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Ryan et Russell, ancien chef de la police scientifique de Las Vegas enquêtent sur un meurtre. Mais, grâce à la technologie, les experts savent que tueur n'a pas beaucoup de chance de s'en sortir. Pendant ce temps, Avery doit décider d'accepter l'offre d'être nouveau directeur adjoint du FBI, suite au départ de Simon Sifter. Raven et Nelson commencent une relation tandis que Mundo apprend que son père a un cancer, et Krumitz doit comparaître devant le tribunal après que sa soeur a tué le meurtrier de leurs parents.

Quand la meilleure amie de Raven Ramirez est suspectée de meurtre, la cyber-équipe enquête pour essayer de l'innocenter.

Des émeutes à caractère racial commencent à faire rage suite à l'assassinat d'un homme noir par un policier. L'équipe d'Avery est chargée de retrouver l'homme à l'origine de ces troubles, qui a piraté la caméra d'un officier de police. Elijah est interrogé par les forces de l'ordre.

Les Cyber Experts sont confrontés à un enlèvement d'enfant. Le ravisseur se sert d'une application téléphonique pour attirer ses proies. Elijah continue à se montrer agressif envers Avery. Pour sa part, D.B. semble être sur un petit nuage…

Un pirate prend le contrôle de tous les dispositifs médicaux dans un hôpital de Dallas et menace de tuer un patient toutes les heures si l'on ne cède pas à ses exigences. Avery et son équipe doivent localiser l'origine de cette cyber attaque et comprendre comment le hacker a accès au système de sécurité de ce centre médical, pourtant impénétrable.

Propulsés dans l'univers des courses de rue, les cyber experts traquent un hacker qui a détourné une voiture, créant ainsi plusieurs accidents. Avery devient directrice adjointe de l'unité. Russel cherche à savoir qui a dérobé tous les ressorts de stylos du département de la cyber division et pourquoi.

Une femme discute avec ses parents par vidéo quand elle se fait brutalement assassiner. L'équipe est sur le coup. Avery va devoir redoubler de sang-froid quand elle va faire face à un voisin, unique témoin du meurtre, souffrant de troubles de stress post traumatiques.

La traque est lancée : Avery risque sa vie en se lançant à la poursuite d'un des criminels les plus recherchés de la Cyber division. Il a tué un agent d'Interpol, ami d'Avery.

L'équipe d'Avery enquête sur l'assassinat d'un hacker, recruté pour effacer des commentaires sur un site de confessions en ligne.

Soudainement, des distributeurs automatiques de billets rejettent de l'argent dans la rue. Suite à ce dérèglement, une personne est retrouvée morte. En charge de l'enquête, Avery et la Cyber Division découvrent que le braquage de la banque est le fruit d'un pirate informatique nommé Robin des bois.

Le vol Argus Air 272 est sorti de son itinéraire. Le contrôleur aérien le voit sur son radar, mais il n'arrive pas à entrer en communication avec l'avion. Puis brusquement, cinquante appareils Argus 272 apparaissent sur le radar puis, disparaissent tout aussi soudainement. Il n'y a plus aucune trace du vol 272. Il a disparu du radar. Une intrusion informatique a été repérée dans le système de gestion des plans de vol. Avery et son équipe cherchent à comprendre ce qui s'est passé. C'est le GPS embarqué dans l'avion qui donne sa position. Or, il n'émet plus. Un marshal explique à Avery qu'à bord ce cet avion, se trouve une jeune fille qui bénéficie de la protection des témoins ainsi qu'un marshall, chargé de veiller sur elle. Mais Erica Chan est aussi dans l'avion pour tuer ce témoin d'un meurtre par les triades chinoises.

La Cyber Division se lance dans une terrible course contre la montre lorsqu’est découvert un virus se propageant de routeur en routeur dans tout New York et infectant tous les téléphones sur son chemin, les empêchant d’appeler les secours en cas de besoin. L’enquête révèle peu à peu qu’ils ont affaire à un ex-standardiste des secours, sadique audiophile véritablement drogué à la panique de ses victimes. Il a ainsi échafaudé un plan pour enregistrer la peur de milliers de personnes à travers la ville afin de pouvoir les écouter. La tension monte encore d’un cran lorsqu’Avery et son équipe s’aperçoivent que pour fêter l’anniversaire de son licenciement, il compte reproduire ses trois plus grandes "réussites", trois personnes qu’il a réussi à faire mourir en n’envoyant pas les équipes de secours à temps. D.B. reçoit un sms ne lui étant pas destiné dans lequel une inconnue tente de reprendre contact avec un ancien amant. Il décide, par curiosité, de retrouver cette femme dont il admire à la fois le courage et la fragilité. Par un concours de circonstances, il fait la connaissance d’une certaine Greer Latimore, ex-agent des services secrets.

Un hacker se fait payer pour "tuer" digitalement des personnes en éditant un certificat de décès, causant ainsi des difficultés administratives et les empêchant de continuer leur vie. L'ex mari d'Avery a été victime du hacker et demande l'aide à l'équipe

Le meurtre d’une joggeuse, devenue une proie facile grâce au piratage de son bracelet connecté, mène la Cyber Division en Caroline du Sud sur les traces de ce qui semble être de prime abord une sordide affaire de trafic d’organes. Au final, l'équipe engage une course contre la montre désespérée pour sauver un proche d’une maladie héréditaire mortelle. Krumitz et Nelson parient sur la persévérance d’un petit nouveau dans l’équipe technique du FBI. Avery et D.B. décident d’assister à un match de basket où leurs équipes respectives s’affrontent.

Avery découvre dans un de ses cartons de déménagement une tablette montrant la voiture qui transportait sa fille, quelques minutes avant l'accident qui lui a coûté la vie. Puis une question : Vous n'avez pas pu sauver votre fille. Et moi, pourrez-vous me sauver ? Par élimination, Avery comprend que le "moi" désigne Grace Clarks, la meilleure amie de sa fille, avec qui elle a renoué des liens depuis quelques mois. En répondant à cette question, la Cyber Division accède à l'image de Grace, attachée et reliée à des fioles de produits qui finiront par la tuer. La règle du jeu est simple : à chaque mauvaise réponse à une énigme, elle reçoit le contenu d'une fiole. C'est le moyen qu'a imaginé Python pour se venger du suicide de sa mère, dont il rend Avery responsable.

Lorsqu’une photo de meurtre est massivement diffusée sur un réseau social de partage d’images, la Cyber Division se lance dans la traque d’un tueur en série hyper connecté des plus retors, qui assassine des personnes en laissant un mystérieux QR Code sur leur corps, code contenant un lien vers la photo de son crime suivant. L'équipe se rend bientôt compte que le meurtrier s’en prend à des personnes ayant violé le règlement sur la publication de contenu abusif du réseau social, que ce soit en postant des incitations à la haine, de la pornographie, des images violentes, en faisant l’apologie de la drogue ou en se rendant coupable de harcèlement moral. De son côté, Elijah explique à son père qu’une barmaid appelée Nina le harcèle. Cal décide de s’occuper lui-même du problème et se rend au Conaghan’s Pub où il entame un échange assez vif avec Nina, avant de s’effondrer. Cette dernière appelle les secours et profite de cet évènement pour se présenter comme la femme d’Elijah à l’hôpital afin de pouvoir le voir à son arrivée. Ce dernier la rejette avec véhémence et lui annonce qu’il va demander une injonction d’éloignement.

Greer a été engagée par une société qui gère une application GPS participative. Plusieurs de leurs clients ont été déroutés, puis volés. La Cyber Division arrive donc à Los Angeles pour enquêter sur ce piratage. Or, trois jeunes filles, cachées sous des visières irisées, se vantent d'avoir commis les vols. Elles se sont baptisées la "Flash squad". Ces voleuses s’intéressent aux bijoux et aux articles de luxe. En localisant tous les utilisateurs de l'application, la division repère un utilisateur dont le téléphone n'a pas bougé d'une rue depuis la veille. Il s'agit de Joel Matthews. Il a été victime de la Flash squad. Son corps et celui d'une jeune fille sont retrouvés près de sa voiture. Resté à Washington, Nelson informe Raven qu'il a porté plainte contre le FBI qui a utilisé dans son procès une pièce à conviction qui n'était pas couverte par un mandat fédéral. Il y a donc vice de procédure. Nelson espère regagner ainsi sa liberté. Avery et son équipe découvrent que la jeune fille trouvée auprès de Joel Matthews est encore en vie. Elle s'appelle Riley Van Lowe et elle a 20 ans.

Lorsqu’un vol de données top secrètes laisse tout le gouvernement américain à la merci de ses ennemis, la Cyber Division se voit confier la lourde tâche de remédier au problème et de récupérer les données avant qu’elles ne se retrouvent entre de mauvaises mains. L’enquête avançant, l’équipe se rend compte qu’un jeune hacker âgé de 13 ans, Jake Hazelton, est à l’origine de l’attaque, mais il n’avait pas de mauvaise intention. En effet, le pirate a alerté lui-même les autorités, les prévenant de la vulnérabilité de leurs serveurs et devant l’absence de réponse, il a mis à jour les protocoles de sécurité. Mais un autre hacker, Echo, est bien déterminé à tuer Jake et à récupérer le disque dur contenant les données pour les vendre à la Russie. De retour au centre opérationnel, Avery a la surprise de découvrir son ex-mari dans son bureau. Ils décident de se remettre ensemble. Alors que la journée se termine, Nina se glisse dans le parking souterrain du FBI pour tendre une embuscade à Elijah.