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Après une longue errance, l'équipage de l'Argonaute découvre la planète Oron où doit se trouver le sauveur de l'humanité laissé par la tribu des Heros.

Suite à la bataille contre la tribu de bronze Eiji quitte sa planète et rejoins l'Argonaute.

A bord de l'Argonaute Eiji explore le vaisseau avec Tail et Mail...

L'équipage est contraint de faire une halte sur la planète Titarros. La princesse Deianeira demande à Eiji de garder Bellcross sous contrôle.

L'Argonaute doit quitter de toute urgence la planète Titarros pour éviter sa destruction. La tribu d'Argent à envoyé Karukinus, le Nodoss Neruneya.

Le vaisseau est en réparation après le bataille de Titarros. La tribu d'Argent envoie Karukinus se battre contre Eiji et Mehitaka, le Nodoss Arutemia, détruire l'Argonaute.

La bataille fait rage entre l'Argonaute et la tribu de Bronze. Bellcross et Neruneya continuent leur combat. Arutemia entre en action.

La flotte du capitaine Nilval se joint à l'Argonaute. La tribu de Bronze continue de les harceler.

Deianeira est toujours évanouie. L'Argonaute prend la fuite suivi de la flotte Azua-Azoto qui combat toujours Arutemia.

L'équipage est de retour après leur long voyage sur leur planète d'origine, Yui. Les frères de la princesse Deianeira décident de déclarer la guerre à la Tribu d'Argent avec l'aide de Bellcross.

La flotte de guerre est en route sous le commandement des princes. Eiji à quitté l'Argonaute pour protéger son équipage.

La guerre pour la reconquête de la Terre est totale. Les princes ordonnent de détruire une lune de Jupiter pour éliminer la tribu d'Argent.

Letki et son Nodoss Alementas entrent en jeu pour détruire Bellcross qui se combat Neruneya.

Les attaques de Alementas finissent par faire sombrer Bellcross dans le chaos.

Bellcross transformé en Destructeur se déchaîne, la princesse Deianeira et l'Argonaute arrivent pour l’arrêter. La flotte de guerre poursuis sa route vers la Terre.

La Tribu de Fer arrive sur la Terre. Eiji et Mehitaka, épuisés sont tous les deux récupérés à bord de l'Argonaute.

La flotte reprend sa route en direction de la planète Nessus pour conquérir la planète d'origine de la Tribu de Bronze. Mehitaka découvre la vie à bord de l'Argonaute.

La princesse s'interroge sur les objectifs de la Tribu d'Argent. La flotte attaque Taro, la planète d'origine de la Tribu de Bronze.

La flotte prend possession des planètes terminaux et arrive sur la planète d'origine de la Tribu d'Argent. A leur grande surprise, la tribu d'Argent semble avoir quittée les lieux.

Bellcross et la flotte combattent la tribu d'Argent. Cerebus le Nodoss de la tribu d'Argent se joint à la bataille.

La flotte arrive à la planète Kodomos. Deianeira et Kuromei se rencontrent pour trouver une voie pacifique au conflit qui les opposent.

Kuromei demande à Deinaira de trouver le chemin vers la planète Elysion qui contient la mémoire de la Tribu d'Or. De le coté les Nodoss continuent leur combat.

Eiji, Karukinos, Mehitaka et Letki ont été avalés par le néant de Cerebus. Ils joignent leurs forces pour s'échapper. Paeto de la Tribu d'Argent n'accepte pas la trêve de Kuromei et attaque la Tribu de Fer.

Les quatre parviennent à quitter le néant de Cerebus. Les humains ont trouvés la route de Elysion mais un important orage magnétique gène leur passage.

Rouro à scellé l'esprit de Yuti et Cerebus sombre dans le chaos. Bellcross s'interpose pour éviter que Elysion ne soit détruite.

La guerre est finie. Un portail permet désormais de rejoindre la Tribu d'Or. Mais Eiji n'est toujours pas réapparu...