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继2036年被证明存在XYZ之后，第4次元轴“W”被发现，次元间电磁诱导装置统称线圈，是一种为取出存在于次元轴“W”内的无尽能源而开发出来的装置。无尽的能源让人类文明达到巅峰，而使用非正规手段获取“非法线圈”的犯罪也在暗中横行，作为回收者的真渊京马在委托中遇到了神秘的少女密拉。

蜜拉遵循死去父亲的遗愿请求协助真渊京马回收非法线圈，玛丽看到百合崎博士妻女死亡的真相后大惊失色，但这些真相很可能会为在场的所有人带来杀身之祸。在玛丽的要求下真渊京马不得不带着蜜拉一起行动，他们这次的目标是Loser，触发大规模的通信干扰的Loser直播着自己的犯罪影像，有着超高人气的他却从没有得手过。

事件结束后蜜拉也得到了可观的赏金，在京马去询问NUMBERS相关信息的时候蜜拉在家里整理自己的私人房间，而时常来骚扰京马的孩子们也出现了。京马摞在角落的废旧汽车突然坍塌，汽车里面还有玩耍的孩子们，为了保护孩子们蜜拉暴漏了身份，她不会忘记孩子们恐惧的眼神。

此次京马又接到了新特斯拉能源的正式委托，上周在信州八十神湖发生的神秘死亡事件，死者是怪诞推理小说作家榊四十郎，唯一在案发现场的家政机器人并没有使用非法线圈，京马此次的任务就是查清这件事背后的真相。事发现场八十神湖有着幽灵的传说，而京马一来到现场就遇到了以前的队友。

榊四十郎已经死亡，但却在迷雾中现身。他问了被关押的蜜拉一些奇怪的问题，种种的迹象表明了榊四十郎是一位反社会人士。京马只身闯入事发现场，这里伴随着浓雾出现了传说中的幽灵，京马必须尽快找到NUMBERS的所在地，而此时的他还不知道蜜拉已经被抓。

人称非洲之风的塞尔瓦王子来到了日本，而他此行的目的绝不单纯，让他感到烦躁的是自己重要的棋子鲁瓦依擅自跑了出去。崇拜着武士的鲁瓦依看到了真渊京马，被卷入纠纷的京马只能暂时带着鲁瓦依四处闲逛，接触后京马发现鲁瓦依并不是普通的孩子，到底塞尔瓦打算利用鲁瓦依来实现什么阴谋？

真渊京马和心爱的妻子四阿屋雅的相识非常戏剧化，在两人沉入爱河后意外发生了，四阿屋雅患上了全身肌肉逐渐萎缩的绝症，医生判断她只有五年的寿命。为了救助自己的恋人真渊京马打算求助百合崎博士的帮助，为此他加入了特殊部队。战争结束后真渊京马在病床上醒来，但他的恋人却因为线圈的暴走而离世。

塞尔瓦被谜之球体夺去意识昏迷不醒，鲁瓦伊继承了塞尔瓦的意志，誓要将他拯救过来。坠入虚无的岛屿苏醒，鲁瓦伊等人陷入危机。情况紧急，京马和蜜拉火速赶往战地，途中要经过一段“虚无”，期间蜜拉的线圈机能将全部终止。就在京马陷入苦痛回忆之时，蜜拉做出了真情的告白……

挡在京马面前的是Loser，京马深信Loser是对自己很了解的人，在对峙过程中Loser展开了强大的能源盾，他的双手双脚都装备了NUMBERS。京马向Loser询问有关这里的一切，而他并没有想到自己才是知晓一切的人，神秘的球体突然出现，它将京马带入了另一个世界，那里有京马熟知的记忆。

蜜拉保护着沉睡中的京马，当她遭遇危险时京马醒了过来，京马刚刚经历的与其说是恶梦，不如说是真实的记忆。落入陷阱的京马一行看到的是kk，尤里已经被kk改造成任人摆布的傀儡，而京马也看到了自己曾经的队友，看过京马治疗记录的kk认为京马的记忆被消除了，而京马丢失的记忆到底是什么？

在蜜拉的帮助下塞尔瓦等人醒了过来，他们准备朝着光源的所在地阿德拉斯蒂尔进发，那里存在着神秘线圈“GENESIS”。百合崎博士曾近展示过其可能性，并立即封存的神秘线圈“GENESIS”是塞尔瓦王子此行的目的，在他们历尽艰辛到达阿德拉斯蒂尔后看到的竟是得到了五块NUMBERS的Loser。

Lose眼前的怪物正是西米亚利用索菲亚和众多尸体组成的，开启五块NUMBERS的Lose想要把西米亚从异空间里扯出来，但并没有成功。现在能够阻止西米亚的关键在于京马的记忆，蜜拉在京马深度睡眠的时候拼接了散乱的记忆，恢复记忆后京马知道了打败西米亚的方法，而他们一直追寻的GENESIS早已被京马毁掉。