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O chefe da unidade contraterrorismo do FBI, John O'Neill, convida o agente especial novato muçulmano Ali Soufan, para fazer parte de sua equipe. Ao tentarem obter informações da CIA, eles logo percebem que seu trabalho está apenas começando… quando duas embaixadas americanas sofrem ataques à bomba.

Após os ataques simultâneos à bomba às embaixadas no Quênia e na Tanzânia, o FBI começa sua investigação, enquanto a CIA começa a traçar um plano de retaliação.

O FBI encontra um dos terroristas sobreviventes e descobre uma liderança com grande influência em Nairóbi, enquanto o plano de retaliação da CIA é aprovado.

Continuando a esconder informações do FBI, Schmidt é demitido da Estação Alec. Diane faz uma importante descoberta sobre o dono do telefone que Owhali deu a Chesney. O'Neill busca por consolo em sua fé, à medida que sua vida pessoal e profissional desmoronam perante ele.

A CIA e o FBI estão em alerta máximo à medida que surgem ameaças cercando o novo milênio. O'Neill e Soufan invadem uma célula da Al-Qaeda no Brooklyn. A CIA continua a esconder informações vitais do FBI, enquanto rastreia suspeitos que estão entrando nos Estados Unidos.

Vince continua a pedir permissão para compartilhar o visto de Mihdhar com o FBI. O'Neill perde sua maleta e tem início uma investigação sobre os materiais sigilosos que ele carregava. Um rapaz, radicalizado depois que a retaliação da CIA matou seu amigo, viaja ao Iêmen para começar sua própria jornada de martírio.

O'Neill e Soufan viajam ao Iêmen para dar início a uma investigação sobre o ataque à bomba ao USS Cole. O FBI fica sabendo sobre uma reunião na Malásia e sobre Khallad, sem saber que a CIA já estava ciente dessas duas coisas há meses.

Todos se adaptam ao novo presidente e, com essa mudança, há também uma mudança na prioridade de ameaças. Soufan fica sabendo da importância do guarda-costas de bin Laden, mas seu acesso a ele é negado. O'Neill é impedido de retornar ao Iêmen e forçado a se aposentar. Os terroristas nos Estados Unidos, Hazmi, Mihdhar e Atta, se perdem de seu responsável americano.

A CIA fica sabendo que Hazmi e Mihdhar sumiram e deve informar isso ao FBI. O'Neill aceita um trabalho como chefe de segurança no World Trade Center. Soufan é enviado de volta ao Iêmen. Hazmi, Mihdhar e Atta vão para Vegas para uma última indulgência.

11 de setembro de 2001. Ninguém encontra O'Neill. A evacuação de Soufan do Iêmen cessa abruptamente, à medida que o Chefe da Estação da CIA lhe dá todas as respostas que ele vinha pedindo à agência há meses. Schmidt é reintegrado à Estação Alec. Soufan finalmente interroga Abu Jandal.