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カナダ・ケベック州モントリオール市。緊急医療研究所の所長アンヌ＝マリーは老人ホームで発生した食中毒の調査に追われていた。その頃市内の公園に集まるホームレスの間で謎の病気が広まっていた。

公園でホームレスの遺体が発見される。アンヌ＝マリーと共に研究所で感染対策の指揮にあたるドゥメール公安大臣は、友人フランソワーズから嬉しい知らせを受ける。

サン・アンドレ病院で新たな死者が出たことで、アンヌ＝マリーは調査を開始する。患者の治療にあたった病院スタッフ数名に同時にめまい症状が見られ隔離指示が出る。その謎の病気は、すでに市内にも静かに広がり始めていた。

マルクは愛人クロエの症状がどんどん悪化していく様子を見て焦りを募らす。研究所のチームはウイルス特定のため様々なPCRテストを試す中、ついにその正体が判明する…！

CoVA感染患者に様々な抗ウイルス薬を試すが効果が出ない。アンヌ＝マリーは、重症化し死を待つだけの患者を助けるため、ボストンの製薬会社で働く研究者で古い友人シルヴィを訪ねるが…。

感染が急拡大し、病院には多くの人が詰めかけていた。そんな中ジュヌヴィエーヴは病院で隔離される息子を心配し、自宅隔離のルールを破り外出してしまう。そんな中、ボストンからシルヴィがアンヌ＝マリーを訪ねてくる。

ついに開発中の新薬GS-49の臨床試験が開始される。ウイルスに関する情報が錯綜し、市民はパニックに陥る。ドゥメール公安大臣は病院で隔離されている友人フランソワーズと子供を救うため、ビュイ医師にある頼み事をする。

モントリオール市でのコロナウイルスCoVAによる死者数は200人に迫っていた。市外へ人の流出が増加し、感染者はケベック州各地に広がっていく。アンヌ=マリーの娘サブリナも市内での生活を心配し、郊外にある友人ジュリエットの祖母宅へ避難するが…。

養鶏場で働く人たちの感染が相次いで確認される。サン・アンドレ病院では亡くなった子供を巡ってある噂が流れていた。一方、ドゥメール大臣はフランソワーズの件を隠そうと画策する。

感染源がついに特定!?研究所のチームがCoVAウイルスの終息宣言の会見準備を進める中で、新規感染者が確認されるのだった。