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Après avoir perdu son premier combat contre un chasseur transformable de l’Anti-Alliance, Shin se réveille et se retrouve échoué sur une île, Maya. Coincé pendant que ses blessures guérissent, il essaie de trouver un moyen de contacter sa base. Il se lie d’amitié avec Mao, une fille de l’île et une sorte d’entente avec la sœur aînée de Mao, Sara.

L'Alliance a développé son propre avion de combat transformable, le VF-0 (ou «zéro»). L'action se passe dans les cieux au-dessus de l'île de maya, mettant ainsi la vie de Mao et des autres insulaires à risque, mais donnant à Shin une chance de repartir au combat.

Shin découvre que Sara et Mao ont d’étranges capacités liées à l’île. La tension entre Sara et Aries s’intensifie, car le mentor de Sara est le même professeur qui lui a prélevé du sang à un plus jeune âge. Pendant ce temps, Mao emmène Shin dans l’océan pour lui montrer le « trésor secret » de l’île (un grand fragment de l’ancienne relique connue sous le nom de « AFOS »). Là-bas, Shin en apprend davantage sur l’adaptation à différents environnements en observant un banc de poissons volants et une volée d’oiseaux qui nagent également. Mais Maya et l’océan qui l’entoure redeviennent une zone de guerre lorsque les forces anti-ONU attaquent la flotte d’Asuka II et l’île dans l’espoir d’emporter l’AFOS lourdement gardée. Shin et Edgar (à bord de leur VF-0D) doivent protéger le fragment AFOS des forces d’invasion.

Après un atterrissage en catastrophe, Shin trouve une prêtresse dans la jungle maya. Bien qu’ils soient tous les deux capturés et torturés, ils parviennent à s’échapper, mais ils sont poursuivis sans relâche par leurs ennemis.

Dans le Pacifique Sud, deux forces militaires se préparent à une guerre nucléaire. En désespoir de cause, Shin et Sara décident de se sacrifier. . . afin de protéger le peuple maya.