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Un jour d'été, les 36 élèves d'une classe se retrouvent dans une autre dimension, isolés de tout. Certains d'entre eux se découvrent un nouveau pouvoir, mais il y a plus urgent : trouver un moyen de rentrer chez eux.

Les élèves de la 3e 2 se retrouvent sur une île avec des vivres à volonté et tout ce qu'ils veulent grâce au pouvoir de Mizuho. Toutefois, ces objets se mettent à brûler bleu sans raison apparente.

Nagara, Nozomi, Asakaze et Rajdhani continuent de chercher d'autres mondes dans l'espoir de comprendre leur situation actuelle. Nagara est recruté par Mizuho pour enquêter sur le gel inexpliqué de certains élèves sur l'île Hateno.

Alors qu'il venait de sauter dans le vide, Nagara se rend compte qu'il a un pouvoir de téléportation.

Nagara et ses amis continuent d'explorer les autres mondes à la recherche d'un moyen de rentrer chez eux. Les autres élèves, eux, se demandent s'ils doivent suivre la mystérieuse Mlle Aki malgré ses déclarations fracassantes.

Nagara et Rajdhani découvrent un autre monde nommé Filmmaker. Ils s'aperçoivent vite qu'il ne s'agit pas d'un cinéma ordinaire, et surtout, que la clé pour rentrer chez eux s'y trouve peut-être.

Maintenant qu'ils savent ce qui leur est arrivé, plusieurs groupes d'élèves s'apprêtent à partir, chacun de leur côté. Nagara se retrouve coincé dans un autre monde où d'autres élèves dérivés construisent une tour de Babel inversée.

Mizuho demande à Yamabiko de lui raconter son histoire tandis que Nagara et eux voyagent. Il entame le récit de sa rencontre avec une jeune fille 5 000 ans auparavant, dans un monde étrangement paisible.

Nagara, Mizuho et Nozomi se retrouvent dans un autre monde où deux jumeaux, Sô et Seiji, s'affrontent constamment. On en apprend plus sur leur situation à travers les yeux des chats de Mizuho.

Tsubasa peut lire les pensées des gens. Elle aime Asakaze, mais sait que seule Nozomi peut le changer, donc elle demande de l'aide à cette dernière. Les trois adolescents et Mlle Aki partent dans le monde "Guerre".

Nagara et Mizuho apprennent la triste nouvelle et commencent leurs préparatifs. Le retour d'un vieil ami est l'occasion pour eux de mettre en œuvre leur grand projet : retourner dans leur monde, qu'importe le danger.

Nagara entre en classe de 1re, mais ne se sent toujours pas tout à fait à sa place. La dérive semble n'avoir jamais eu lieu, mais il y a deux ans de ça, Mizuho et lui se sont bel et bien envolés.