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Le chef de la cellule anti-terroriste du FBI, John O’Neill, invite une nouvelle recrue, Ali Soufan, un agent musulman, à intégrer l’équipe. Se démenant pour obtenir des informations détenues par la CIA, ils réalisent que leur travail ne fait que commencer, lorsque deux ambassades américaines sont la cible d’attentats à la bombe.

Après les attentats simultanés des ambassades au Kenya et en Tanzanie, le FBI commence son enquête sur le terrain tandis que la CIA commence à planifier des représailles.

Le FBI retrouve l’un des terroristes survivants et découvre à Nairobi une piste qui change la donne. Les mesures de représailles de la CIA sont approuvées.

Continuant à dissimuler des informations au FBI, Schmidt est démis de l’Alec Station. Diane fait une découverte importante sur le titulaire du numéro de téléphone qu'Owhali a donné à Chesney. O’Neill cherche le réconfort dans sa foi alors que sa vie privée et sa carrière s’effondrent.

La CIA et le FBI sont en alerte maximale car les menaces s’intensifient à l'approche de l’an 2000. O’Neill et Soufan font une descente dans une cellule d’Al-Qaïda à Brooklyn. La CIA continue de cacher des informations cruciales au FBI et met sous surveillance les individus suspects entrant aux États-Unis.

Vince continue de demander l'autorisation de communiquer le visa de Mihdhar au FBI. O’Neill perd son porte-documents et une enquête est ouverte pour négligence de dossiers confidentiels. Un jeune homme, radicalisé après que l'attaque de représailles de la CIA ait tué son ami, se rend au Yémen pour commencer son pèlerinage de martyr.

O’Neill et Soufan se rendent au Yémen pour enquêter sur l’attentat à la bombe qui a visé l’USS Cole. Le FBI est informé d’une réunion en Malaisie et découvre Khallad, sans se douter que la CIA était au courant depuis plusieurs mois.

Tout le monde s’adapte au nouveau président et au changement de priorité des menaces. Soufan comprend l’importance du garde du corps d’Oussama Ben Laden, mais il lui est interdit de lui parler. O’Neill a interdiction de retourner au Yémen et est contraint de démissionner. Les terroristes présents aux États-Unis, Hazmi, Mihdhar et Atta, sèment les équipes de surveillance.

La CIA se rend compte que Hazmi et Mihdhar ont disparu et doit alerter le FBI. O’Neill accepte un poste de chef de la sécurité au World Trade Center. Soufan est renvoyé au Yémen. Hazmi, Mihdhar et Atta vont à Las Vegas faire la fête une dernière fois.

Le 11 septembre 2001, O’Neill est injoignable. L’évacuation de Soufan du Yémen est annulée car le chef de l'Alec Station répond à toutes les questions qu’il pose depuis des mois. Schmidt est réintégré dans l’Alec Station. Soufan interroge enfin Abu Jandal.