques, ils ont pu être ramenés à la vie...

Maria reçoit la visite de son amour de jeunesse, Billy Darden. Ces retrouvailles permettent à la jeune femme de renouer avec sa passion pour la musique. Pendant ce temps, le père de Max continue ses recherches alors qu'Isa et Jesse emménagent dans leur nouvel appartement...

Les fêtes de Noël approchent... Au Crashdown, un jeune autiste, Samuel, s'approche de Max en l'appelant «papa». Max est alors persuadé que son propre fils essaie d'entrer en contact avec lui par le biais de cet enfant... Isa, qui tente de trouver un père Noël pour sa soirée caritative, décrète que Maria et Liz joueront le rôle des elfes... Jim annonce à Kyle qu'il a invité une fille pour le réveillon...

C'est le réveillon du jour de l'an. Pour l'occasion, une fête se déroule dans la ville : Enigma. Il s'agit de trouver des indices dispersés un peu partout, une sorte de chasse au trésor. Maria, Max, Kyle et Isabel se rendent au lycée où se trouve le premier indice. Cependant, ils se fourvoient pour le 2ème indice... Entre-temps, Michael est pris d'une violente crise : il est hypersensible et tous ses sens sont développés. Il n'est plus en mesure de contrôler ses pouvoirs. Quel est l'origine de ce mal ?

Isabel est inquiète : elle a découvert que l'ami journaliste de Jesse enquête sur elle ainsi que sur Max et Michael. Il a vu ce dernier utiliser ses pouvoirs ! Elle se met à imaginer ce que serait sa vie si son mari savait qu'elle était une extra-terrestre...

Liz découvre qu'elle est en train de se transformer en extraterrestre au contact de Max. Aussi décide-t-elle de quitter Roswell pour s'installer dans un pensionnat du Vermont... De son côté, Maria se voit proposer un contrat par une maison de disques new-yorkaise...

Mike et son ami Monk sont engagés comme agents de sécurité chez Meta-Chem Pharmaceutique. Tandis que Maria, à New York, tente une carrière de pop star, Liz, elle, découvre la vie de pensionnaire qu'elle a choisie avec l'espoir de redevenir une jeune fille normale en s'éloignant de son entourage et de Max. Le meurtre de Monk lors d'une ronde de surveillance déclenche des événements que les trois adolescents de Roswell ont du mal à contrôler, malgré l'aide de Valenti. De même Liz s'aperçoit qu'elle maîtrise difficilement ses sentiments pour Max et les pouvoirs qu'il lui a transmis...

En forçant Max à utiliser ses pouvoirs sur Clayton, son vieux mari agonisant, Iris Wheeler, propriétaire de Meta-Chem, provoque la mort du jeune homme. Arrivés trop tard pour sauver Max, Isabel et Mike sont la cible des hommes d'Iris. Au cours de cette altercation, Isabel est gravement blessée. Mike révèle alors à Jess décontenancé que sa femme n'est pas humaine. Pendant que celle-ci se débat entre vie et trépas, Clayton comprend qu'outre la jeunesse, il a également hérité du corps de Max et de ses sentiments pour Liz. Une ambiguïté qui, après avoir charmé Iris, pique sa jalousie...

Découvrir qu'il a épousé une extra-terrestre affecte Jess au point de consulter le docteur Weiss, un psychanalyste. Mike craint que celui-ci ne révèle la vérité au thérapeute. Réalisant qu'il porte en lui le sceau royal d'Antar, il se voit investi des pleins pouvoirs de Max et décide d'agir seul. Son injonction brutale à Weiss, sommé de ne plus recevoir Jess, a un effet désastreux. Affolé, le médecin prévient le FBI...

Témoin d'une collision en plein ciel entre deux appareils, Mike est convaincu que Griffin, le pilote de l'avion de chasse, n'est pas mort dans le crash. C'est pourtant ce que l'armée de l'airs'efforce de faire croire au public et à la presse, qui pensent voir une nouvelle affaire d'ovni. Écœurée par les mensonges du major Carlson, Connie, la fille de Griffin, se fie à Mike. Ils se font fort de retrouver son père...

Le vaisseau spatial qui a percuté l'avion de Griffin est au secret à la base Rogers. Lorsqu'un bébé apparaît dans l'habitacle de l'étrange appareil, le laboratoire est soudain le théâtre d'un carnage. L'enfant disparaît ; ordre est donné de le retrouver. Roswell est sous haute surveillance de l'armée. Chez les Evans, l'ambiance n'est pas moins tendue. Mis en demeure par leurs parents de s'expliquer, Isabel et Max lèvent le voile sur leur ascendance extra-terrestre quand Tess fait irruption. Elle porte dans ses bras le fils qu'elle a eu avec Max. C'est elle qui pilotait le vaisseau...

Depuis son retour à Roswell Liz a repris son histoire avec Max. La mort de Tess dans l'explosion de la base Rogers lui permet d'envisager un avenir serein. Brutalement pourtant elle est prise de visions qui lui révèlent l'avenir. L'une d'elles présage de sa mort et celle de ses amis au cours d'une prochaine convention sur les ovnis. Après délibération, le petit groupe décide de quitter Roswell à la suite de la remise des diplômes. Le destin reste implacable, mais, ensemble, les amis sauront le maîtriser...