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Shion, un ragazzo di dodici anni, sembrava avere davanti a sé un futuro brillante come cittadino di un'élite scelta della comunità apparentemente perfetto della città No.6, fino a quando non decide di dare rifugio durante un tifone a Nezumi, un ragazzo della sua età, anche dopo aver saputo che è un ricercato.

Per aver dato rifugio ad un latitante, Shion è spogliato dei suoi privilegi di cittadino d'élite ed è costretto a vivere in periferia con la madre. Quattro anni più tardi, mentre lavora alla sorveglianza del parco, rinviene il cadavere di un uomo. Poiché alla notizia non viene dato alcun risalto nei mezzi di informazione, mette in discussione l'autorità della città e per questo è arrestato, ma viene salvato da Nezumi durante il trasferimento in prigione. Dopo la fuga del duo fuori dai cancelli della città, Nezumi mostra a Shion ciò che sta veramente al di là delle mura di No.6.

Shion scopre di avere all'interno del proprio corpo una larva di vespa assassina. Nezumi riesce ad estrargliela in tempo, sebbene a causa sua i capelli gli diventino bianchi e degli strani segni gli compaiano sul corpo. Nezumi è disposto a far conosce al ragazzo la verità sulla città, ma se a quel punto sarà ancora intenzionato a salvarne gli abitanti, vorrà dire che saranno nemici.

In seguito alle istruzioni della madre, Shion e Nezumi fanno visita alla Rikiga, un suo vecchio amico. Rikiga si offre di prendersi cura di Shion, ma il ragazzo perde il controllo quando chiede Nezumi di prostituirsi per lui. Intanto Inukashi capisce che Nezumi si è affezionato a Shion e per questo motivo si convince che si sta rammollendo. Per questo motivo lo attacca con i suoi cani, ma la loro lotta si interrompe con l'arrivo Shion, che comunica a Nezumi di aver deciso di rimanere a vivere lì.

Un'altra persona al No.6 è improvvisamente invecchiata e morta. Sion sente la notizia da Rikiga e si reca al teatro dove Nezumi sta recitando per informarlo della notizia. Ma durante lo spettacolo, Nezumi sente il vento soffiare e una canzone, svenendo sul palco. Nel frattempo, in un museo d'arte nel No.5, anche Safu sviene.

Safu torna al No.6 per la morte della nonna e capisce che c'è qualcosa di strano; cerca di contattare Shion senza riuscirci. Allora viene a sapere da sua madre dove si trova il ragazzo ma improvvisamente, mentre progettava di recarsi da lui, viene fermata dalla Sicurezza. La madre di Shion manda un messaggio di aiuto al figlio ma è Nezumi, dopo un diverbio col ragazzo, a riceverlo.

Nezumi apprende dal messaggio di Karan che Safu è stata arrestata. Tuttavia decide di nascondere queste informazioni da Sion e segretamente inizia a raccogliere informazioni sul penitenziario. Tuttavia Sion trova il cappotto di Safu, contrabbandato dalla struttura correzionale, e capisce dove è finita la ragazza, che nel frattempo viene trattata come un "campione" da parte dei ricercatori dell'istituto dove è stata rinchiusa.

Nezumi porta Shion si recanoad incontrare un uomo che è raffigurato in una fotografia insiema a Karan, la madre di Shion. L'uomo rivelerà di essere uno dei fondatori del No.6 e ne racconterà la storia, nonché quella di Eriulias e del Popolo della Foresta.

Nezumi riesce a venire in possesso di informazioni riservate grazie alle quali progetta di introdursi nel No.6, all'interno del settore in cui Safu è rinchiusa. Così nel Giorno Sacro lui e Shion si lasciano catturare da squadre appositamente mandate a rastrellare i sobborghi della città.

Nezumi e Shion si infiltrano nel Settore 1 e seguendo la voce di Safu, che ha in visione Eriulias, Shion conduce entrambi verso la sala dove è rinchiusa. Ma l'allarme di un'intrusione è stato dato e lungo il percorso si troveranno a dover affrontare difficoltà sempre maggiori, tanto che il ragazzo dovrà compiere l'irreparabile.

Shion and Nezumi have overcome many difficulties to reach Safu, but the Safu that they find is not what they expected. Meanwhile, those gathered to celebrate the Holy Day are attacked by parasitic bees. Will No. 6 survive and what will be the fate of Shion and Nezumi?