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Peter Farragut, Sarah Jordan e il Dr. Kyle Sommer si recano su un'isola misteriosa per indagare su un misterioso patogeno che ha ucciso tutti tranne una persona.

Mentre il team indaga sull'isola, scopre un bambino malato, ma Sarah sospetta che ci sia qualcosa di strano quando il piccolo miracolosamente guarisce. Julia e Caleb fanno una scoperta che infittisce il mistero dell'isola quando dissotterrano la tomba di Alan.

Peter e Jordan lasciano la sicurezza dell'abbazia per recuperare alcuni campioni e scoprire che cos'è che vive nei boschi. Nel frattempo Sorella Amy sta organizzando un piano per cacciarli via definitivamente.

Michael ha difficoltà a tenere l'abbazia sotto controllo quando il team del CDC si avvicina sempre di più alla fonte del patogeno. Allo stesso tempo, Alan lotta contro il bisogno di riunirsi ai suoi vecchi colleghi e viene a patti con la realtà della nuova alleanza di Peter.

Peter svela il segreto di suo fratello facendo finire entrambi nei guai. Kyle intanto è impegnato nel suo tentativo di creare una zona di quarantena nel frutteto con il suo alveare infetto.

Il team è costretto a lavorare duramente quando un'altra epidemia minaccia di sovraccaricare l'abbazia.

Le cose sull'isola vanno di male in peggio. Altrove Walker ha deciso di andare da St. Germain dopo aver saputo di Fratello Michael.

La Guardia Costiera arriva sull'isola per portare il team del CDC su un'altra isola colpita dall'epidemia. Intanto Sorella Amy deve vedersela con Fratello Michael e i suoi piani.

Walker e Balleseros arrivano all'abbazia mentre Alan, Kyle e Winger sono nei boschi in cerca dell'albero che potrebbe contenere la cura per il virus.

All'abbazia Suor Amy fa un accordo mentre nei boschi si corre contro il tempo per cercare l'Albero Sanguinante dopo che il virus ha colpito Kyle.

Walker si prepara a impiantare il bambino di Jordan nel corpo di Amy mentre la Marina si prepara a mettere in atto il Piano B, una soluzione finale per assicurarsi che il virus, e tutte le persone infette, non lascino l'isola mai più.

Mentre Kyle e Jordan cercano di scappare dall'isola, Walker e Alan sono alla ricerca dell'Albero Madre così da poter fermare il piano mortale dell'Ilaria.

Il rapporto tra Alan e Walker raggiunge un punto di rottura tragico, mentre la relazione fraterna tra Peter e Alan s'infiamma sempre di più. Kyle fa l'impossibile per trovare una cura.