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Beginning aboard the Forward Unto Dawn, on which Cortana and Master Chief were stranded after the events of Halo 3, Cortana begins by musing of her seven years of existence and that she has learned a great deal more about the Forerunners than was previously known. The story then shifts to a Forerunner planet before the invasion of the Flood, and then leads up to infection of the planet and it's eventual orbital bombardment.

The Forerunners realize the futility of their actions. They build the Halo network at the Ark and then dispersal them throughout the universe. After the cataloging of all sentient species (of which an early Elite, Brute, Jackal, Grunt, and Human society are shown) The Forerunners activate the Halo rings and wipe out all traces of themselves and the Flood.

O Arbiter chamado Fal não quer seguir a religião Covenant. Um dos profetas acusa-o de heresia. Fal não se rende, o Profeta é obrigado a enviar outro Elite para matar sua esposa, a fim de arrastá-lo para uma armadilha.

Conhecemos um dos companheiros de Master Chief, que auxilia as forças UNSC na batalha contra os Covenant. Durante o tiroteio, ela sofre uma série de flashbacks de quando era uma jovem que cresce dentro do programa secreto e moralmente questionável "Spartan".

Nesta sátira não-canônico baseado no universo de Halo, encontramos um Spartan infeliz, o 1337, em uma outra situação, acidentalmente ele desliza para fora do seu transporte voando sobre um planeta primitivo.

A história é centrada em um fuzileiro naval que é enviado a um planeta distante para destruir um protótipo de uma poderosa armadura. Após a sua chegada, ele encontra o planeta por seres humanos que estão sob o controle da Aliança. Como o único meio de sobrevivência para o povo, ele desobedece ordens para obter o bem do povo.

Seguimos por uma equipe da ODST. O pelotão é composto por O'Brien, Sargento Cortez, e Checkman. O'Brien o franco-atirador do esquadrão está sendo substituído por Cal-141, um SPARTAN-II, e agora é o backup. O pelotão é enviado para a zona Pacto para eliminar um profeta.

A bordo de uma nave camuflada humana, um grupo de espartanos (John-117, Frederic-104, Kelly-087, Arthur-079 e Salomão-069) são informados por um oficial da inteligência sobre a sua missão. Recuperar um "pacote importante".