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新海ハルはフツーの中学一年生。スマホから突然、検索アプリのモンスター・ガッチモンが飛び出してきた！スマホの中にはアプリモンスター＝アプモンが潜んでる…！！？？

道を案内してくれるナビアプリが大混乱！みんなどこ行っちゃうんだ！？ ナビアプリが無茶苦茶に間違ってるなんて…これってもしかしてアプモンが原因・・・！？

大人気のスマホのロールプレイングゲーム！せっせとレベルを上げたのに突然データが消えて育てたキャラがスッポンポン！さらに街中の表示がゲームの世界になっちゃって…！

ハロウィンの季節がやってきた！読書に夢中のハルをおいてひとり出かけるガッチモン、そしてハルのスマホに送られてきた写真に異変がおかしい！？街にいったい何が…！？

この世に一つしかないと思っていたアプリドライヴが、注目新人アイドルの花嵐エリのカバンから出てきた！？真相を突き止めようとテレビ局に会いに行くけど警戒厳重！ハル、どうする？

エリのもとにグルメレポーターの仕事が来た！ところがなかなかうまくレポートできない。そんな時、グルメレビューが大人気の謎の人物に、そのコツを教わろうとするけど…

動画サイトで注目のアプチューバ―・飛鳥虎次郎、通称「アストラ」。おもしろ動画の中にまさかのアプリドライヴが映りこんでた？もしかして彼もアプリドライヴァー！？

アストラに強力ライバル出現！？アストラの投稿したおもしろ動画が『よくないね』の評価ばかりに・・・。しかもアストラとミュージモンがケンカしちゃって・・・！？

今まで集めたアプモン達が大集合！！サイバーアリーナで『アプモン格付け選手権』開幕！100メートル走に、カルタに、似顔絵大会！？最高のアプモンに輝くのは・・・？

メールモンから憧れの「セブンコード会」への招待メールが届いた！ロープレモンとゴミモンと一緒に皆でお出かけ！・・・でも、メールモンの様子がなんだかおかしいぞ？！

謎のハッカー・レイとハックモンが現れて、ハル達の大事なセブンコードアプモンが、全部奪われちゃった！ネットの海にダイブして取り戻さなきゃ！

サクシモンに襲われたハル達を助けたのは、敵だと思っていたレイだった！？弟のはじめを取り戻すため、レイは一人サクシモンに立ち向かう！その時ハルがとった行動は…！？

世界中のスマホのカレンダーから12月24日・25日の日付が消失！？毎年恒例の樫の木書店のクリスマス会が開けなくなり悲しむ亜衣ちゃん…それを見たガッチモンは…！？

ハルたちは新年の抱負を書き初めしてお正月を満喫していた。一方街中では、画面にパズルゲームが表示される異常が発生！クリアしないと画面が操作できない…どうしよう！？

次のセブンコードアプモンの居場所を占ってもらいに占いアプリのアプモン・テラーモンに会いに行くことに！ところがテラーモンがLウィルスに感染…？！

ついにアプリドライヴの秘密が明らかに！アプリドライヴからハルを呼ぶ謎の声の正体は、なんと驚きの人物だった…！ある写真を頼りに行き着いた場所は…！？

ふじみ坂商店街・新春まつりでアプリ山470の花嵐エリがゲスト出演！でもコピペモンが邪魔をして、街中がエリだらけ！CD発売記念のミニライブが中止に…！？

Lコープがリリースした位置情報ゲームが全世界で大流行！超レアトレジャーを求めてユーザーが海浜公園に殺到！ハルたちも向かうが、レッシャモンが暴走して大混乱に…？

街はバレンタインデー！だけどみんなのスマホが大変なことに！世界中で7割のシェアを誇るワッフルOSにアップデートしたら、スマホがフリーズしちゃって…

アストラが2年間の修行に！？家業を継ぐか、アプチューバーの夢を追うか悩むアストラに、選択を迫るドリーモン。そんな中、父親が出かけたきり帰ってこなくて…

目指すはアプリ山470の選抜メンバー！オーディションを勝ち抜くため、コーチモンのトレーニングメニューでエリが猛特訓！でもコーチモンはリヴァイアサンの手下じゃ…？

2年前、ネットの海に囚われた弟を探して日夜ハッキングしていたレイ。リヴァイアサンの尻尾を捕まえたと思ったら、逆に侵入されて大ピンチ…そこにハックモンが現れた！

ウェザドラモンを取り返さない限りディープウェブに行けない！奪われたチップを取り返すためミエーヌモンを追うハル達だったが、ミエーヌモンが極アプモンにアプ合体…！？

ワルダモンから取り返したセブンコードチップをセブンコードパッドにはめてダンテモンを呼び出すんだ！…ってあれれ、空から何か降ってきた！こいつは一体！？

セブンコードバンドを入手したハル達はディープウェブへ突入！リヴァイサンが潜むというサイバー九龍で、データを壊すプログラム・ワームに追われるドローモンを助けるが…

いよいよリヴァイアサンの謎に近づいてきた！ハルはガッチモンや仲間たちの出会い、そして今までの激しい戦いを振り返り、リヴァイアサンに立ち向かう決意を新たにする！

アプッターを始めたエリ。でも勝手なことがどんどん呟かれてしまって…。更にハル達の前にはリヴァイアサンの超強力な刺客が！絶体絶命のピンチに現れたのは…まさか…！？

サテラモンとの戦いで大ピンチに！そこに駆けつけてハル達を助けてくれたのは、オフモンとペアリングし、超強力なアプリドライヴDUOを使いこなす勇仁だった！

みんなオフモンにデレデレ！拗ねたガッチモンが、アプリアライズした状態のまま秘密基地から飛び出しちゃった！ドカモン、ミュージモンも一緒に家出しちゃって…

今や食レポのプロフェッショナルとまで称されるエリ！エリに教えを乞いに現れたのは女の子のペロリモン・マリペロ！ドカモンが面倒を見ることになるが・・・！？

アプリドライヴァーのみんなで温泉旅行！旅行アプリを頼りに辿りついたのは不気味な旅館！？おどろおどろしいし、びしょ濡れになるし・・・なんだかとってもおかしいぞ！

勇仁を傷つけてしまったことにショックを受けて、オフモンは引きこもってしまう…！オフモンが外に出てくるよう、ハル達は作戦を練ってあの手この手を使うが…。

弟のはじめを見つけるため、再びディープウェブへ侵入するレイとハックモン。手がかりを求めて、重要個人情報センターに忍び込んで極秘データを盗み出そうとするが…

スマホのOSや家電製品はもちろん、アプリ山470のプロデュースも行う大企業・Lコープ。そのLコープが作った人工知能によって管理された街、Lタウンをみんなで見学！

アプリ山470の一大イベント、総選挙の時期がやってきた！アプリ投票数1位を目指して全力で努力するエリだったが、中間発表で予想外の投票数を獲得して…？！

ついにアプリ山470総選挙の結果が！　1位は？『9人ゴッド』は？エリはまさかの…！？一方、レイたちは謎の画像データの情報を探るためLコープに潜入する！

エリの救出に成功したハルたちの前に究極のアプモン四天王「アルティメット4」が立ちはだかる！ハルはみんなで極アプモンをアプリアライズして対抗するが…

アルティメット4との戦いで勇仁がとらわれた。さらにアプリドライヴが壊されガッチモンたちが消滅！？どうすることもできず途方に暮れるハルに意外なところから声が！？

電衛門の助けでアプリドライヴDUOを手に入れたハルたちは、勇仁を救うためにクラウドの指定した「アプモン墓場」へ向かった！新たなドライヴの秘めた力とは！

バイオモンの相手をレイとハックモンに託し、先を急ぐハルたちだったが、エリとドカモンの前にビューティモンが、虎次郎とミュージモンの前にフェイクモンが立ちはだかる！

リヴァイアサンに捕えられた勇仁が待つカリスマ城に辿り着いたハルは、アルティメット4最強のカリスモンと対峙する。そしてついに明かされるクラウドの正体とは…！？

はじめの手がかりを掴んだレイ。Lコープの新CEOを知ってアプリ山を辞めると言い出したエリを説得し、マネージャーに扮してLコープに潜入する！レイの作戦とは…？！

スリープモンを起こすため、ハッピーグッドモーニング選手権開幕！？アプモンたちと共にあの手この手を使って起こそうとするけれど、全然起きる気配がなくって…？

ついに元の姿に戻ったはじめから、全人類をデータに変えて管理する「人類アプリ化計画」の存在を知る。リヴァイアサンの恐ろしい企てを阻止する鍵は…ブートモン？！

ゲームキャラが大暴れ！IOT機器に不具合多発！？全ての暴走に関わるのはハルが小さい頃に遊んでいた育成RPGゲームのキャラクターだった…！

流星群を生配信して病院にいるファンに届けたい！そう意気込んでいたアストラが、難攻不落、脱出不可能と言われるお寺に連れて行かれちゃった…皆で助け出さなくちゃ！

緊急脱出プログラムを使って逃げ続けるブートモン！特殊プログラムが完成して、ようやくブートモンに接触したハル達だったが…何やら勇仁に異変が…

ブートモンの捕獲に成功し全ては一件落着に見えたが…なんと勇仁がリヴァイアサン製の人工知能だと判明！ブートモンにより進化の最終形態、神グレードが解放されるが…

リヴァイアサンによる「人類アプリ化計画」が始動し、次々とアプリにされていく世界中の人々…デウスモンを倒すためエリ、アストラ、レイは神アプモンをアプリアライズ！

上空に突如現れた巨大な影に人々は大混乱！！まさかリヴァイアサンがアプリアライズするなんて…！ガイアモンチップを手にしたハルは大好きな勇仁を取り戻せるのか…！？

リヴァイアサンから発せられる光を浴びて、人類がアプリ化されていく…。神アプモンを飲み込み、自らにインストールし始めたリヴァイアサンを止められるのか…！？

ついに迎えたリヴァイアサンとの最終決戦。ハルとガッチモンのバディの力を見せつけろ！みんなの未来を切り拓くため、アプリドライヴァー達が今、立ち上がる！