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Molly Woods a perdu son fils Humanichs Ethan, enlevé par la Sécurité Intérieure, son mari John, décédé dans un accident, et son fils Hybride, mort d'une crise de convulsion. Internée dans un établissement psychiatrique, l'astronaute s'enfuit après avoir reconnu le mode opératoire des Hybrides, responsables de la mort de plusieurs femmes enceintes. Chez la dernière victime, elle rencontre JD Richter, un policier indépendant qui enquête sur cette affaire.

Ethan a été confié à Julie, qui développe un nouvel Humanich sous l'autorité pressante d'Anna Schaefer, pour l'utiliser à des fins militaires. De son côté, le général Shepherd dirige une équipe du SWAT qui échoue à éliminer l'entité extra-terrestre. Molly ignore encore que son fils Hybride est vivant.

Julie efface les souvenirs qu'Ethan avait de ses parents et accepte de transiger sur les valeurs éthiques du novel Humanich, Lucy. Molly est la seule à pouvoir entrer en contact avec Adhu, son fils Hybride qui a déjà atteint la trentaine et serait à l'origine du décès de nombreuses femmes aux grossesses accélérées... Elle accepte de collaborer avec la Sécurité Intérieure.

Molly participe à la cartographie de l'ADN hybride dans le but de fabriquer un virus qui détruira l'espèce extra-terrestre. Ethan se souvient de Molly malgré l'effacement de sa mémoire et décide de la retrouver, encouragé par Lucy qui le pousse à transgresser les règles.

Lucy est maintenant opérationnelle et attend la localisation de ses cibles, les Hybrides. Molly se bat pour récupérer la garde d'Ethan, qui sera arbitrée par Fiona Stanton, chef de la Sécurité Intérieure. JD enquête sur les circonstances étranges de la mort de John Woods.

D'après son ADN en triple hélice, Molly comprend qu'elle porte en elle, depuis sa grossesse, une partie du génome extra-terrestre. Satisfaite des performances de Lucy contre les hybrides, Anna Schaefer demande à Julie de créer de nouveaux Humanichs sur le même modèle.

Convaincue par Adhu des intentions pacifistes des Hybrides, Molly tente de convaincre Tobias qu'une coexistence est possible avec les humains. En découvrant que les femmes ayant porté des grossesses hybrides voient leur ADN évoluer, le général Shepherd décide pourtant d'utiliser le virus et de mobiliser tous les Humanichs.

Réfugiés dans le camp des Hybrides, Molly et JD font face à une attaque d'Humanichs, qui libèrent le virus mortel. Gravement endommagée, Lucy doit être réparée mais Julie et Charlie estiment qu'il faut entièrement la reprogrammer pour limiter son libre-arbitre. Adhu, lui, est profondément atteint par le virus, et Molly commence à en ressentir les effets.

Gravement infectée par le virus, Molly se rend au siège de la Sécurité Intérieure où elle est maintenue en quarantaine. Mourante, elle replonge dans les souvenirs d'une soirée passée avec son père. Julie et Charlie se dressent contre leur direction et décident d'annuler le projet Humanichs.

Comme d'autres Hybrides, Molly est revenue à la vie. Elle parvient à s'échapper avec JD et Ethan, grâce à l'aide de Tobias, qui est alors désavoué par la Sécurité Intérieure. Lucy a été réactivée par une autorité supérieure, qui semble contrôler les Humanichs.

Molly et JD localisent l'ancien collaborateur de John Woods, Nicholas Calderon, dans l'espoir de contrer la menace Humanich. De leur côté, Julie et Charlie utilisent Lucy, nommée chef de la sécurité, pour identifier l'autorité supérieure et stopper la fabrication de nouveaux spécimens.

Calderon a donné à Molly un virus, détenu dans une amulette, qui permettra la destruction de l'intelligence artificielle et des Humanichs. À la tête de ces derniers, Lucy détrône l'autorité de Fiona Stanton et met en place un vaste projet de destruction des Hybrides et des humains...

Molly, JD et Charlie s'allient aux Hybrides pour pénétrer le bâtiment abritant l'intelligence artificielle. Ils doivent insérer l'amulette dans le centre nerveux avant que les Humanichs ne répandent, dans les principales villes du monde, un virus causant la destruction des Hybrides et de l'espèce humaine...