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Alors que personne ne s'en doute, une épidémie dévastatrice se trame à l'horizon; Anne-Marie Leclerc, la directrice du Laboratoire d'urgence sanitaire, doit jongler entre une intoxication alimentaire et un ministre zélé.

La maladie continue de se répandre silencieusement et s'attaque à de nouvelles proies, mais, pour le moment, Anne-Marie a d'autres préoccupations; décidée à avoir l'appui du ministre, elle entreprend de lui prouver l'efficacité de son laboratoire.

Inquiète, Nelli alerte Anne-Marie qu'une mystérieuse maladie frappe son entourage. Malgré le scepticisme du milieu hospitalier, Anne-Marie amorce une enquête sur la mort des deux itinérants. Elle l'ignore mais le temps presse.

Anne-Marie doit savoir si des proches des victimes sont atteints de la mystérieuse maladie. Le temps presse. L'équipe du laboratoire met tout en oeuvre pour stopper la chaîne de contamination et découvrir la nature du virus.

Pendant que tout est mis en oeuvre pour stopper la chaîne de contagion, l'état de Chloé s'aggrave. Anne-Marie ignore qu'un deuxième foyer d'épidémie se développe et concentre ses énergies à trouver un médicament pour les patients dont le pronostic vital est engagé.

Les cas de CoVA se multiplient et les mises en quarantaine à la maison se comptent par centaines. En quarantaine chez elle, Geneviève cache ses symptômes. Elle n'a qu'une seule envie : être près de son fils hospitalisé. Pascal a peur d'avoir le CoVA et fait promettre à Laurent de s'occuper de leur enfant que porte Françoise.

Anne-Marie doit lutter contre les rumeurs et la désinformation qui poussent les gens à poser des gestes irrationnels.

L'annonce d'un 200e décès dû au CoVA est imminente; comment ne pas accentuer la panique dans la population? Les Montréalais fuient la ville et tardent à se faire diagnostiquer dès les premiers symptômes.

Une accalmie dans le nombre de cas laisse présager la fin de l'épidémie. Y aura-t-il une deuxième vague? Anne-Marie est soudainement confrontée à plusieurs cas de malades qui n'ont pas croisé de personnes infectées.

À deux jours de l'annonce officielle de la fin de l'épidémie, la contamination de deux fillettes ramène Anne-Marie à la case départ. L'enquête épidémiologique reprend mais les fillettes se montrent peu coopératives.