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Sei mesi dopo aver rivelato la sua vita e gli oscuri segreti, Molly è internata in un ospedale psichiatrico, dal quale fugge in seguito a una serie di strani omicidi.

Molly e JD incontrano un'altra donna incinta che presenta gli stessi sintomi accusati da Molly durante la gravidanza. Intanto, Julie deve fare i conti con la ribellione di Ethan.

Molly apprende la terribile verità su quello che è successo a suo figlio. Nel frattempo fa la sua apparizione Lucy, un robot costruito per dare la caccia agli alieni.

Molly scopre un messaggio nascosto nel DNA alieno su cui la GSC sta lavorando. Intanto, Ethan ritorna nella sua vecchia casa.

Molly scopre che Ethan è vivo ed è determinata a riavere suo figlio a ogni costo. Intanto, JD indaga sul potenziale coinvolgimento di Julie nella morte di John.

Molly è convinta che gli Alieni siano giunti sulla Terra con intenti pacifici. Intanto JD riceve la visita inaspettata da parte di Dorothy, la sua ex moglie.

Mentre Molly tenta di convincere Shepherd a intraprendere una trattativa pacifica, JD inizia a nutrire qualche dubbio sugli Alieni in seguito a uno strano flashback.

Dopo il raid contro gli ibridi, Molly tenta di salvare suo figlio. Intanto, Shepherd tiene in ostaggio la figlia di JD, mentre Lucy è sempre più fuori controllo.

Mentre la vita di Molly è appesa a un filo per via del virus contratto, Ares fa la sua mossa contro la GSC. Shepered e JD sono determinati a trovare l'assassino di John.

Dopo aver vissuto un'esperienza molto vicina alla morte, Molly ha una sconvolgente visione. Inoltre la fedeltà di Shepered alla GSC è messa in discussione.

Molly riesce a trovare un ex collega di John che potrebbe conoscere un modo per neutralizzare gli Humanich. Julie incarica Charlie di scoprire chi si nasconda dietro Lucy.

Molly rivela alla GSC nuove inquietanti informazioni sulla morte di Shepherd. Nel frattempo, le azioni di Lucy potrebbero avere devastanti ripercussioni.

Con l’aiuto degli ibridi, Molly e JD cercano di fermare gli Humanich che minacciano di distruggere la razza umana. Intanto, Lucy scopre qualcosa di sconvolgente sulla GSC.