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Birdy est informé d'une évasion d'une prison intergalactique, et s'organise pour traquer l'un des prisonniers évadé. Alors qu'il lui est ordonné d'appréhender les criminels vivant, elle s'aperçoit qu'il a déjà été tué au moment où elle arrive sur les lieux. Le seul indice est une puce de déguisement, qui a dissous le corps.

Birdy retrouve son ami d'enfance, Nataru. Ils parlent un peu. Ils sont interrompus par une jeune fille en fauteuil roulant, qui lui parle froidement. Un deuxième des criminels est poursuivi. Birdy le poursuit, mais il s'échappe pour être ensuite tué d'une façon si violente que cela surprend Birdy.

Senkawa et le club de journalisme vont enquêter sur un camp de réfugiés. Alors que Hayasumi essaie seulement obtenir de bons témoignages, Birdy espère obtenir des informations sur un autre alien vivant dans le camp. Deux jeunes enfants, Takumi et Marina, font visiter le camp au club. Ils s'enfuient dans les ruines pour ne pas être séparés, mais ils se font attaquer par un groupe de voyous. Nataru, un bénévole du camp, va chercher les enfants, mais tout seul il n'est pas assez fort. Birdy arrive à son secours.

Birdy traque le revendeur de puces Virtuelle, qui est en fait le père de Nataru, Mr. Dusk. Dusk révèle qu'il est membre d'un groupe de libération Alterian, et qu'il a aidé à dissimuler les évadés. Birdy va rechercher ceux qui sont les plus proches, mais les évadés kidnappent Dusk et l'interrogent sur les attaques dont ils ont été les victimes. Il est assassiné, ce qui enrage Nataru et bouleverse Birdy. Nataru tue un des autre évadés, mais pas avant d'apprendre que Valic a tué son père. Birdy promet d'attraper l'assassin de Dusk.

Iruma, l'informateur de Birdy sur Terre, est enlevé par les évadés pour l'attirer dans un piège. Elle s'échappe, étant presque tuée par un canon longue portée. Cependant elle s'effondre avant de pénètrer dans le portail de son vaisseau. Tsutomu a un rêve étrange, un mélange entre ses propres souvenirs et ceux de Birdy. C'est alors qu'il découvre qu'il est emprisonné dans le corps de Birdy. Il est donc obligé de suivre son agenda, y compris une séance de signature où assistent certains de ses camarades de classe, une séance de photos et une télé réalité où il doit manger des insectes. A la fin, il apprend que la fusion des personnalités a commencée.

Dans une tentative de renverser le processus de fusion de la personnalité, Tsutomu plonge dans le passé de Birdy's. Il apprend ce que signifie être un Iksiola, et comment Birdy a rencontré Nataru.

Poursuite de la plongée dans la mémoire, Tsutomu en apprend plus sur l'attaque de la tour centrale et de ce qui est arrivé à Birdy à l'intérieur.

Shouko surprend Nataru et Birdy dans une étreinte, alors que c'est seulement à cause d'une maladresse de Birdy. En conséquence, elle s'enfuit de l'hôpital, demandant à Nataru de venir la retrouver. Mais quand elle voit Birdy avec lui, elle se remet à s'enfuir. À la fin de l'épisode, Nataru est abattu.

Nataru remonte dans le temps juste avant d'avoir été abattu, et réussit à désarmer et blesser Moss, tout en la chassant. Elle utilise sa blessure pour s'introduire dans l'hôpital où Nataru travaille, et tente à nouveau de le tuer. Nataru remonte dans le temps, pour finir, quelques jours avant l'événement, ses yeux rougissent et finissent par saigner. Muroto le retrouve et l'emmène avec lui. Nataru demande à Birdy de récupérer ses médicaments dans son ancien appartement. Elle découvre alors le sang de la lutte.

Les évadés volent une arme nucléaire à partir d'un navire de la Marine américaine. Tesera les appelle pour leur dire qu'elle souhaite rester terrienne et ne sera dorénavant plus en contact avec eux. Capella est prise par un enquêteur fédéral après qu'Irma la convainc d'abandonner sans lutter. Plus tard, Nataru découvre une photo de Tesera dans la chambre Muroto, et s'en va la trouver et l'assassiner. Muroto appelle Birdy. Elle retrouve Nataru juste après qu'il ai brutalement assassiné Tesera. Elle l'autorise à partir, et s'en veux énormément après.

Le Festival de l'école s'ouvre sur une pièce de Hayamiya sur les réfugiés de la catastrophe. Nataru trouve et blesse sévèrement Gatoru avant que lui et Moss ne s'échappent.

Nataru et Moss se battent mais Moss est presque tué avant d'être secouru par Birdy qui tente de convaincre Nataru de se rendre et de recevoir un traitement avant que son état d'Iksiola ne le tue.