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Quand l'agent Jameson Locke et son équipe sont pris dans une horrible attaque biologique terroriste sur la lointaine colonie de Sedra, ils doivent s'en remettre à une improbable source pour obtenir des informations essentielles sur ceux qui ont fomenté l'attaque et ce que cela signifie pour la race humaine.

Les troupes de l'ONI sous de commandement de Locke et un détachement de la planète Sedra sous les ordres du Colonel Aiken foncent vers le danger. À la suite d'une attaque biologique, l'équipe quitte Sedra à bord d'un dropship Condor pour un champ de bataille périlleux: les vestiges du Halo Alpha.

La tension monte entre l'agent Locke et le colonel Aiken alors qu'ils tentent de récupérer le HAVOK piégé dans l'épave de leur vaisseau écrasé. Tandis que l'équipe essaye d'achever la mission tout en repoussant la nouvelle menace, cela pourrait s'avérer mortel pour plus d'un soldat.

Locke et son escouade ONI, et à leur côté le colonel Aiken et sa garde Sedran, essayent toujours d'atteindre l'épave de leur vaisseau. Mais les vers chasseurs, mortels et attirés par la technologie, qui habitent cette partie du Halo déciment l'équipe. Alors que les vers font de plus en plus de victimes, les membres de l'équipe envisagent la possibilité de ne jamais être secourus et des alliances se dessinent. Les tensions grondes, Locke et Aiken doivent faire leur possible pour maintenir leurs équipes unies suffisamment longtemps pour que quiconque puisse survivre.

Pour accomplir leur mission, de vrais soldats font l'ultime sacrifice, ne laissant aux autres qu'une course vers la fuite et la volonté de survivre.