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Mabuchi Kyoma, un chasseur de prime, tombe par hasard sur un mystérieux robot ressemblant étrangement à une humaine alors qu'il traquait des trafiquants de coils clandestins.

Mira Yurizaki travaille désormais avec Mabuchi et leur première enquête en duo les mènent à traquer Loser, un voleur masqué d'œuvres d'arts utilisant des coils clandestins pour diffuser ses méfaits en direct.

Mira s'installe chez Mabuchi pendant que celui-ci se renseigne à propos des Numbers, tant convoités par Loser.

Nouvelle enquête pour Mira et Mabuchi. Cette fois-ci ils s'aventurent dans un manoir prétendument hanté où un écrivain de roman d'épouvante est retrouvé mort noyé.

Mira se retrouve prise au piège dans le passé, alors que Kyoma et les autres sont confrontés aux fantômes dans la brume qui s'attaquent à l'hôtel.

Le prince Salva Eneh Tibesti, président d'Islero et directeur des opérations de Central 60, se rend à Central 47 avec son jeune frère, Roowaïh, mordu du Japon.

Alors qu'il s'apprête à rejoindre les autres récupérateurs sur l'île de Pâques, Kyoma se remémore son passé.

Kyoma et les autres récupérateurs se livrent à une course pour récupérer le coil particulier que recherche le prince Salva.

Kyoma et Salva se retrouvent plongés dans leurs souvenirs, leur permettant ainsi qu'à Loser de revenir sur leur passé, et d'éclaircir ainsi le mystère.

Alors qu'il affronte un de ses anciens camarades contrôlé par K.K., Kyoma commence à comprendre les évènements qui se sont déroulés au Ground Zero. La vérité au sujet de Roowaïh se voit également révélée.

Alors que la recherche pour Genesis, le coil perdu, continue, Loser révèle à tous ses souvenirs, et Kyoma peut enfin se rappeler davantage de souvenirs de son passé.

Mira aide Kyoma à recoller ensemble les fragments de ses souvenirs, alors que tous livrent bataille pour abattre Shirmayer.