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15 mois après les événements d'Artic Biosystems, une nouvelle équipe du CDC accompagné du bio-toxicologue Kyle Sommer enquête sur une potentielle épidémie sur Windjammer dans le Nord du Pacifique. Leurs recherches les orientent vers une île occupée par un mystérieux culte mené par le charismatique Michael. Pendant ce temps, 30 ans dans le future, Walker se rend sur la même île pour partir à la rechercher Alan Farragut.

L'équipe du CDC, dirigée par Peter Farragut, doit faire face, à deux cas d'infection. Hélas, l'un des patients, Isaac, reste introuvable. Avec l'aide de Michaël, le maître de l'étrange confrérie, les scientifiques commencent à la fois leurs recherches sur l'agent pathogène et la traque du malade en fuite. Jordan, aperçoit Alan, qui semble appartenir à la secte. Elle parvient à lui parler et lui révèle son secret.

Peter et Jordan quittent la sécurité de l'abbaye pour récupérer des spécimens oubliés et découvrir ce qui vit dans les bois. Pendant ce temps, soeur Amy complote pour les faire partir à tout jamais.

Comme Michael lutte pour garder l'abbaye sous contrôle, l'équipe du CDC remonte la piste de la source du pathogène. Alan combat son envie de rejoindre son équipe et confronte la réalité sur les allégeances de Peter. Dans le futur, Walker fait une tentative désespérée d'échapper à son père délirant, avec des conséquences potentiellement mortelles..

Michael enferme Peter et Alan dans une fosse. Alan s'échappe et découvre que Kyle a ses propres secrets. Agnes révèle une vérité choquante à Michael, qui se détourne radicalement d'elle pour avoir douté de lui. Dans le futur, Caleb découvre la supercherie de Walker et prend les choses en main.

Amy crée un foyer de la maladie. Michael tourmente Peter dans la fosse. Alan, Jordan et Kyle découvre la vérité sur l'approvisionnement alimentaire de l'Abbaye. Un soulèvement à l'abbaye menace la sécurité des personnes non infectées.

Comme Peter gagne un nouveau compagnon de cellule, Michael prend des mesures extrêmes quand ses fidèles commencent à se mutiner.

Les secours de la Garde C^tière arrivent sur l'île pour rapatrier l'équipe et continuer les recherches sur la source du pathogène, tandis qu'Amy affronte les plans de Michael.Jordan, convaincue que son bébé vit encore, révèle la vérité des Immortels à Kyle en échange de son aide. Dans le futur, la quête de Walker pour l'épée perdue de Hatake la fait plonger plus profondément dans les secrets de l'abbaye.

Alan, Kyle et Winger parcourent les bois à la recherche l'arbre de sève rouge qui pourrait être un remède pour l'agent pathogène.

L'abbaye devient une maison des horreurs alors que Kyle combat son infection et que Anne commence à façonner un successeur à Michael.

Walker tente de donner l'immortalité à Amy, afin de respecter sa part du marché. La Navy prépare un Plan B afin de s'assurer que le virus et les personnes infectées ne puissent quitter l'île.

Peter trouve son but en tant que nouveau leader de l'ordre de Michael, pendant que l'équipe CDC poursuit la recherche désespérée de l'Arbre Mère.

La relation d'Alan avec Walker atteint un point de non-retour, alors que sa rivalité fraternelle avec Peter éclate en flammes. Kyle fait de son mieux pour protéger un possible remède contre le virus.