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環境省の天海啓示（小栗旬）は“日本未来推進会議”のメンバーに選出され、着々とキャリアを積んでいた。そんな中、「関東沈没説」を唱える田所雄介（香川照之）と出会う。

田所博士（香川照之）の予測通り日之島が沈み危機感を覚える天海（小栗旬）だが、政府は「関東沈没説」をデマと決めつける。そんな中、天海と田所の癒着疑惑が報じられ…。

「遅くとも１年以内に関東沈没が始まる」という田所博士（香川照之）の予測に驚く天海（小栗旬）。これが真実だとして国民にどう伝えるのか、政府の間でも意見が対立し…。

ついに「関東沈没説」が国民の知るところとなり、株価が大暴落するなど世間は混乱を極める。不眠不休で住民避難を進める天海（小栗旬）だが、悲劇の足音は近づいていて…。

ついに「関東沈没」が現実となる。対応が早く死傷者は最小限だったが、国民の悲痛は計り知れない。天海（小栗旬）は避難途中で事故に遭った娘（宝辺花帆美）を探しに行く。

復興へ向けて歩みだした日本だが、田所博士（香川照之）は「日本沈没」という更なる悲劇を予告。天海（小栗旬）たちは海外への避難を視野に秘密裏に外交交渉を進めるが…。

田所博士（香川照之）が逮捕され、沈没対策は危機的状況に。さらに世界的権威も「日本沈没説」を否定する。そんな中、天海（小栗旬）は田所を陥れたい人物を特定するが…。

ついに「日本沈没説」が全世界に知れ渡ってしまう。天海（小栗旬）と常盤（松山ケンイチ）は、何とか移民交渉を進めるために中心となって動くが、なかなかうまくいかず…。

東山総理（仲村トオル）へのテロ攻撃で国民の不安は益々高まる。日本人が未来に希望を持てるよう移民計画を進める天海（小栗旬）だが、予期していなかった悲劇が起こり…。

日本人移民の変異株感染が明らかになり、各国が移民受け入れを停止。日本沈没へのタイムリミットが迫る中、天海（小栗旬）たちは事態の打開に挑むが…。日本の未来は！？