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1999年，围绕坠落地球的外星人宇宙战舰，统合战争爆发。此后，飞行员接连牺牲，少年们也被驱赶上战场。某日，统合军飞行员工藤真驾驶爱机F-14出击，却被反统合同盟的战斗机击落。随后，他在迫降的玛雅岛上遇到了巫女莎拉。

在玛雅岛度过宁静时光的工藤真，目睹了击落自己F-14的敌可变战斗机与统合军可变战斗机之间的战斗。为救助岛上的少女玛奥，真前往岛屿中央。此时，统合军的可变战斗机“VF-0”在他面前迫降。在激烈的战斗与谜团交错中，工藤真登上了那架“VF-0”。

返回航母“飞鸟”号的工藤真，仍不习惯操作可变战斗机“VF-0”。此时，反统合同盟的潜水空母“阿乌埃尔施泰特”射出了“SV-51”。另一方面，统合军也投入了反应装甲女武神（Reactive Armored Valkyrie）和 Destroid 机甲，在海上展开激烈战斗。战火最终也蔓延到了玛雅岛。

工藤真等人被反统合同盟的诺拉部队俘获。但从哈斯福德博士那里了解到“鸟之人”传说的真与莎拉，借助“鸟之人”的力量从诺拉部队手中逃脱，在玛雅岛的森林中徘徊。而统合军与反统合同盟围绕“原始文化遗迹”的争夺战，终于迎来了最终局面。

反统合同盟的轰炸使玛雅岛陷入火海。因战争带来的憎恨与悲伤的连锁，最终唤醒了沉睡的“鸟之人”。急于夺取“鸟之人”的统合军与反统合同盟展开壮绝的战斗，但在拥有压倒性破坏力的“鸟之人”面前，双方均束手无策。与此同时，工藤真为救出莎拉而主动出击。