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Jim Gordon et Bruce Wayne se confrontent au chaos qui règne sur Gotham City. Leur mission de protéger la ville se complique au fur et à mesure que les méchants, qui ont survécu à l'attaque de la ville, commencent à refaire surface et à revendiquer des territoires. Parallèlement, Selina Kyle doit faire face à son avenir incertain.

Gordon et Bullock enquêtent sur un lieu où plusieurs enfants ont été kidnappés. Gordon trouve en Barbara, une alliée improbable. Bruce, quant à lui, examine une prétendue sorcière capable de guérir. Nygma fait face à ses propres démons.

Avec la création d'un lieu sûr pour les réfugiés "Haven", Gordon espère mettre un terme aux combats entre gangs rivaux. Selina est déterminée à trouver Jeremiah et elle convainc Bruce de l'aider. Pingouin se rend à Haven afin de récupérer son personnel.

Gordon et Pingouin sont contraints de travailler ensemble. Lucius, Nygma et Barbara ont tous une hypothèse différente au sujet du responsable des événements récents qui ont lieu à Haven. Selina poursuit sa quête de vengeance.

Une force militaire, dirigée par Eduardo Dorrance, est appelée afin de venir en aide à Gotham City. Pendant ce temps, Nygma cherche des réponses auprès de Pingouin. Bruce s'inquiète du comportement récent de Selina.

Gordon réunit une équipe improbable pour protéger la ville de Gotham d'Eduardo Dorrance et de son Delta Force. Barbara fait des révélations choquantes à Gordon. Au même moment, Selina et Pingouin font équipe pour déjouer le plan de Magpie.

Gordon est à la recherche du criminel qui met en péril la possible réunification de Gotham avec le continent. Jeremiah revient en ville et organise une reconstitution malsaine de l'assassinat des parents de Bruce Wayne avec l'aide de Jervis Tetch alias Mad Hatter.

Gordon et Bullock enquêtent sur deux meurtres perpétrés à Sirens. A cette occasion, le passé de Bullock revient le hanter. Au même moment, Bruce et Alfred explorent les tunnels sous la ville. Le projet d'évasion de Pingouin et Nygma va être contrecarré.

Alors que Gordon tente de mettre en place un cessez-le-feu, quelqu'un lui tire dessus. Il se met à halluciner. Parallèlement, Ivy revient et jette un sort à Bruce laissant Selina se défendre seule. Barbara et Pingouin envisagent de partir. Lee souhaite également changer de vie.

Gotham est au bord de la réunification, Gordon et Bruce se retrouvent face à Eduardo. Ils vont enfin découvrir le cerveau derrière le chaos actuel de la ville. Pendant ce temps, Barbara demande de l'aide à Lee.

Bane présente son plan final afin de détruire la ville de Gotham, Gordon doit se rallier à ses anciens ennemis pour sauver la ville. Pendant ce temps, Nyssa al Ghul kidnappe la fille de Barbara. Bruce prend la décision de quitter Gotham ce qui dévaste Selina...

Dix ans plus tard, Bruce Wayne retourne à Gotham afin d'inaugurer la nouvelle tour "Wayne". Au même moment, une série de crimes amène Gordon à croire que le Pingouin et The Riddler y sont mêlés. Quand Bullock est condamné pour un meurtre, Gordon pense que Gotham est la cible d'un complot plus vaste qu'il le pensait. Pendant ce temps, un personnage de l'ombre émerge pour devenir le héros dont la ville a désespérément besoin.