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Un uomo si reca la bar "Pipecat" a Kabukicho. Il suo nome è John H. Watson, lavora come medico ed è lì per chiedere al noto investigatore Sherlock Holmes di accettare il suo caso. Al "Pipecat" però si riuniscono anche altri investigatori chiamati dall'ispettore Lestrade. È appena avvenuto un crimine il cui probabile responsabile è l'omicida seriale chiamato "Jack lo squartatore".

La signora Hudson convoca tutti gli investigatori al completo: la cliente stavolta è Takamine Fujiko, una donna per cui l'investigatore Kobayashi prova qualcosa. Fujiko aspettava con impazienza l'annuncio ufficiale del suo ingresso nel gruppo idol "la squadra dei nei agli occhi", ma nel giorno fatidico si rivolge agli investigatori affinché risolvano il suo problema.

Mentre si festeggia il compleanno di Moriarty, al bar Pipecat arriva un certo Tanaka Pu. È sospettato di omicidio, ma sostiene di essere innocente ancora prima di essere portato via dalla polizia. La signora Hudson commissiona quindi il suo caso agli investigatori. La richiesta stavolta è di provare l'innocenza di Pu e riportarlo indietro da lei!

Sherlock, Watson e Moriarty vanno ai bagni pubblici Hatten. Lì incontrano tre uomini che fanno il bagno indossando maschere raffiguranti un cane, una scimmia e un fagiano. Moriarty spiega che fanno parte della band indie "Momotarose", e a quanto sembra sono in difficoltà perché il loro cantante Momotaro è sparito giusto prima di un concerto.

Dopo aver visto per strada l'insegna di una scuola preparatoria, Mary chiede a Lucy di potersi iscrivere per provare la splendente vita universitaria che ha sempre sognato. Per realizzare il sogno della sorella, Lucy chiede in prestito due milioni di yen al boss Kaneko, ma per la strada trova Bunmaru, un lottatore di sumo che vuole suicidarsi.

Sugimoto, un pericoloso yakuza del gruppo Kaneko nonché vecchio capo di Kobayashi, è uscito di prigione. Gli Irregolari di Kabukicho lo vedono mentre cerca di estorcere denaro e adesivi "Dokkiriman" a un venditore di dolcetti, e quindi il loro piccolo capo Yoshio cerca di rubargli il maltolto. Sugimoto però si arrabbierà molto, e quindi i bambini degli Irregolari si troveranno nei guai.

Alla Casa degli Investigatori arriva una richiesta di classe S extra che consiste nel riprendere una chiavetta USB rubata al sindaco Moran. Il cliente è nessun altro che il primo segretario del sindaco nonché fratello maggiore di Sherlock, Mycroft Holmes. La ricompensa di quindici milioni di yen alletta gli investigatori, ma sembra che il colpevole sia la famosa Irene Adler...

Alla Casa degli Investigatori arriva una donna di nome Shirota Yui. Sta crescendo sua figlia Emiri tutta da sola, ma il suo ex marito Milverton la sta minacciando per ottenere l'affidamento esclusivo. La donna però sembra non volersi separare dalla bambina, e quindi chiede aiuto agli investigatori.

L'omicida seriale chiamato "Jack lo squartatore" scopre dove abita Irene. Su suggerimento della signora Hudson, la donna si trasferisce nella stanza di Sherlock. Watson non può nulla di fronte alle perfette abilità domestiche di Irene e quindi perde il suo posto nella casa. Mentre medita tristemente sul da farsi, vede Kyogoku che si muove con fare sospetto di fronte a un distributore...

Sherlock sembra abbattutto dalla morte di Irene e anche gli altri investigatori sono scossi. Nel mentre, attorno a Watson si susseguono strani avvenimenti che lo inducono a pensare che Jack lo squartatore sia in realtà Moriarty. Watson cerca in tutti i modi di mettere in guardia Sherlock, ma...

Watson viene aggredito da uno Kyogoku che cerca di sottrargli la chiavetta USB, ma poi Sherlock e Moriarty appaiono per salvarlo. I misteriosi avvenimenti che perseguitavano Watson in realtà erano un piano per attirare Jack allo scoperto?! Sherlock comincia a recitare il suo rakugo deduttivo, stavolta con il titolo di "La cattura di Jack lo squartatore". Quale sarà il contenuto di questa storia?

La Casa degli Investigatori è avvolta da un'atmosfera opprimente. Nel mentre la signora Hudson è in agitazione in quanto Pipe, il gatto immagine del locale Pipecat, è scomparso. Sembra che per Kabukicho si aggiri un criminale che rapisce animali domestici per poi rivenderli. Tutti gli investigatori al completo vengono reclutati senza possibilità di rifiutare, e si mettono sulle tracce di Pipe.

Alla Casa degli Investigatori arriva un cliente di nome Kohada, che vuole commissionare la ricerca del fratello maggiore scomparso. Sherlock accetta il caso con piacere, dal momento che ricorda il racconto rakugo "Il redivivo Koheiji". Watson sospetta che Sherlock si stia sforzando di apparire felice dopo ciò che è successo a Moriarty, e Mycroft gli parla del passato del fratello.

Kyogoku, isolatosi dopo il forte shock subito a causa di Maki, viene ricoverato. Nello stesso giorno, Futaro fugge dall'ospedale per poter commissionare la Casa degli Investigatori, di cui ha letto su internet. Pare che il suo amico Ranpo sia bloccato in un mondo parallelo in cui erano finiti insieme. Sherlock sembra interessato da questo strano caso, e ne approfitta per una visita a Kyogoku...

Dilan, si rivolge agli investigatori affinché rintraccino la sua fidanzata Cathy. Quest'ultima lo aveva convinto a pagare grosse somme di denaro a una losca società chiamata "Vision To You". Dilan offre come ricompensa due inviti a una soapland di lusso, e Kobayashi e Kyogoku accettano. Stranamente però anche Mary sembra attratta dal caso e chiede a Watson di unirsi a lei per le ricerche.

Lo sguardo di Michel incrocia Erica, una hostess nel cabaret club di lusso White Rose, e inizia a frequentare il locale solo per lei. Nel mentre, al White Rose giunge un celebre e ricco filantropo del West Side, Harry Evans, che prenota del tempo con Erica. Per la ragazza è un'ottima occasione per accalappiare un cliente facoltoso, ma il giorno seguente viene arrestata per sospettato omicidio.

Moriarty è uscito di prigione e il Pipecat organizza una festa di bentornato. I festeggiamenti proseguono in un locale di gabbie di battuta da baseball, dove i nostri scoprono misteriosi scarabocchi. I proprietari accusano gli Irregolari, ma Moriarty crede nella loro innocenza e offre una ricompensa di classe S extra per chi scoverà il vero colpevole e si offre anche di indagare personalmente.

Moriarty diventa famoso in televisione e su internet con il nome di "eroe investigatore", e viene sommerso di richieste. Non riuscendo a gestirle tutte, fa visita al Pipecat per passarne alcune agli altri investigatori. Sherlock sembra preoccupato per Moriarty ma alla fine accetta di occuparsi di uno dei casi, l'uccisione di diversi animali nello zoo locale.

Il concerto sponsorizzato dal sindaco Moran ha inizio e gli investigatori vi partecipano su richiesta di Mycroft. Quattro giorni prima del concerto, infatti, è arrivata una lettera che preannuncia un attentato. Il mittente sembra essere il responsabile dell'evasione di massa dal Penitenziario 7, Albert Trevor! La ricompensa è di 50 milioni di yen, e gli investigatori si mettono al lavoro.

Dopo che la comparsa di Albert ha gettato il concerto nel caos più totale, Lucy si mette alla ricerca di Mary ma viene fermata da Moriarty. Per rintracciare quest'ultimo, Watson raggiunge Lestrade mentre Sherlock torna dalla signora Hudson e gli altri investigatori. Hudson telefona a Moriarty preoccupata per la sua incolumità.

A Kabukicho giunge la vigilia di Natale, e ancora non si hanno notizie di Watson, Mary o Moriarty. Sono passati due anni esatti dalla morte di Alexandra. Un Babbo Natale distribuisce regali mentre Sherlock viene invitato a una festa di Natale e si prepara al fatidico confronto.

Thread in cui un ex (aiutante) panettiere in viaggio parla del lievito dell'Est. "Oggi parto per un viaggio, ascoltate la mia storia."

Sembra che Sherlock alla fine si sia macchiato di omicidio. Watson e Irene arrivano sulla scena del delitto, ma Sherlock scappa davanti ai loro occhi e scompare di nuovo. Non ci sono prove decisive, ma i sospetti su di lui si fanno sempre più forti. Watson crede fermamente che Sherlock non sia un assassino e decide di passare all'azione.

Sherlock e Watson riescono a fuggire dal municipio grazie all'aiuto degli altri investigatori. Sherlock intuisce il significato dell'acetosella lasciata da Moriarty tra le pagine del libro "I vaneggiamenti di Koyoru", e torna a Kabukicho insieme a Watson per scoprire la verità definitiva sul ragazzo.