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À Shinjuku, dans un Kabukichô d’une taille imposante, John Watson est à la recherche de Sherlock Holmes pour résoudre un problème personnel. Il trouve ce dernier au bar Pipecat, mais il semble bien trop occupé à faire la course avec d’autres brillants détectives. En effet, tous concourent afin d’être le premier à capturer Jack l'Éventreur.

Tandis que John Watson cherche toujours à attirer l’attention de Sherlock Holmes, une nouvelle enquête arrive au Pipecat. Il s’agirait de retrouver le manager d’une future idole. Une affaire qui semble classique, et qui est beaucoup moins bien payée que la précédente.

Lors de la fête d’anniversaire de Moriarty, un homme désespéré frappe à la porte du Pipecat. Il est impliqué dans une affaire de meurtre où tout semble l’accuser. Pire encore, la police est à ses trousses et débarque dans le bar peu de temps après pour l’arrêter. Peut-on seulement encore le sauver ?

Le jeune Moriarty s’extasie en découvrant la nouvelle vie commune de Sherlock et Watson. Il invite même ces derniers aux bains publics afin d’assister à un spectacle de rakugo. Mais même dans un lieu dédié à la détente, un détective comme Sherlock finira par être sollicité pour une nouvelle enquête.

Plus jeunes, Lucy et Mary Morstan ont fui leur situation difficile à Aomori pour venir trouver refuge à Kabukichô. Depuis, Lucy veille sur sa petite sœur et s’assure qu’elle ne manque de rien, peu importe le prix. Cela peut néanmoins la mettre dans des situations assez difficiles.

En arpentant les rues de Kabukichô en compagnie de la petite troupe des Irréguliers, Toratarô Kobayashi découvre que Sugimoto, son mentor du temps où il était mafieux, vient tout juste de sortir de prison. L’homme est assez instable, et ces retrouvailles n’annoncent que des problèmes.

Alors que le quartier semble passionné par l’arrivée d’une nouvelle version de poupée de compagnie intelligente, le Pipecat se voit proposer une affaire de rang S extra par le secrétaire personnel du maire. L’offre est particulièrement alléchante pour Sherlock...

Sherlock a récupéré la clé USB du maire, mais celle-ci est bien sécurisée et impossible à ouvrir sans le mot de passe. Irène Adler, elle, s’est installée non loin du Pipecat et aide désormais Mme Hudson à tenir le bar. Une nouvelle affaire s’offre alors aux détectives.

Jack l'Éventreur a refait surface, et il en veut désormais à Irène, certainement à cause de la fameuse clé USB du maire. Le Pipecat met tout en œuvre pour protéger la jeune femme, mais cela suffira-t-il face à la détermination du criminel ?

La réapparition de Jack l'Éventreur a été particulièrement violente, et la Maison des détectives est en deuil. Sherlock a juré de tout faire pour démasquer le criminel. Watson a quant à lui des soupçons sur quelqu’un dans leur entourage proche.

Watson s’est emparé de la clé USB pour la remettre à Kyôgoku, qui prétend pouvoir la faire analyser. Mais les choses se gâtent rapidement, et Sherlock intervient en compagnie de Moriarty. L’heure est aux révélations, et Jack est sur le point d’être démasqué.

Jack l'Éventreur a été démasqué, et la Maison des détectives se retrouve bien chamboulée par les révélations et le dénouement de cette affaire. Mais comme on ne peut pas se morfondre éternellement, Mme Hudson tente de relancer les activités en demandant aux détectives de retrouver la mascotte du Pipecat.

Moriarty est désormais complétement coupé de ses amis, et maltraité par les autres codétenus. Alors que le Pipecat reprend peu à peu les affaires, Watson cherche à en savoir plus sur la rencontre entre le jeune garçon et Sherlock Holmes.

Fuyuto Kyôgoku est toujours sous le choc depuis les événements entourant Jack l'Éventreur. Il demeure cloîtré dans sa chambre depuis plusieurs semaines, et semble avoir perdu la raison. La nouvelle enquête qui se profile sera peut-être l’occasion de ranimer en lui la flamme du détective.

Dilan est le rabatteur qui redirige les clients perdus de Kabukichô vers les maisons closes ou encore le Pipecat. Mais aujourd’hui, c’est en tant que client qu’il se présente devant les détectives. Sa fiancée a disparu, et le jeune homme semble vraiment désespéré.

Michel mène sa vie habituelle à Kabukichô, entre son activité de détective et quelques services rendus à des contacts mafieux. Mais en passant devant le cabaret du White Rose, son passé le rattrape soudainement.

10 mois après l'affaire autour de la fille de Michel, le Pipecat fête en grande pompe le retour de Moriarty. Au même moment, un nouvelle affaire se présente. Mais cette fois-ci, le jeune lycéen fraîchement libéré participe à la course en tant que détective.

Depuis la vidéo virale montrant sa conduite héroïque, Moriarty est devenu le nouveau détective préféré des habitants de Kabukichô. Les demandes affluant, il partage le travail avec ses amis du Pipecat. Il s’agit cette fois-ci d’enquêter sur des meurtres d’animaux.

Le célèbre terroriste Albert Trevor refait surface en envoyant directement une lettre de menaces au maire de Shinjuku. Il y annonce son prochain attentat, et il y a de fortes chances que celui-ci se déroule lors du grand concert de charité, auquel assistent des milliers de spectateurs.

Le jeu de piste pour trouver la bombe d'Albert Trevor s'est soldé par un échec, tandis que le véritable cerveau des opérations s'est dévoilé au grand jour. Dans la panique des explosions, il a également réussi à faire enlever Lucy afin d'avoir un otage de poids.

Une semaine s'est écoulée depuis l'affaire du stade. Les détectives sont sous le choc de leur défaite, de l'enlèvement de Lucy, et de la disparition de Mary et Watson. Le cerveau des opérations est activement recherché par la police, et l'issue semble désormais toute proche. Que fera Sherlock ?

La Maison des détectives a éclaté à la suite des événements tragiques qui se sont déroulés à la mairie. Sous le choc, Sherlock semble avoir complétement perdu pied, tandis que Watson est parti en voyage précipité. Sous couvert d’anonymat sur Iinternet, il témoigne du récit de sa vie.

Watson a retrouvé foi en Sherlock et s’est mis à sa recherche. Malheureusement, tout porte à croire que ce dernier a sombré dans la folie et a poignardé quelqu’un dans une ruelle. Malgré tout, l’assistant ne perd pas espoir et essaie de convaincre les autres détectives de l’aider.

Toujours sur les traces de Moriarty, Sherlock a enfin retrouvé ses esprits. Le nombre récité par les évadés de la prison n° 7 ouvre la porte d’un tout dernier jeu de piste. À nouveau accompagné par Watson, le détective part en quête des réponses manquantes.