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Shion, 12 ans, semblait avoir un avenir brillant et généreux devant lui en tant que citoyen d'élite choisi de la communauté apparemment parfaite de la ville n°6, jusqu'à ce qu'il décide de donner refuge à Nezumi, un garçon de son âge pendant une tempête.

En hébergeant un fugitif, Shion est dépouillé de ses privilèges de citoyen d'élite et forcé de vivre en banlieue avec sa mère. On le retrouve, quatre ans plus tard, travaillant à la déchetterie.

Peu après s'être échappé de No. 6, Shion découvre qu'il est également infecté.

Suivant les instructions de la mère de Shion, Shion et Nezumi rendent visite à Rikiga, un vieil ami à elle. Rikiga se propose alors de s'occuper de Shion.

Une autre personne dans No. 6 est morte de manière étrange. Shion l'apprend par Rikiga et se rend au théâtre où Rat se produit pour l'informer de la nouvelle.

Safu est revenue à n°6 à cause de la mort de sa grand-mère. Pendant son séjour, elle apprend ce qui est arrivé à Shion.

Nezumi apprend par la note de Karan que Safu a été pris par le Bureau de la Paix. Malgré cela, il décide de cacher cette information à Shion.

Afin de sauver Safu, Shion et Rat se dirigent vers les limites du District Ouest pour rencontrer une vieille connaissance de Rat.

Shion, Nezumi, Inukashi et Rikiga essaie de prendre un client de Rikiga au piège afin de lui soutirer des informations sur les projets de No. 6.

Shion et Nezumi évacuent avec le reste de la population et s'infiltrent dans un laboratoire à la recherche de Safu.

Inukashi et Rikiga attendent que Nezumi et Shion les rejoingnent, tandis que Shion et Nezumi viennent de rencontrer Safu. Pendant ce temps, la célébration des feux d'artifice est sur le point de commencer.