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Dopo l'arrivo di D.B. Russell nella Divisione Cyber, la squadra sta indagando su di un caso di furto ed omicidio, compiuti da qualcuno che è riuscito a violare a distanza il sistema di sicurezza della casa della vittima. Nel mentre Krumitz deve testimoniare al processo di sua sorella; Elijah scopre che suo padre ha il cancro; Raven e Nelson iniziano una relazione ed Avery prende in considerazione di accettare il ruolo di vicedirettore.

Raven deve fare di tutto per dimostrare l'innocenza di un'amica, accusata dell'omicidio di un uomo che aveva conosciuto su un sito di incontri.

La squadra deve scoprire chi ha violato la videocamera di un agente di polizia e messo online il video del probabile omicidio di un afroamericano, per fermare le violente dimostrazioni a sfondo razziale che stanno avvenendo in città.

La Divisione Cyber indaga sul rapimento di un bambino, indotto da una falsa leggenda che gira su internet ad andarsene di casa. Avery sospende temporaneamente Elijah, a causa del comportamento troppo violento dell'uomo.

Un hacker che è stato in grado di controllare tutti gli apparecchi medici dell'ospedale, mette sotto scacco tutta la squadra. Inoltre, ad Avery torna in mente sua figlia, dopo che un'amica del passato verrà a trovarla; mentre Russell ritornerà a pensare alla sua amica Finn, dopo aver visto un'altra ragazza in coma.

Avery e Russell indagano sulla morte di un uomo, morto in un incidente causato da un'auto senza pilota, a controllo remoto. Avery viene nominata ufficialmente vice direttore.

Una ragazza viene ammazzata mentre sta intrattenendo una video chat con i suoi genitori. Il principale sospettato è il vicino di casa che soffre di agorafobia.

La squadra indaga su Python, il criminale più ricercato dalla Divisione Cyber, dopo che questi ha ucciso un agente dell'Interpol, amico di Avery. La squadra riuscirà a scoprire la vera identità di Python ma a caro prezzo, dato che questi riuscirà ad infiltrarsi ed a compromettere l'FBI.

Ora che Russell è andato a Las Vegas per testimoniare, Avery deve occuparsi dell'omicidio di un'hacker, ingaggiata per rimuovere le prove di uno stupro.

L'emissione gratuita di soldi, dagli sportelli automatici, causa la morte di un uomo. La squadra dovrà cercare il Cyber Robin Hood che ha provocato tutto questo.

La squadra è chiamata ad indagare quando i server del controllo del traffico aereo vengono hackerati ed un aereo viene dirottato.

Avery e Russell devono indagare su di un virus aereo che infetta tutti i telefoni e che impedisce alle persone di chiamare il 911. Al termine dell'episodio Russell incontra Greer Latimore, dopo averla scambiata per la donna misteriosa che gli mandava i messaggi.

La Divisione Cyber è chiamata ad indagare dopo che un hacker ha provocato la "morte" digitale dell'ex marito di Avery.

La squadra indaga sulla morte di una donna, rapita mentre stava facendo jogging, utilizzando la sua app di fitness. Il tutto si scoprirà collegato ad un'operazione dilettante di prelievo organi.

Python sfida la squadra a risolvere numerosi enigmi, per permetterle di salvare Grace, la figlioccia di Avery, da lui rapita. Al termine dell'episodio Avery sparerà a Python, dopo che questo si è introdotto a casa sua.

Il team deve rintracciare un hacker che sta punendo una persona per ogni categoria dei cinque peccati capitali dei social network: incitamento all'odio, pornografia, violenza, droga e trolling.

La squadra, dopo l'omicidio di un uomo ed il ferimento grave di una donna, deve rintracciare le hacker che rapinano le persone, dopo averle fatte andare in posti isolati, manomettendone l'app del traffico.

Quando un hacker compie il più grande furto di dati della storia, la Divisione Cyber viene chiamata ad indagare. Dopo che tutto si è risolto per il meglio, però, la stalker di Elijah riesce a sparare a Russell, dopo che questi è intervenuto per aiutare l'amico. La scena si sposta poi a mostrare le vite di tutti i membri della squadra, dopo che sono passati 4 mesi dall'accaduto: Nelson diventa ufficialmente un agente dell'FBI, mentre Raven ne diventa consulente; Krumitz addestra nuovi hacker per l'FBI; Russell infine si trasferisce con Greer a Parig