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Amami, fonctionnaire du ministère de l'Environnement, rend visite au Dr Tadokoro, sismologue anticonformiste qui pense que la région de Kanto risque d'être engloutie.

À la suite de l'engloutissement d'Hinojima, le Premier ministre rejette la théorie de Tadokoro. Un article met en péril la carrière d'Amami.

Lorsque le Vice-Premier ministre refuse de croire la troublante prévision du docteur Tadokoro, Amami tente de convaincre un grand scientifique d'examiner les données.

Quand le public apprend que la région de Kanto pourrait bientôt finir sous les eaux, les habitants paniquent et l'économie se paralyse. Amami soumet un plan d'évacuation.

Dans la région de Kanto, les pertes humaines sont considérables. Amami part à la recherche de sa fille, dont le bus est coincé dans un tunnel après un accident.

Higashiyama annonce un plan de reconstruction des zones sinistrées, qu'il interrompt brusquement. Le Dr Tadokoro prédit une catastrophe qui touchera l'ensemble du pays.

Le Dr Tadokoro arrêté, Amami demande l'aide d'une personne inattendue pour étudier les données scientifiques. Le projet de réinstallation se heurte à un obstacle imprévu.

Tandis que la crise touchant le Japon et le projet de réinstallation sont rendus publics dans le reste du monde, la confiance des Japonais en leur gouvernement s'érode.

Effrayés par la souche mutante, tous les pays ferment leurs frontières aux réfugiés japonais. Les chercheurs tentent de trouver un remède avant qu'il ne soit trop tard.