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Cortana, l'intelligence artificielle avancée qui acompagne le Major a emagaziné et assimilé suffisamment d'informations afin de pouvoir retracer l'histoire des Forerunners et de l'humanité. Les Forerunners étaient un peuple exemplaire de sagesse et de droitesse. Mais un jour, ils sont menacés par les mystérieux parasites nommés "Flood" qui se logent dans le corps des êtres vivants ayant un minimum de masse cérébrale pour se reproduire. Les Forerunners se sont battus de toute leur force contre cette invasion mais en vainc. Ils ont alors eu recours à une ultime arme qu'ils ont mise au point pour exterminer les parasites: les Halo. Ces anneaux destructeurs propagent des ondes qui tuent tout être vivant suceptible de constituer une source de nourriture pour les parasites.

Cortana poursuit l'anthologie de l'humanité. Les hommes se sont développés et ont engendré de nombreuses civilisations et technologies. Mais leur histoire est parsemée de nombreuses guerres au sein de leur propre espèce à cause de leurs ambitions démesurée pour la conquête. Ainsi, la Terre finit par devenir trop petite pour les hommes qui entamèrent la colonisation de la Voie Lactée. Dans leur périple, ils découvrent la formidable technologie Forerunners et les Halo, sans pour autant connaître les antécédents de ces armes destructrices.

Un Arbitre nommé Fal ne veut pas suivre la religion du Covenant. L'un des Prophètes accuse Fal d'hérésie. Fal refuse de céder et le Prophète est contraint d'envoyer un autre Elite pour tuer sa femme afin de le pousser dans un piège.

Homecoming se concentre sur une des camarades Spartan-II de Master Chief alors qu'elle aide les forces du UNSC dans une bataille contre le Covenant. Pendant l'escarmouche, elle fait plusieurs flashbacks de son enfance, lorsqu'elle grandissait dans le programme Spartan top-secret et moralement discutable.

Odd One Out est une histoire parodique de l'univers de Halo et n'est pas canon. Elle suit les aventures de Spartan 1337, un membre de l'unité du Master Chief qui souffre à la fois d'un ego démesuré et d'une malchance catastrophique, bien qu'il soit un combattant plutôt compétent à sa manière.

L'histoire se concentre sur un marine qui est envoyé sur une planète lointaine pour détruire un prototype d'armure équipée. À son arrivée, il découvre que la planète est encore habitée par des humains qui sont sous le contrôle du Covenant. Étant donné que l'armure est le seul moyen de survie pour les habitants, le marine désobéit aux ordres et garde l'armure pour le bien des habitants.

"The Babysitter" suit une escouade de quatre Orbital Drop Shock Troopers, ou Helljumpers. L'escouade est composée du soldat O'Brien, de Dutch, du sergent-chef Cortez et du caporal Checkman. O'Brien est remplacé comme tireur d'élite de l'escouade par Cal-141, un SPARTAN-II, et devient désormais la réserve. L'escouade est envoyée dans une zone Covenant sous couvert d'une pluie de météores pour éliminer un Prophète.

À bord d'un vaisseau humain camouflé, un groupe de super-soldats d'élite appelés Spartans (John-117/Master Chief, Frederic-104, Kelly-087, Arthur-079 et Solomon-069) est briefé par un officier du renseignement concernant leur mission. Une flotte Covenant est momentanément piégée dans le système, et transporte un "paquet" important que les Spartans doivent récupérer.