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Tokyo, 2120. Un drone de transport s'écrase, et les nouveaux inspecteurs de l'Unité Une, Arata Shindo et Kei Mikhail Ignatov, enquêtent. En découvrant que Asahi Rick, le comptable de la compagnie Hyper Transport, a disparu, Arata utilise la Traque Mentale pour le retrouver, mais il est mort. Arata et Kei suspectent une mise en scène de l'accident et partent à la recherche du meurtrier de Rick.

L'Unité Une poursuit un suspect de l'accident, un cadre de Hyper Transport, Takumi Yonehara, dans un quartier abandonné. Mais quand ils le trouvent, il est déjà mort. Arata et Kei ignorent les ordres de la chef Shimotsuki et partent après le cerveau de l'affaire, Sasagawa, à l'aéroport Ariake, où deux inconnus leur barrent la route : Shinya Kogami et Nobuchika Ginoza des Affaires Étrangères.

Après sa rencontre avec Karina Komiya, Arata sent quelque chose d'énigmatique en elle, mais n'arrive pas à résoudre l'affaire. C'est alors que Lee Aki, le secrétaire de son adversaire, Kosuke " Hercule " Yakushiji, est assassiné. L'Unité Une décide de se séparer pour enquêter à la fois sur les suspects et leurs victimes.

La journaliste indépendante Yayoi Kunizuka rejoint l'Unité Une en tant que consultante d'enquête pour combler l'absence de Kei suite à sa suspension. L'enquête progresse et l'Unité Une découvre le plus grand secret de Karina Komiya. Supposant que Karina sera la prochaine cible attaquée, ils se précipitent au débat politique qui a lieu à l'Arène Giga.

Une Zone Religieuse Spéciale est établie, où les immigrants peuvent pratiquer leur foi librement. Les leaders religieux se rassemblent pour un événement dans la Nouvelle Ville Mitake, le lieu de la Zone Spéciale, mais il devient la cible d'une attaque terroriste à la bombe par un homme avec des explosifs implantés dans l'estomac. L'Unité Une commence une enquête sur la faction anti-zone spéciale.

Arata et l'équipe viennent d'apprendre qu'il y a trois autres bombes humaines quand une troisième explosion dans le quartier des usines de la Nouvelle Ville tue Joseph Auma. Au même moment, Kei et Kisaragi ont infiltré le Saut du Paradis à la recherche d'indices sur les attaques terroristes. Ils découvrent une preuve mais ils sont découverts et pris en otage.

Grâce à une Traque Mentale, Arata s'aperçoit que Kurisu est en vie et découvre la vérité derrière les attaques à la bombe. Pendant ce temps, Shimotsuki organise une descente chez le Saut du Paradis et emmène l'Unité Deux pour retrouver Kei. Torri, acculé, prend Maiko en otage et affronte Kei, mais Maiko profite d'une opportunité pour lui ôter la vie.

L'Unité Un commence à comprendre la vérité derrière les incidents qui se succèdent et fait équipe avec le SAD pour poursuivre son enquête. Arata protège le gouverneur, qui risque d'être à nouveau pris pour cible, tandis que Kei organise un piège en utilisant Kisaragi comme appât. Mais lorsqu'il arrive au lieu de rendez-vous fixé, c'est Shizuka Homura qui l'attend.