전체 에피소드

기적을 일으킨다는 종교 지도자를 만난 에드워드와 알폰스는 그가 현자의 돌을 지니고 있다고 믿는다.

에드워드와 알폰스는 마을 사람들의 삶을 생각할 때 코넬로의 기적에 숨은 진실을 밝히는 게 맞는지 치열한 고민에 빠진다.

음울한 전시 상황에서 든든한 기둥이 되어준 어머니가 죽자, 어린 에드워드와 알폰스는 어떻게든 어머니를 살려내려고 한다.

어린 시절에 알았던 중요 인물을 찾아다니는 에드워드와 알폰스. 그 과정에서 으스스한 여인이 출몰하는 마을에 당도한다.

센트럴 시티행 기차에 올라탄 에드워드와 알폰스. 얼마 지나지 않아 하쿠로 장군과 승객들을 지키기 위해 테러리스트에 맞서 싸우게 된다.

센트럴 시티에 도착한 에드워드와 알폰스는 철명의 연금술사 쇼 터커의 저택으로 들어가 연금술사 시험 준비에 돌입한다.

공식 국가 연금술사가 된 에드워드는 터커의 키메라 실험을 면밀히 관찰하다가 이상한 점을 발견하기 시작한다.

환멸을 느낀 에드워드는 국가 연금술사 자격을 스스로 포기한다. 마을에 도착한 윈리는 연쇄살인범의 다음 희생자가 될 위기에 처한다.

탄광 식민지 점검에 나선 에드워드와 알폰스는 지역 폭군과 그의 연금술사가 과중한 세금을 거둔다는 사실을 알게 된다.

에드워드와 알폰스는 머스탱과의 만남을 피하려다 한 마을에 들어가게 되고, 그곳에서 여자 의적을 추적하는 일에 말려든다.

에드워드와 알폰스는 현자의 돌을 찾으리란 희망으로 제노타임에 가지만, 둘을 맞이하는 건 괴상한 붉은 액체를 만드는 두 소년뿐이다.

에드워드와 알폰스는 트링검 형제의 아버지가 관련된 음모와 붉은 액체의 진실을 파헤치고 제노타임을 덮친 질병을 밝혀낸다.

에드워드는 이스트 시티의 머스탱 대령에게 조사 결과를 보고한다. 함께 마르코 박사 및 현자의 돌 문제를 논의하던 둘은 충돌을 일으킨다.

변신 능력을 지닌 엔비는 코넬로로 위장하고, 마르코를 찾은 에드워드와 알폰스는 현자의 돌이 이슈발 내전과 관련됐다는 사실을 알게 된다.

암스트롱이 혼란에 빠진 주변 상황으로부터 보호해주는 가운데, 마르코는 이슈발 학살에서 행해진 잔혹 행위를 엘릭 형제에게 들려준다.

러스트와 마주친 마르코는 위기를 맞고, 암스트롱과 엘릭 형제는 리젬블로 도피한다. 이 과정에서 알폰스를 잃어버린 에드워드는 분노한다.

리젬블로 돌아가 쉬면서 회복하는 동안 에드워드는 어머니의 무덤을 찾아가고 알폰스는 기억이 흐려지고 있어 걱정이라고 털어놓는다.

러스트, 글러트니, 스카가 도서관 제1분관을 완전히 태워버리는 바람에 에드워드와 알폰스는 마르코 책을 구할 방법을 다시 찾아야 한다.

에드워드와 알폰스는 현자의 돌을 만드는 핵심 재료가 무엇인지 알고 충격에 휩싸이지만, 이내 방치된 연구소를 조사하는 일에 착수한다.

빈 갑옷에 갇혀 고통받는 혼들과 대결하게 된 에드워드와 알폰스는 철갑이 오작동을 일으키면서 곤경을 겪는다.

밸리가 연달아 폭발을 일으키는 바람에 그리드를 비롯한 수감자들이 자유의 몸이 된다. 죽었던 터커는 충격적인 모습으로 돌아온다.

바스크 글랜으로 변신한 엔비가 돌을 만들 인간 재료를 모으는 동안, 마스 휴즈는 제5연구소에서 엘릭 형제를 구출하는 일에 나선다.

에드워드가 입을 열지 않자 윈리는 속상해하고, 알폰스는 에드워드에게 가짜 영혼 이야기를 물어보기로 마음먹는다.

뛰쳐나간 알폰스는 스카와 맞닥뜨린다. 스카는 그동안 용병들에게 위협당하던 이슈발 난민 사이에서 숨어지내고 있었다.

에드워드와 알폰스는 윈리를 통해 스카를 뒤쫓아 돌에 관한 정보를 알아내고, 제5연구소와 이슈발 내전의 연결 고리를 발견한다.

에드워드, 알폰스, 윈리는 오토메일을 되찾으러 러시밸리로 가고, 머스탱은 한 고위 간부가 휴즈의 죽음에 책임이 있다고 결론을 내린다.

에드워드와 알폰스는 스승이었던 이즈미 커티스가 등장해 자신들을 다시 더블리스로 데리고 가자 생명의 위협을 느낀다.

이즈미는 에드워드와 알폰스가 삶의 교훈을 배우고 반성하는 시간을 가질 수 있도록 둘을 처음 발견했던 요크 섬에 데려다 놓는다.

에드워드와 알폰스는 요크 섬의 어린 소년이 연금술사이자 호문쿨루스이며 자기 몸을 바꿀 능력도 있다는 사실을 발견한다.

군에서는 의문의 요크 섬 소년을 잡아 남방사령부 감옥에 가두고, 요키는 이슈발인들 사이에서 스카를 발견한다.

브래들리로 변신한 엔비는 이즈미에게서 호문쿨루스 소년을 빼낸다. 한편 소년은 현자의 돌 조각을 먹고 과거를 기억해낸다.

에드워드와 알폰스가 라스와 맞붙은 현장에 이즈미가 개입한다. 새 호문쿨루스인 라스는 인간이 되려고 에드워드 신체의 나머지 부분을 찾고 있다.

알폰스의 갑옷을 차지한 마텔이 알폰스를 그리드에게 데려가자, 이즈미와 에드워드가 알폰스 구출에 나선다.

에드워드, 이즈미, 시그를 가둬 놓은 아처 중령은 쇼 터커에게 국가 연금술사 자격을 돌려주고, 그리드를 잡으라는 명령을 내린다.

에드워드와 알폰스는 윈리와 함께 이슈발 캠프로 향한다. 한편 식당에 있던 러스트 앞에 과거에 알던 존재가 등장한다.

에드워드와 알폰스는 현자의 돌에 관한 정보를 얻으려고 배에 실려 남쪽으로 끌려가는 이슈발 난민들을 돕는다.

하보크 소위가 머스탱을 감사하는 동안 부하 펄만은 하보크에게 여자 친구를 찾아줄 임무를 맡는다. 이후 머스탱은 유령이 나타나는 제13창고를 조사하게 된다.

에드워드, 알폰스, 윈리는 말다툼 끝에 갈라진다. 그 뒤 알폰스는 아는 얼굴을 우연히 만나고, 윈리는 세스카와 함께 휴즈 살해 사건을 조사하기로 한다.

국가 연금술사가 된 킴블리는 부대와 함께 리오르로 향한다. 리오르에서는 스카가 거대한 돌로 땅을 파내고 있다.

리오르에서 에드워드와 스카가 대적하는 상황에 러스트와 글러트니가 개입하고, 드디어 마지막이자 7번째 호문쿨루스의 정체가 밝혀진다.

성모 로제의 도움으로 스카는 리오르 주민들에게 지시한다. 군을 마을로 유인하되 폭력 사태를 초래해서는 안 된다는 것.

알폰스의 갑옷이 폭발성 물질로 변하기 시작한다! 에드워드가 리오르 주민들을 지원하느라 바쁜 상황에서, 알폰스를 도울 이는 스카뿐이다.

리오르에서 도망치는 엘릭 형제. 한편 윈리는 리젬블에서 낯선 존재를 만나고, 나중에 그가 에드워드와 알폰스의 아버지라는 이야기를 듣는다.

엘릭 형제의 아버지인 반 호엔하임은 호문쿨루스들의 리더와 대결에 나선다. 라이라와 로제는 낡은 교회에서 비밀 계단을 발견한다.

반 호엔하임이 호문쿨루스 리더인 단테와 대결하면서 복잡하게 뒤얽힌 과거사가 모습을 드러낸다.

두 형제가 따로 움직이면서 위험에 빠진다. 에드워드는 단서를 찾으러 단테의 저택으로 돌아가고, 알폰스는 광기 어린 쇼 터커와 만나 거래를 한다.

라스는 슬로스가 자신의 진짜 어머니라 믿고, 슬로스는 쇼 터커와 싸운다. 에드워드는 알폰스가 터커에게 속았다는 사실을 알게 된다.

대총통에 맞서려 작전을 감행하는 머스탱. 실마리가 가리키는 곳으로 향하는 에드워드. 우연히 만난 둘은 각자가 선택한 길에 대해 얘기를 나눈다.

킹 브래들리가 집으로 돌아와 아들에게 생일 선물을 준다. 에드워드는 버려진 교회에서 러셀과 만나고, 마리아와 데니가 도착해 이즈미를 지원한다.

진리의 문을 통과한 에드워드는 1차 세계대전 현장에 도착한다. 로이 머스탱은 적인 호문쿨루스 프라이드와 맞붙는다.

에드워드는 진리의 문에서 동생을 구하려면 자신을 희생해야 한다는 사실을 깨닫는다. 한편 잡혀 있던 호크아이가 탈출에 성공한다.