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Alors qu'ils font voile vers le Japon, le groupe est survolé par une horde gigantesque d'Akumas. Alors qu'ils les affrontent Allen est enlevé par l'un d'eux. Lenalee se lance sur leurs traces. Peu après, tous deux retrouvent Suman Dark...

Alors qu'Allen est effaré d'apprendre que la chose attaquée par les Akuma n'est autre que Suman Dark, un exorciste, Lenalee lui explique ce que sont les Déchus, les Apôtres rejetés par Dieu.

Allen tente d'arrêter Suman pris de folie destructrice à cause de son innocence pendant que Lenalee contacte son frère pour l'informer de la déchéance de l'exorciste.

L'Innocence d'Allen lui fait défaut au moment où ce dernier veut tenter une ultime carte pour sauver Suman. Quant à ce dernier, il sent sa vie toucher à sa fin.

Allen, incapable de se battre, se retrouve face à Tyki Mikk qui vient de supprimer Suman.

Lenalee et Lavi partent à la recherche d'Allen mais sont rappelés pour recevoir de nouveaux ordres. Ils apprennent qu'ils doivent continuer leur route et abandonner Allen en Chine et rencontrent l'exorciste envoyé en renfort.

Allen se réveille au QG asiatique de l'Ordre et y rencontre Bak Chan, l'homologue de Komui, qui lui apprend ce qui lui est et ce qui va lui arriver.

Baku décide de mettre Allen en situe de combat réel contre Fou afin de l'aider à rematérialiser son Innocence.

Alors qu'Allen continue son entrainement au QG chinois, le bateau sur lequel voyage les exorcistes à la recherche de Cross est attaqué par un Akuma de niveau 3.

Lenalee se lance dans un combat en solitaire contre Eshi, l'akuma de niveau 3. Pendant ce temps, Miranda, Lavi, Bookman et Krory se livrent à une bataille acharnée pour protéger le bateau des attaques des autres Akuma.

Au QG chinois de l'Ordre, Allen est torturé par son oeil gauche et fait un étrange rêve avec Lenalee. cette dernière, en train de sombrer dans l'océan, décide de libérer totalement son innocence pour vaincre Eshi.

Les exorcistes restés sur le bateau font leur possible pour le protéger et abattre les Akumas qui les attaque depuis le ciel. Pour les aider, Lavi fait appel au sceau du bois.

Lavi, parti à la recherche de Lenalee, rencontre un étrange Akuma chargé de délivrer un message du Général Cross aux exorcistes lancés sur ses traces.

Lavi, Krory, Miranda, Bookman, Lenalee ainsi que les trois membres d'équipage survivants, débarquent enfin au Japon, guidés par Chomsuke, l'akuma modifié par le Général Cross.

Allen poursuit son entraînement mais sans aucun résultat, pour son plus grand désespoir. Fou constate qu'il n'est plus motivé et envisage de tout arrêter.

Un Akuma de niveau 3 se dirige vers la Chine pour tuer Allen. Lenalee et les autres se dirigent vers Edo et tombent dans une embuscade tendue par les Akumas de niveau 3, ils utilisent des astuces pour leur échapper pendant un court moment et sont encerclés peu après.

Allen, qui poursuit son entraînement, et les scientifiques du QG chinois sont peut-être sur une piste pour réactiver l'innocence de l'exorciste.

Le QG de Chine a été infiltré par un Akuma de niveau 3, envoyé par Tiki Mykk afin de ramener Allen à Edo. Fou et l'équipe font leur possible pour protéger ce dernier qui a été blessé pendant l'attaque initial de l'ennemi.

Malgré son état, Allen part au combat pour s'opposer à l'Akuma de niveau 3 afin de sauver Fou.

Les scientifiques du QG de chine et du QG général travaillent d'arrache-pied afin de permettre à Allen qui a récupéré son bras gauche et restauré son innocence d'utiliser au plus vite l'arche des Noah pour rejoindre ses compagnons à Edo.

A Edo, Lavi décide de combattre Tyki mais il doit s'interrompre pour prêter main forte à ses camarades qui affrontent les deux Akuma géants créés par le Comte. Pendant ce temps, Allen avance dans l'Arche tout en parlant avec Komui.

Le combat contre l'Akuma géant se poursuit mais il s'annonce plus que difficile pour les Exorcistes. Lavi est contraint de reprendre son affrontement contre Tyki. A peine arrivé à Edo, le Général Tiedoll envoie Marie et Kanda prêter main forte à l'équipe du Général Cross en difficulté.

Le Comte Millénaire provoque la destruction d'Edo en utilisant la lumière noire. Les exorcistes s'en sortent et les combats reprennent pour protéger Lenalee que son Innocence a encore protégé en l'enfermant dans du crystal.

Allen, qui a enfin rejoint ses camarades grâce à l'Arche, s'oppose au Comte afin de protéger Lenalee.

Lenalee, Allen, Lavi, Kanda, Krory et Chao Ji se retrouvent prisonniers dans la vieille Arche des Noé vouée à une destruction totale dans les trois heures. Restés à Edo, le Général Tiedoll, Bookman, Marie, Miranda et les deux survivants de l'équipage d'Anita doivent faire face à une armée d'Akuma géants.

Kanda engage le combat contre Skin Boric du clan Noah pendant que les autres exorcistes continuent à avancer.

Kanda met sa vie en jeu pour venir à bout de Skin en faisant appel à la troisième illusion interdite générée par mugen, son innocence.

Le combat touche à sa fin entre Kanda et Skin dont l'éveil en tant que Noah est révélé.

Debitto et Jasdero, les jumeaux Noah surnommé Jasdebi, sème le parcours d'Allen et de ses compagnons d'embûches alors que ces derniers sont à la recherche de la porte suivante.

Le duo Jasdebi s'en prend à Allen dans l'intention de lui faire payer l'ardoise que son maître, le Général Cross, leur a laissé à charge lors de leur traque.

Allen et Krory se retrouvent en difficulté lorsque les jumeaux Jasdebi et Debitto fusionnent pour ne former qu'une seule entité du nom de Jasdebi découplant ainsi leurs pouvoirs.

Krory entame son combat contre Jasdebi après avoir ordonné aux autres de franchir la porte et de continuer leur chemin.

A l'article de la mort, Krory reçoit la visite d'Eliade qui le pousse à reprendre son combat contre Jasdebi afin de protéger ses camarades. Pendant ce temps, ces derniers atteignent la porte suivante et se retrouvent face à Tiky Mikk et Road Camelot du clan Noah qui les attendent de pied ferme.

Allen engage le combat avec Tiky tandis que Road décide de se battre contre Lavi, l'héritier de Bookman. Cette dernière en profite également pour emprisonner Lenalee et Chao Ji.

Allen se retrouve en difficulté face à Tyki Mikk qui une fois de plus neutralise l'innocence de l'exorciste. Pendant ce temps, l'esprit de Lavi est pris au piège à l'intérieur du rêve créé par Road.

Allen a dépassé son point critique, c'est-à-dire un taux de synchronisation supérieur à 100 % avec son innocence, la Crown Clown, ce qui inverse le cours de son combat avec Tyki Mikk. Pendant ce temps, Lavi se débat toujours dans l'illusion de Road tandis que Lenalee et Chao Ji ne peuvent qu'observer les évènements, impuissants.

Allen doit affronter Lavi qui se retourne contre ses amis et révèle sa vraie personnalité d'Héritier des Bookmen après que son esprit a été brisé par Road.

Allen tente une manœuvre désespérée pour sauver l'esprit de Lavi en perdition.

Allen doit affronter un Tyki transformé et surpuissant. De son côté, Chaoji désespère de ne pouvoir aider les exorcistes.

Alors que Lavi et Allen sont impuissants face au nouveau Tyki, le Général Cross Marian entre en scène et prend le combat en main.

Allen se voit confier la tâche de stopper le téléchargement et de déplacer l'Arche par son maître alors que le Coeur de cette dernière n'est plus.

Allen est déstabilisé par l'origine de la mélodie qu'il doit jouer pour sauver l'Arche. Chaoji, compatible, reçoit enfin son Innocence.

Après avoir récupérer l'Arche et sauver ses compagnons, Allen et les exorcistes rentrent enfin au quartier général de l'Ordre.

Le Général Cross est soumis à une enquête interne de l'Ordre suite à ses actions. Les inspecteurs s'interrogent également sur la loyauté d'Allen envers l'Ordre du fait de sa capacité à maîtriser l'Arche, faculté de leurs ennemis.

Allen est interrogé par Howard Link qui s'attache à chacun de ses pas afin de le surveiller. Pendant ce temps, Komui emmène Lenalee auprès d'Hevlaska afin d 'examiner son innocence.

Lulubell attaque le QG de l'Ordre qu'elle a infiltré en se faisant passer pour un intendant afin de récupérer l'Oeuf du Comte.

Allen et Bookman sont débordés par les Akuma de Lulubell. Les quatre généraux de l'Ordre arrivent pour leur prêter main forte.

Komui ordonne aux Généraux de détruire l'oeuf du Comte mais ce dernier est farouchement défendu par Lulubell, la Noé de la luxure.

Allen a réussi à détruire l'oeuf et à sauver Miranda. Mais la situation empire à nouveau lorsqu'un Akuma de niveau 4 fait son apparition.

L'Akuma de niveau 4 s'échappe du laboratoire n°5, non sans l'avoir complètement détruit, et sème le chaos dans le QG de l'Ordre.

Lenalee a fini par céder à Louvelier et décide de se synchroniser avec son Innocence. Malgré ses graves blessures, Allen reprend son combat contre l'Akuma de niveau 4.

Le général Cross se joint à Allen et Lenalee pour achever l'Akuma de niveau 4 que les deux jeunes exorcistes croyaient pourtant avoir tué.