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絶滅の危機に瀕した人類を救うという伝説の救世主を探し出し、連れ帰るという途方もない旅を続ける超大型の宇宙戦闘母艦アルゴノート。ディアネイラ姫の導きのもと、わずかな痕跡をたよりに辿り着いた惑星オロンで、救世主の波動を確実に感じたディアネイラは惑星降下の決意をする。そこは荒廃した地表と朽ちた惑星移民艦のみが存在していた。

青銅の種族との戦闘ののち、エイジを救世主としてアルゴノートに迎えることになった。歓迎式典において、ディアネイラは１２の契約をエイジと結ぼうとしたが、エイジは何の興味も示さずに行方をくらましてしまう。人類の常識を理解していないエイジにクルーは戸惑い、理解しようとするが、常識外れな行動に驚かされることになる。

エイジに教育を施そうとしたディアネイラたちであったが、当のエイジはマイペース。カーゴエリアでみつけた塗料で絵を描くエイジに周囲のクルーは興味を示し、ノドスであっても同じ人類であると認識する。一方、ベルクロスの力を試そうと銀の種族パエトーが追撃に入り、迎撃に出撃するイオラオスはパエトーと対峙する。

物資補給などのため、数多のスター・ウェーが集中する「中立なるターミナル・プラネット」惑星ティターロスに入港するアルゴノート。ノドスの一人であるカルキノスがティターロスに到着し、エイジに接触する。カルキノスは「ともに戦うべき仲間」としてエイジをいざなうが、エイジはそれを拒絶する。

化身せずに戦うエイジとカルキノス。イオラオスは、突然現れた男（カルキノス）が、銀の種族の側のノドスであることを知る。双方ノドスへと化身し、出来るだけティターロスを破壊しないように戦おうとするが、パエトー率いる青銅の種族がティターロスへと侵攻する。それを防衛する為に出港するアルゴノートではあったが…。

ディアネイラとアルゴノートは、人類圏へエイジを送り届けるべく、ティターロスを飛びたつ。だが「五人目のノドス」の報とティターロスの戦火を知った周辺の星々の民は、どこもアルゴノート寄港を拒む。ディアネイラは、再びスターウェーから外れ、人類圏までの道を自ら切り開くことを決断する。そしてそれは苦難の道のりを意味していた。

２体のノドス、ベルクロスとレルネーアが戦う一方、アルゴノートはパエトーと青銅の種族の猛追から逃れるため、不眠不休の戦闘を続けていた。

人類側の攻撃に耐久しながら、閃光の一撃で戦艦を破壊するアルテミア。アルゴノートを逃がす為に、ニルバール率いるアズ・アゾート艦隊がアルテミアを引きつけ足止めする。 アルゴノートはディアネイラの精神感応を頼りに、最も被害が少ない進路を辿りながら追手を振り切ったかに思えたが、パエトーがその前に立ち塞がる。

ディアネイラの捨て身の精神攻撃によってパエトーが戦線離脱し、止まらないベルクロスの猛攻により、レルネーアが打撃を被る。ユティは意識を喪ったカルキノスに、怒りや不安や安堵を感じるが、それらの感情が何なのかわからず困惑する。一方、アルゴノートでは、帰還しないエイジを探しに行くためにイオラオスが部隊を編成していた。

惑星デュイーに到着してのち、人類の歓待を受けるアルゴノートのクルーら。アルトリア星系の王族であるディアネイラの兄たちは「五人目のノドス」を見つけ出したディアネイラを称えつつも、その功績を自分たちのものとする。そして人類連合は五人目のノドスを旗頭として人類全体の悲願としての地球奪還への全面戦争へと急速に傾いてゆく。

地球奪還という大義のもと、太陽系に通じるスターウェー確保の為、様々な種族が統治するターミナル・プラネットを次々に接収してゆくメレアグロス率いる人類連合艦隊。そんな中、エイジはペ・イ・ン・トで「破滅の光景」を描く。未来を暗示するかのような不吉な絵の中に、一点の光が小さく輝いているのに気がついたニルバールは、これから始まる激しい戦いにも希望はまだあると実感する。

銀の種族の大船団とそれに付き従う青銅の種族の大群が木星の影から現れる。開始される戦いの中、単身で戦い続けるベルクロス。圧倒的な物量に苦戦するメレアグロスとアタランテスは、起死回生の戦術を仕掛ける。その一方でカルキノスがベルクロスを狙い、レルネーアに化身して木星圏内に突入する。レクティもその身に宿る英雄の種族の力を解放し、ベルクロスを倒す機会を伺う。

レクティがその身に宿すノドス「エルマントス」、そしてレルネーアによる執拗な攻撃が続く中、ベルクロスは耐久しながらもその傷は徐々に増してゆく。本隊から遅れてアルゴノートは太陽系に最も近いターミナル・プラネットに到着する。そこでディアネイラたちは戦いに傷ついた艦隊を目の当たりにし被害の甚大さを痛感する。そして銀の種族は、次の戦いを火星圏とし戦力を集めて、人類を迎え撃つ準備を整えていた。

傷ついたベルクロスの異変を感じるディアネイラ。ベルクロスの攻撃に反撃を止めたレルネーアを見て、ユティとメヒタカもベルクロスの異変に気づく。その現象をノドスたちは「狂乱」と呼んだ。戦火の拡大に悲しむメヒタカではあったが、レクティの為に自分も戦う事を決意し、敵味方の区別なく戦い出したベルクロスにアルテミアが攻撃を始める。そして狂乱するベルクロスはアルテミアとともに地球へのスターウェーに入ってゆく。

地球へのスターウェー上で激しい戦闘を繰り返すベルクロスとアルテミア。その後方の火星にて散発的に戦うニルバールにアルゴノートと後続艦隊がようやく追いつき援護する。戦場のど真ん中へ、衝突も混乱もなしにワープしてきた事に驚くニルバール。すぐさまディアネイラはベルクロスの行方を精神感応で追う。艦隊での移動では間に合わないと判断し、単独先行を告げ、地球へのスターウェーに突入するアルゴノートはその惨状に驚く。

地球圏に到着する人類連合艦隊。地球を見つめながら感慨深く頭を垂れるアタランテスとは対照的に、メレアグロスは銀の種族への報復を新たに誓うとともに、ディアネイラにも復讐することを誓う。そのころ、銀の種族はプロメのもとで鉄の種族についての検討を始めていた。そして彼らが今後とるであろう行動を予見し、殲滅すべき種族ということを再認識する。

戦うことへの疑問、敵である種族への理解を考えるディアネイラ。それとは別に自分たちの勝利を信じて突き進む人類は、タウロンへの航路の途中にあるターミナル・プラネット惑星ネッソスを接収すべく、ネッソス側と一触即発の状態で対峙していた。あくまで強硬姿勢のメレアグロスは全面対決を指示し、人類に好意的であった他の種族をも敵にまわそうとする。その蛮行にディアネイラたちは禁めようと動き出す。

惑星タウロンに向かって熾烈な侵攻を行っている人類。青銅の種族の大群の中をベルクロスが活路を開く為に突入する。あまりの攻勢ぶりに高揚する人類とは別に、不思議な手応えに不安を覚えるディアネイラとモビードであった。そんな最中、艦隊内に捨て身のアリ塚が命令ではなく防衛本能でテレポートしてくる。アリ塚と同化してしまう艦や衝突し四散する艦が続出する中、あくまで突撃に執着するメレアグロスがいた。

連合艦隊は惑星コドモスが存在する星系オルタを侵略するための作戦を立案・実行する。その頃、アズ・アゾート艦隊は既に先陣として露払いを任されていた。ターミナル・プラネットへ向かう途中のアルゴノートには「評議会および連合艦隊司令部の要請」として、惑星コドモスへスターウェーを外れて攻め込み、敵の背後を突くという奇襲命令がくだる。ディアネイラは自分たちにしか出来ない事としてこれを受け入れ進路を変更する。

アルゴノートはパエトーとの戦闘に入っていた。そんな中、異常とも思える波動を感じるパエトーとディアネイラ、そしてノドスたちはある者が動いたと知る。アルタイアー率いる艦隊のど真ん中に到来するユティのノドス「ケルビウス」。その圧倒的なケルビウスの力に、連合艦隊は自分たちの無力さを思い知らされる。ケルウビスの力を感じているディアネイラはベルクロスに一人でも多くの命を救って欲しいと涙ながらに懇願する。

惑星コドモスのプロメが、いちはやくアルゴノートの来訪を察し、来訪者に備えて準備を始める。コドモス地表において人類が生存できる環境を・・・。これから重大な会話がなされるであろう事をレクティに伝え、その声を聞くように指示をする。 一方、ロムもプロメの行為を冷淡に見守っている。そしてディアネイラはイオラオスとともにプロメとの会話に臨むべく、コドモスに降り立つ。

プロメとの会話を続けるディアネイラ。異種族間テレパシーその記憶をプロメから受け取ったディアネイラは、失われた惑星「エリュシオン」を見い出すために動き出す。そのことにロムは怒りをにじませ、異論を唱える。モビードはディアネイラとプロメの「対話」を記録した事を確認し、それに自分のメッセージをつけてニルバールや他艦へ送る。ディアネイラから最初の進路が送られてきたアルゴノートは「エリュシオン」に向け発進する。

ワープアウトするアルゴノート。ここから先は未知の領域。プロメの記憶もここで途切れている。スターウェーさえない暗闇で、ディアネイラの導きだけが頼りという状況の中で、エイジの危機を察する。アネーシャはエイジを救いに行く事を進言するが、ディアネイラはそれを拒み、エイジとの約束を口にして「道を示さねば」とエリュシオンへの道を探し続ける。一方、エイジはケルビウスによって無次元に閉じ込められていた。

エリュシオンへ向かうアルゴノートを磁気嵐が襲う。その向こうにエリュシオンを感じたディアネイラは、アルゴノートへ主砲の発射を厳命する。マザーコンピュター「デルフィ」は、ディアネイラからの指示で封印していたそのロックを解除する。その使用を禁じていたディアネイラが、なぜ磁気嵐に向け発射を指示したのか分からないクルーたち。そのころ、エイジたちもまたエリュシオンに向けて移動していた。パエトーとともに。

狂乱したケルビウスと戦うベルクロス。ロム・ローと対峙し、攻撃するイオラオス。各々がそれぞれの場所で戦い傷ついてゆく。ケルビウスの攻撃は増し、狂乱が進行、自らを崩壊へと導いてゆく。そして、アルテミアの姿もまた徐々に変化を見せ出す。そのアルテミアにエリュシオンの周囲で浮かぶ無数の球体が引き寄せられるかのように集まり出し、静止軌道上に巨大な輝きが出現した。その輝きの正体、それは…。

銀の種族の大船団に遭遇するニルバール。その進路上に今まで存在しなかったスターウェーが生まれた事を知り、ディアネイラたちの仕業だと確信する。そのスターウェーこそ、ディアネイラの導きであるとし、アズ・アゾート艦隊もまた銀の大船団の後を追う。そのころ、アルゴノート勅令の間に立つディアネイラは、プロメたちを迎え、今後の動きについて検討しあっていた。新たな旅立ちを迎えた今、それぞれの種族の未来が描かれる。