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悪党たちがそれぞれの縄張りを主張する混乱状態のゴッサムで、街の安全を守ろうと奔走するゴードンとブルース。セリーナは不安定な未来に直面する。

"魔女"を探すブルース。ゴードンとブロックは、さらわれた子供たちが働かされている工場の存在を知る。同じ頃、ニグマは自分の中の悪魔と闘っていた。

ゴッサムの避難民のために安全地帯がつくられるが、ペンギンが乗り込んでくる。決着をつけたいセリーナは、ブルースにジェレマイア捜しの協力を頼む。

安全地帯が何者かに爆破され、ペンギンがゴードンに協力を申し出る一方、ルーシャスとニグマは取引をする。セリーナはジェレマイアに近づくが...。

ゴッサムの秩序を回復するために政府軍がやってくる。自分がしたことに対する答えを求めるニグマはペンギンにたどりつき、ストレンジ教授と再会する。

ゴッサムを取り戻すための戦いに挑むゴードンのもとに、意外な面々が集結する。新たな悪党の登場に、手を組むことになったペンギンとセリーナ。

ゴッサムの孤立解消を妨げる危険分子の存在を明らかにしようと急ぐゴードン。同じ頃、マッドハッターの助けを借りて、ある悪党が再び活動を始めていた。

ゴッサムの警察官を狙う、姿を自在に変えられる悪党が出現し、ブロックは過去の亡霊と向き合うことに。ブルースとアルフレッドは下水道を捜索する。

銃撃され、生死の境をさまようゴードン。こん睡状態の中で、過去の数々の失敗を裁かれる夢を見る。街に戻ってきたアイビーはブルースに狙いを定める。

ブルースとゴードンは、ストレンジ博士の手で新たな存在に生まれ変わったエドアルドと直接対決する。妊娠中のバーバラは、リーに助けを求める。

ベインとナイッサがゴッサムを制圧しようとするなか、街を救うためにゴードンはかつての敵たちと手を組む。ブルースの決断は、ついに彼を宿命へと導く。

新ウェイン・タワーの落成式のために、ゴッサムを離れたブルースが10年ぶりに街に戻ってくる。そして、ゴッサムは今こそ闇の騎士を必要としていた。