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Ed et Al arrivent à Riore, une ville prospère dont les habitant vénèrent Leto, le dieu du Soleil. Ils font la connaissance de Rose, une jeune fille qui a perdu son fiancé dans un accident et qui espère que Sir Cornello, représentant de Leto et faiseur de miracles, va le ramener à la vie...

Ed et Al parviennent à échapper à Cornello, mais celui-ci annonce à la radio que deux hérétiques ont essayé de le tuer, et Ed et Al se retrouvent bientôt entourés par une foule en colère. Pendant ce temps, Rose découvre que Cornello l'a trompée et qu'il n'est pas parvenu à ressusciter Cain, son fiancé...

Edward et Alphonse Elric sont deux frères qui vivent en compagnie de leur mère dans le petit village de Resembool. Leur père, alchimiste de renom, les a quittés et les deux frères ont appris des rudiments d'alchimie par eux-mêmes. Un jour, ils apprennent que leur mère est gravement malade...

Alors qu'ils sont en route pour Central, Ed et Al entendent parler d'un Alchimiste du nom de Mahjal, qui habite dans les environs, Il s'avère que Mahjal était un ami du père des deux garçons et Ed décide de lui rendre visite. Arrivés au village, ils apprennent qu'un fantôme hante l'endroit...

Ed et Al prennent le train pour Central afin d'aller passer l'examen d'Alchimiste d'Etat. Mais en route, les passagers sont pris en otages par une bande menée par Bald, un ancien Alchimiste qui compte bien se venger de l'armée. Pour cela, il veut s'emparer du général Haruko, qui voyage à bord du train...

Ed et Al arrivent finalement à Central et commencent à étudier pour l'examen. Mustang s'est arrangé pour qu'ils résident chez Shou Tucker, un Alchimiste d'Etat qui a passé son examen en créant une Chimère capable de comprendre et de parler le langage humain...

Ed a finalement gagné son titre d'Alchimiste d'Etat et Mustang lui a remis la montre qui prouve son rang. Tucker, lui, est plongé dans le tourment. En effet, son évaluation annuelle approche à grands pas et les militaires placent de grands espoirs en lui...

Encore sous le coup de ce qui est arrivé à Nina, Ed doit maintenant faire face à un nouveau problème, celui d'un tueur en série qui a déjà sauvagement massacré plusieurs femmes dans la ville et qui reste introuvable. Mais cette fois, la prochaine victime pourrait bien être Winry...

Pour sa première mission officielle en tant qu'Alchimiste d'Etat, Ed est envoyé par Roy Mustang dans la Cité de l'Est. Après avoir été accueilli à bras ouverts par les habitants, il se fait jeter à la porte lorsqu'il annonce qu'il est au service de l'état. Il faut dire que la ville est sous la coupe de Yoki, un militaire sans scrupules...

En route pour aller faire leur rapport à Roy Mustang, Ed et Al font halte à Aquroya, ville touristique célèbre. A peine sont-ils arrivés qu'ils se retrouvent arrêtés par un inspecteur de police. Celui-ci a remarqué les talents des deux frères et demande à ces derniers leur aide pour capturer une voleuse du nom de Psiren...

Sur les indications de Psiren, Ed et Al se rendent dans la ville industrielle de Xenotime, où paraît-il ils devraient trouver des informations sur la pierre philosophale. A leur arrivée, Ed sauve une petite fille coincée sous un chariot. Mais lorsque les deux frères dévoilent leur identité, ils se font traiter d'imposteurs...

Ed et Al confrontent les imposteurs qui se font passer pour eux. Fletcher, le plus jeune des deux frères, finit par comprendre qu'ils ont fait plus de mal que de bien, mais il ne peut convaincre son aîné, qui s'obstine à vouloir poursuivre le rêve de son père, quel qu'en soit le prix à payer... et les conséquences pour Xenotime...

Suite aux révélations de Russell, Ed essaie d'en apprendre plus sur le docteur Marcoh, qui devrait pouvoir le mettre sur la piste de la pierre philosophale. Roy Mustang semble être le seul à pouvoir lui fournir des informations, mais il refuse catégoriquement de parler. Ed décide alors de l'affronter en duel pour son évaluation annuelle...

Ed et Al se rendent dans la ville où il espèrent retrouver le docteur Marcoh. Après les avoir menacés de son arme, celui-ci finit par les faire entrer chez lui et il leur explique pourquoi il se cache de l'armée. Pendant ce temps, un tueur d'alchimistes du nom de Scar vient d'arriver dans la Cité de l'Est et a déjà fait une nouvelle victime...

Grâce à l'intervention d'Armstrong, Ed, Al et Marcoh sont parvenus à échapper à Scar. Lassé de fuir sans cesse, Marcoh explique aux deux frères ce qui s'est passé à Ishbal il y a quelques années et le rôle que lui-même a joué dans cette bataille. Pendant ce temps, Mustang et ses hommes ont retrouvé Scar et se préparent à l'affronter...

Les frères Elric décident de rentrer à Resembool afin de faire réparer l'automail d'Ed et l'armure d'Al par Pinako. Ils sont accompagnés d'Armstrong, qui s'est proposé pour leur servir de garde du corps. Au cours du voyage, Al, qui voyage dans la soute en compagnie des moutons, est par erreur débarqué dans une petite gare perdue...

Ed et Al sont de retour à Resembool après quatre ans d'absence et ils y sont accueillis à bras ouverts (et à coups de clé!) par Winry et Pinako. Ce pèlerinage à leur village natal est chargé de souvenirs pour les deux frères, qui profitent de l'occasion pour visiter la tombe de leur mère et les ruines de leur ancienne maison...

Maintenant remis à neuf, Ed et Al retournent à Central afin d'aller consulter les écrits de Marcoh à la bibliothèque. Ils y font la connaissance de Maria Ross et de Dennis Bloch, leurs nouveaux gardes du corps, qui leur apprennent que la bibliothèque a été détruite par un incendie, sans doute allumé par Scar, leur ennemi juré...

Sous le choc des révélations contenues dans les écrits de Marcoh, Edward est bien près d'abandonner sa quête de la pierre philosophale, mais le discours inspiré du lieutenant Ross lui rend le moral. Il décide alors d'aller faire un tour au laboratoire no. 5, soi-disant abandonné, qui pourrait bien contenir les secrets qu'il recherche...

Ed a pénétré a l'intérieur du laboratoire no. 5 et après être parvenu à éviter les nombreux pièges truffant les couloirs du bâtiment, il se retrouve maintenant face à un de ses redoutables gardiens, qui porte le nom de Prisonnier 48. De son côté, Al, qui est resté à l'extérieur, est lui opposé à un adversaire qui ne lui est pas inconnu...

Le combat entre Al et le Prisonnier 66 est interrompu par l'arrivée de Scar. Comprenant qu'il ne fait pas le poids, 66 décide de faire sauter le bâtiment. L'explosion entraîne la libération d'un étrange prisonnier. Pendant ce temps, à l'intérieur du laboratoire, Ed va se retrouver face à face avec un individu qu'il croyait mort...

Al et Scar ne font pas vraiment le poids face aux Homoculus: Gluttony a vite fait de se débarrasser de Scar tandis qu'Al, toujours en proie au doute, ne peut grand-chose face à Lust. Pendant ce temps Al, toujours accompagné de Shou Tucker, continue d'explorer le laboratoire no. 5 afin d'en percer tous les secrets...

Ed se réveille à l'hôpital pour découvrir un Alphonse en bien mauvais état. Il demande l'aide de Winry afin de réparer son bras. Lorsque celle-ci arrive à Central, elle est triste de constater que les deux frères refusent de s'ouvrir à elle. Al semble particulièrement maussade et il finit par se disputer avec son frère avant de s'enfuir...

Al erre sous la pluie, en proie à des sentiments contradictoires. Il fait par hasard la connaissance de deux enfants d'Ishbal, ceux-là même qui ont recueilli et soigné Scar. Alors que Ricky, le plus jeune des deux enfants, part à la recherche d'un médaillon qu'il a perdu, il se fait enlever par des mercenaires au service de l'armée...

Alors que Maes Hughes poursuit son enquête sur le laboratoire no. 5 avec la bénédiction du Généralissime Bradley, Ed et Al annoncent qu'ils abandonnent leur investigations actuelles et qu'ils comptent se rendre à Dublith afin d'y retrouver leur maître. En réalité, Ed a l'intention d'aller interroger des réfugiés d'Ishbal...

Edward et Alphonse, accompagnés de Winry, arrivent à Rush Valley, le paradis de l'automail. Winry est évidemment aux anges, surtout lorsqu'Ed remporte une grosse somme d'argent à un concours de bras de fer. Mais lorsqu'elle apprend qu'Ed a utilisé l'alchimie pour gagner, elle quitte les deux frères après les avoir assommés à coups de clé...

Ed et Al tombent sur deux personnages qu'ils espéraient éviter par-dessus tout: Izumi Curtis, qui leur a enseigné l'alchimie, et Sig, son mari. Le moins que l'on puisse dire, c'est que les retrouvailles ne sont pas des plus chaleureuses et les deux frères se prennent une véritable correction qu'Izumi semble trouver bien méritée...

Pour leur donner l'occasion de réfléchir à ce qu'ils ont fait, Izumi envoie Ed et Al passer un mois entier sur l'île de Yokk, avec interdiction d'utiliser l'alchimie. Les deux frères songent à leur premier séjour sur l'île, à l'époque où Izumi venait juste d'accepter de les prendre à l'essai et leur avait imposé cette épreuve...

Alors qu'ils sont sur le point de quitter l'île, Ed et Al s'aperçoivent que celle-ci n'est pas si déserte que cela. En effet, ils y découvrent un jeune garçon qui semble avoir des dispositions pour l'alchimie. Izumi décide de le ramener chez elle, malgré la réticence d'Edward, et se montre curieusement protectrice à son égard...

Ed s'aperçoit que la cicatrice qui marque le bras du jeune garçon ressemble étrangement à celle laissée par le renard qui l'avait mordu lorsqu'il était enfant. Le jeune garçon aurait-il hérité des membres d'Ed? Avant que celui-ci ait pu percer le mystère, il est interrompu par l'arrivée d'Armstrong, accompagné du lieutenant-colonel Archer...

Le jeune garçon semble intéresser beaucoup de monde. Izumi essaie de le libérer mais elle en est empêchée à la fois par Ed et Al, ainsi que par Armstrong et Archer. Pour ne rien arranger, Kimbly, l'ex-alchimiste écarlate, fait son apparition également. C'est ce moment que choisit le généralissime Bradley pour s'emparer de l'enfant et s'enfuir avec lui...

Bien déterminé à devenir un humain à part entière, le jeune Wrath se défend bec et ongles afin de garder le bras et la jambe d'Ed. Il parvient à prendre la fuite, protégé par Sloth et Envy. Pendant ce temps, l'armée a décidé de regrouper tous les réfugiés d'Ishbal dans un camp plus au sud, et cette périlleuse mission a été confiée à Roy Mustang...

Greed et ses hommes attaquent la demeure de Dante et, après avoir mis Edward hors de combat, repartent avec Alphonse. Greed compte bien apprendre de ce dernier comment transmuter une âme dans un corps inanimé afin d'obtenir l'immortalité. Mais il est interrompu par l'arrivée inopinée d'Izumi et de Sig, venus à la rescousse de leurs élèves...

L'armée a envahi le Devil's Nest sur ordre de Frank Archer, qui cherche à récupérer Tucker et Greed. Ce dernier est parvenu à s'enfuir avec Alphonse, malgré l'intervention musclée d'Armstrong. Il est vite rattrapé par Lust et Gluttony et ne doit sa survie qu'au sacrifice de ses hommes. Après avoir libéré Alphonse, Greed retourne chez Dante...

Lust retombe par hasard sur un alchimiste du nom de Lujon qu'elle avait rencontré auparavant et auquel elle avait remis une pierre philosophale afin de lui permettre de sauver les gens de son village, atteints d'une étrange maladie. Hélas, la pierre a perdu son pouvoir et Lujon s'est mis à la recherche de Lust afin de lui demander son aide une fois de plus...

Ed et Al tombent par hasard sur le train transportant les réfugiés d'Ishbal et retrouvent Rick et Léo, qu'ils emmènent avec eux. Ceux-ci les conduisent auprès d'un vieil homme qui connaît l'alchimie et qui pourrait aider les frères Elric à obtenir des renseignements sur cette fameuse pierre philosophale qu'ils cherchent avec tant d'acharnement...

Le lieutenant Havoc se voit investi d'une mission ultra confidentielle qui consiste à surveiller les agissements de Roy Mustang. Il est très embarrassé de devoir espionner un ami mais il se doit d'obéir aux ordres. Pendant ce temps, Roy essaie de trouver une nouvelle petite amie à Havoc. Il est d'ailleurs tombé la candidate idéale: la jeune soeur d'Armstrong!

Ed et Al ne semblent plus avoir les mêmes priorités. Doivent-ils arrêter Scar qui se prépare à fabriquer la pierre philosophale? Ou faut-il d'abord qu'ils récupèrent leurs corps? Incapables de se mettre d'accord, ils finissent par se séparer. De son côté, Winry est retournée à Central et y retrouve Sheska, qui enquête secrètement sur la mort de Hugues...

Martel, la chimère autrefois complice de Greed, voyage à présent avec Ed et Al. Elle leur révèle la vérité sur le massacre d'Ishbal et leur ouvre les yeux sur les complots qui se trament dans l'ombre. Les frères Elric décident alors d'infiltrer les rangs de l'armée pour recueillir d'autres informations et mener discrètement leur propre enquête...

Edward est de retour à Liore où il retrouve Scar. Ce dernier lui apprend beaucoup de choses sur Ishbal et leurs conversations sont des plus intéressantes. Mais Scar a toujours l'intention de sacrifier un grand nombre de vies humaines dans le seul but de créer la pierre philosophale. En plus, Lust et Gluttony feront tout pour que le banni d'Ishbal arrive à ses fins...

Edward compte bien faire tout ce qui est en son pouvoir pour empêcher qu'un nouveau massacre ne se produise à Liore. Pendant ce temps, Alphonse a toujours du mal à réaliser l'importance des révélations que Martel lui a faites avant de mourir. Il est appelé auprès de Mustang, qui vient de recevoir une lettre d'Edward demandant à l'armée de rester en dehors de Liore...

Avant de mourir, Kimbly est parvenu à transmuter l'armure d'Al et l'a changée en une bombe prête à exploser. Afin de sauver le plus jeune des frères Elric, Scar va tenter une manoeuvre désespérée. Pendant ce temps, alors que Mustang et Armstrong ont retrouvé Archer et Tucker, Edward parvient à échapper à Wrath et à Sloth grâce à Rose et son bébé...

Sheska et Winry sont arrivées à Resembool, en compagnie d'un homme que Winry trouve particulièrement louche. Pinako leur explique qu'il s'agit du père d'Al et d'Ed. Les deux jeunes filles ne sont pas au bout de leurs surprises. Peu de temps après, ce sont Maria Ross et Dennis Brock qui débarquent pour leur apprendre qu'Al et Ed sont recherchés par l'armée...

Roy Mustang et ses hommes ont rapidement rattrapé Ed et Al. Mustang tente de leur expliquer qui est de leur côté. Finalement, tous rentrent chez Pinako, où Ed a la mauvaise surprise de retrouver celui qui les a abandonnés, son frère, sa mère et lui, il y a bien des années. Les retrouvailles entre le père et le fils ne sont pas des plus chaleureuses...

Hohenheim a retrouvé celle qui a créé les homonculus et les manipule dans l'ombre, une jeune femme qu'il a connue il y a plus de 400 ans... De son côté, Al reçoit un mystérieux coup de téléphone tandis que Roy Mustang, de retour à Central, doit expliquer à l'assemblée des généraux pourquoi il a jugé utile de cesser de poursuivre les frères Elric...

Ayant compris ce que Scar a fait d'Al, Tucker a attiré ce dernier dans un piège afin d'utiliser ses pouvoirs pour faire revenir sa fille Nina à la vie. Ed, lui, est retourné chez Izumi afin d'en apprendre plus sur la mystérieuse Dante. A son retour, il découvre qu'Al a disparu et il se retrouve une fois de plus face à Lust et à Wrath...

Troublé par la ressemblance qui existe entre Sloth et sa mère, Al ne peut se résoudre à l'attaquer. Edward, lui, sait qu'il ne peut pas hésiter et tente de la détruire, mais son jeune frère s'interpose et l'en empêche. Lust entre alors en scène mais elle doit faire face à Wrath, bien décidé à défendre celle qu'il appelle "sa maman"...

Edward est parvenu à trouver un moyen de se débarrasser de Sloth, mais les choses n'en sont pas terminées pour autant puisque c'est maintenant Envy qui se dresse devant les deux frères... Pendant ce temps, Roy Mustang, grâce à un stratagème, est parvenu à faire croire au généralissime qu'il s'est éloigné de Central...

Envy a emmené un Alphonse plutôt désespéré dans la maison de celle qui a recueilli les homonculus et est à la poursuite de la pierre philosophale. Grâce aux frères Tringham, Ed parvient à retrouver sa trace. Pendant ce temps, les partisans de Roy Mustang doivent faire face aux soldats qui défendent le généralissime, menés par Archer...

Ed se retrouve en compagnie de son père dans un monde étrange, dans lequel l'alchimie n'existe plus et a été remplacée par une science basée sur la mécanique, un monde rempli de machines volantes, de bruit et de fureur... Pendant ce temps, Roy Mustang est parvenu à pénétrer dans la demeure du généralissime Bradley en compagnie de Lisa Hawkeye...

L'histoire touche à sa fin. Edward parviendra-t-il à rendre son corps à Alphonse ? Alphonse pourra-t-il rendre à Edward ses deux membres ?