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Haru Shinkai veut devenir un héros, comme son ami Yujin. Gatchmon, l'Appmon application de recherche, lui propose de le devenir en l'accompagnant dans ses aventures, Haru se défile, ne s'estimant pas à la hauteur. Messemon, un Appmon, met la ville sens dessus dessous. Finalement, Haru répond oui et la question et son partenaire Gatchmon apparait.

Les GPS de la ville de Haru donnent de fausses indications. Ensemble avec Gatchmon, ils découvrent que Navimon, l'Appmon des systèmes de navigation, est infecté par le virus L. Ils entreprennent donc de le combattre afin de régler ce problème

Watson et ses amis perdent toutes leurs données sur le nouveau jeu de rôles Fantasy saga, et d'autres pannes affectent l'ensemble du réseau de transport de la ville. Tokyo se transforme en véritable jeu de rôles géant. Haru et Gatchmon ne tardent pas à découvrir que Ropuremon, l'Appmon des jeux de rôle, est derrière tout ça.

Le jour d'Halloween, Gatchmon veut découvrir et dévorer le plus grand nombre de friandises. Haru ayant d'autres priorités, il laisse son Appmon aller seul en ville. Trouvant qu'il a été dur avec Gatchmon en l'éconduisant, Haru décide finalement de le rejoindre.

Haru et Gatchmon découvrent qu'une « starlette » nommée Eri Karan possède aussi un Appli Drive. Ils partent à sa rencontre et tandis qu'ils font connaissance avec Dokamon, l'Appmon des applis des jeux de combat, Dressmon, l'Appmon des applis de mode, sème la panique sur son passage, parce qu'elle est contaminée par le virus.

Eri fait la rencontre du Appmon gourmet, Perorimon. Ce dernier accepte de lui enseigner son art de la critique gastronomique, à condition qu'elle le fasse appli-raître. Mais aussitôt fait, Perorimon s'enfuit.

Haru et Gatchmon rencontrent Torajirô Asuka, un « AppTuber » (parodie du terme YouTubeur) célèbre, qui poste des vidéos en ligne sous le pseudo d'Astra. Ce dernier est également un Appli Driver, dont l'Appmon est Musimon. Haru, Gatchmon, Astra et Musimon découvrent que le temps est perturbé et tentent de régler le problèm

Torajirô (Astra) met chaque jour en ligne une vidéo, sur un site web appelé AppTube, d'un défi loufoque qu'il relève. Dans son l'école, tout le monde parle de lui. La rumeur circule qu'Eri et son groupe vont faire une émission télévisée avec un Apptuber célèbre. Astra et son Appmon Musimon pensent que ce sera lui.

Les Appmons s'affrontent dans un grand tournoi pour déterminer lequel est le meilleur. Tous prennent la compétition très au sérieux, tandis qu'Haru, Eri et Astra en profitent pour en apprendre davantage sur Léviathan.

Ropuremon et Gomimon sont invités par Mailmon pour participer à une réunion des Appmons Seven Codes. Ils décident d'y aller avec Haru, Gatchmon, Eri, Dokamon, Astra et Musimon, qui espèrent convaincre les autres Appmons Seven Codes de se joindre à eux pour lutter contre Léviathan.

Haru et ses amis partent à la poursuite de Rei, un hacker qui leur a dérobé les Appmon Seven Codes. Pour le retrouver, ils doivent plonger en plein cœur d'Internet, un ensemble de données cybernétiques. Haru, Gatchmon et leurs amis sont confrontés à Sakusimon, un Appmon à la fois très puissant et très dangereux qui veut mettre la main sur leurs Appli Drive. Ils sont alors secourus par Rei.

Après leur défaite face à Sakusimon, Haru et ses amis sont en danger à cause de Rei. Ce dernier est décidé à leur voler leurs cartes, mais se retrouve lui-même enlevé par Sakusimon. Alors que ses camarades souhaitent en profiter pour battre en retraite, Haru prend la décision d'aller l'aider. Ses camarades décident alors de le suivre et de secourir aussi Rei.

Alors que Noël se prépare à la librairie du Chêne, Calendamon, l'Appmon des calendriers électroniques, se retrouve infecté par le virus de Léviathan et décide de faire disparaître les 24 et 25 décembre des calendriers. Noël est annulé. Haru et Gatchmon réussissent à remettre Calendamon dans son état normal et tout rentre dans l'ordre.

Les trois protagonistes humains et leurs partenaires Appmon célèbrent la nouvelle année. Ils se promettent de chercher tous ensemble les derniers Appmon Seven Codes pour détruire l'antagoniste, Léviathan. Cependant, un mystérieux Appmon a installé des casse-têtes un peu partout dans la ville, bloquant ainsi l'accès à tous les objets connectés.

Alors que tout le monde se met à utiliser Teller Teller Fortune, une application de voyance, Gatchmon voit une bonne occasion d'obtenir des indices pour les aider à trouver un nouvel Appmon Seven Code. Haru, Eri et Torajirô vont donc à la rencontre de Tellermon, l'Appmon diseuse de bonne aventure. Néanmoins, celle-ci est également infectée par le virus de Léviathan.

Haru entend une voix s'échapper de l'Appli Drive, qui s'avère être celle de son grand-père, Dene'mon, disparu quelques années plus tôt. Accompagné de ses amis, Haru décide de se rendre à l'université où son grand-père effectuait son travail de chercheur dans le domaine de l'intelligence artificielle.

Ai présente à Eri une fillette qui lui rappelle pourquoi elle a choisi de devenir une star. Mienumon se retrouve jalouse de la popularité d'Eri et charge Copipemon, un Appmon avec la fonction copier-coller, de l'arrêter, alors qu'elle s'apprête à chanter sa nouvelle chanson au festival du Nouvel An de Fujimizaka.

Les protagonistes décident de particper à la chasse au trésor de L Treasure, un jeu pour smartphone qui connait un succès mondial. Ils se rendent au parc de Kameura pour trouver l'un des trésors les plus rares, mais en chemin, le train et l'Appmon qui le dirige, Resshamon, sont piratés par Virusmon, sbire de Mienumon et Coachmon, dont la fonction est de répandre le virus L.

Mienumon profite de la mise en ligne d'un nouveau système d'exploitation pour infecter tous les smartphones. Tous deviennent inutilisables, créant le chaos. Haru et Gatchmon, aidés de leurs amis, vont devoir se rendre à la surface du Web pour vaincre l'armée de Virusmon. Mais dans cet espace, ils sont tous constitués de données, et peuvent donc facilement être infectés par le virus.

Tarojirô se retrouve confronté à des choix difficiles : son père lui demande s'il est prêt à partir suivre une formation à Kyoto pour pouvoir prendre sa succession à la tête de l'école de cérémonie du thé. Il ne parvient pas à choisir entre écouter son père et continuer à faire des vidéos AppTube. Pour mieux dormir, il fait appel à une appli de rêve, qui le pousse à faire d'affreux cauchemars dans lesquels ces questionnements le poursuivent.

Eri veut être l'une des candidates sélectionnées au sein du groupe des Appliyama 470 ! Pour réussir l'audition, elle suit un entraînement strict sous la tutelle de Coachmon ! Cependant, Coachmon ne serait-il pas en réalité au service de Léviathan ?

Haru, Eri et Astra se lancent à la poursuite de Mienumon, qui leur a volé la carte de Weatherdoramon. Hackmon révèle à Rei qu'il a trouvé un moyen d'atteindre le niveau ultime, mais pour cela, il doit appli-fusionner avec Dezipmon. Rei est prêt à affronter cet Appmon, qui l'avait battu juste avant qu'Hackmon et lui ne soient partenaires...

Les protagonistes se lancent à la poursuite de Mienumon, qui leur a volé la carte de Weatherdoramon. Hackmon révèle à Rei qu'il a trouvé un moyen d'atteindre le niveau ultime, mais pour cela, il doit appli-fusionner avec Dezipmon. Rei est prêt à affronter cet Appmon, qui l'avait battu juste avant qu'Hackmon et lui ne soient partenaires.

Cometmon se prépare à détruire la porte qui permet d'accéder au deep web en détruisant tout le reste sur son passage, ce qui entraîne une perte des données dans le monde réel et sème la panique. Pour l'arrêter, Haru réussit à convoquer Dantemon, le super Appmon qui peut se matérialiser grâce à la réunion des Seven Codes. Dantemon terrasse Cometmon et ouvre la porte vers le deep web22.

Après avoir plongé dans le deep web pour combattre Léviathan, les protagonistes se trouvent confronté à divers et nombreux obstacles, dont des vers qui mangent des données informatiques et les font disparaître à jamais.

Haru et Gatchmon reviennent sur les événements survenus depuis leur rencontre et détaillent chaque Appmon et Appli Driver.

Eri reçoit des messages menaçants et se retrouvé confronté à Saturamon avec les autres Appli - Driver et Yûjín vient les sauver avec un Appmon.

Après avoir réussi à se débarrasser de Sateramon, Yûjin commence à expliquer à Haru et au reste de l'équipe dans quelles circonstances il est devenu lui aussi Appli Driver. Très émotif, Offmon prend tout à coup la fuite...

Offmon est tellement mignon qu'il accapare l'attention de tout le monde ce qui rend Gatchmon particulièrement jaloux. Celui-ci décide de fuguer, accompagné de Dokamon et Musimon. Ensemble ils rencontrent Sôta, un petit garçon qui a fugué aussi parce qu'il trouve que ses parents s'occupent plus de son petit frère que de lui...

L'Appmon MariPero n'a pas de succès avec son appli culinaire spécialisée sur les plats servis en grosses portions. Elle se décide à aller rencontrer Eri et lui demande si elle veut bien lui enseigner l'art de la critique gastronomique. Eri doit se rendre sur un tournage, mais Dokamon se propose pour la remplacer...

Eri gagne un voyage, auquel elle invite ses amis à participer. Mais Tripmon, un appmon infecté par le virus, change la destination rentrée dans son téléphone, et emmène le groupe d'Appli Driver à travers des petits chemins de montagne. Par ailleurs, Offmon se montre de plus en plus craintif au cours du voyage, et s'éloigne du groupe...

Après avoir mis en déroute Sateramon, Shutmon subitement devenu incontrôlable, se retourne contre Haru et ses amis. Il faut l'intervention de Yûjin pour que tout s'arrête, et pour que Shutmon se retransforme en Offmon. Pronfondément choqué par ce qui est arrivé, Offmon décide de s'isoler en prenant place dans une boîte...

Rei est déterminé à retrouver la trace de son petit frère. Il ne cesse de s'introduire dans le Cyber Kowloon, afin d'obtenir des informations. Lors de l'une de ses missions, il découvre que Léviathan est à la recherche d'un mystérieux Appmon. Au même moment, les choses changent à la société L-Corp et un nouveau PDG prend le pouvoir...

Haru et ses amis vont visiter L-Town, une ville ultra-moderne entièrement gérée par des intelligences artificielles, créée par L-Corp. Ils y voient le nouveau PDG de L-Corp, Knight, un jeune homme de 16 ans, qui s'avère être un émissaire de Léviathan...

Eri se donne à fond pour gagner le grand sondage de popularité des Appliyama 470, avec le soutien de ses amis. Mais il semblerait qu'un Appmon trafique les votes en sa faveur, et cette tricherie est loin de lui plaire. Aidée de ses amis, Eri va donc tenter de rétablir les véritables chiffres...

Le jour des résultats du grand sondage de popularité des Appliyama 470 est arrivé. Alors qu'Eri et ses amis attendent avec impatience le classement, Rei et Hackmon s'infiltrent dans l'un des bâtiments de la société L-Corp et découvrent que cette dernière a un lien avec Léviathan...

Les Quatre Ultimes parviennent à vaincre et à détruire les Appmons en détruisant les Appli Drive. Sur les ordres de Cloud, Haru et les autres sont aussi sur le point de se faire tuer, mais Yûjin, accompagné de Shutmon, arrive à temps pour les sauver...

Haru et ses amis sont privés de leurs Appli Drive et de leurs Appmons, mais à la faveur d'un rendez-vous à la librairie de Ai, ils passent une porte secrète qui mène au monde virtuel et ont une conversation avec Den'emon, le grand-père «virtualisé» de Haru. Ce dernier les incite à entrer en contact avec Minerva, l'entité informatique bienveillante dont est accidentellement issu Leviathan...

Haru et ses compagnons arrivent au cimetière Appmon. Tous espèrent y retrouver Yûjin. Cloud décide de leur tendre un piège en ayant pris soin au préalable d'en savoir plus sur leurs nouveaux Appli Drive. Biomon ressuscite les Quatre Ultimes. Ces derniers veulent prendre leur revanche sur Haru et ses amis...

Haru, Eri, Astra, Rei et leurs Appmons respectifs s'enfoncent plus profondément dans le Deep Web à la recherche de Yûjin et Offmon, kidnappés par Leviathan. Ils vont affronter les Quatre Ultimes placés sur leur chemin par Cloud, l'avatar de Leviathan...

Arrivés au château Charisma, Haru et Gatchmon affrontent Cloud et Charismon pour les empêcher de faire exploser une bombe là où Yûjin et Offmon sont retenus prisonniers. Cloud est démasqué et les deux héros découvrent qu'il s'agit en réalité de Knight, le PDG de L Corp...

Rei se fait passer pour le nouvel agent d'Eri afin de pénétrer dans L Corp et de retrouver Hajime. Mais le rôle d'un agent implique de nombreuses responsabilités auxquelles Rei ne s'attendait pas...

Rei a récupéré Hajime sous la forme de Sleepmon. Mais celui-ci est plongé dans un profond sommeil, et rien ni personne ne parvient à le réveiller, pas même les Appmons et leurs pouvoirs. Rei décide alors de ramener Sleepmon chez lui, et de prendre soin de lui, en attendant que la situation évolue. D'autant plus qu'Hajime détient sans doute des informations clés sur Léviathan et son terrible projet...

Aiguillés par Hajime, Haru et Gatchmon décident d'aller récupérer Bootmon, l'Appmon qui génère de l'énergie, là où il a été caché : au jardin d'enfants Appmon de Kowloon. Ils le perdent, dans un premier temps, à cause de son programme d'évasion d'urgence, développé par Hajime afin de le protéger de Léviathan...

Manipulés par Uratekumon, les personnages de jeux vidéo sortent de leurs mondes et sèment la panique dans les appareils électroniques pour retrouver Bootmon. Haru et Gatchmon, aidés d'Agumon, décident d'y mettre un terme...

Astra est emmené par son oncle dans un temple, car celui-ci trouve que l'écolier ne se concentre pas assez sur son rôle de successeur. Tous ses amis vont donc se lancer dans une mission de sauvetage pour le libérer, pendant que Rei cherche toujours des indices pour retrouver Bootmon...

Grâce au programme mis au point par Hajime et Rei, Haru finit par retrouver Bootmon. Mais au moment de le mettre en sécurité, Yûjin ordonne à Shutmon de détruire Bootmon. Yûjin révèle alors qu'il n'est pas un humain, mais une intelligence artificielle créée par Léviathan pour collecter des informations...

Haru est choqué d'apprendre que Yûjin a toujours été un androïde au service de Léviathan. Le camp ennemi est maintenant pourvu d'un Appmon de niveau divin, Deusmon, quasi invincible. Pour stopper le plan de numérisation des humains enclenché par l'IA, l'affrontement est inévitable...

Rei, Astra et Eri, aidés de leurs Appmons de niveau divin, partent affronter Deusmon qui capture les êtres humains et les transforme en données numériques pour alimenter Léviathan. Pendant ce temps, Yûjin essaie d'éliminer Haru et parvient, grâce à Rebootmon, à faire apparaître Léviathan...

Les Appmons divins affrontent la terrible créature qui plane au dessus de Tokyo, tandis que Léviathan commence à numériser les habitants. Les Appli Driver se retrouvent vite dépassés par la situation, et les chances d'arrêter l'intelligence artificielle maléfique s'amenuisent...

Les Appmons sont prisonniers à l'intérieur de Léviathan et sur le point d'être absorbés. Mais Hajime imagine un plan : en réveillant Minerva, l'I.A. bienveillante, et en utilisant la parabole de la plus haute tour de Tokyo, il serait possible de pirater Léviathan et de libérer les Appmons. Une course contre la montre s'engage...

Réunis avec leurs Appmon, les protagonistes mènent une lutte ultime face à Léviathan.