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Sud de la France, été 2030. Le docteur Bernard Rieux trouve le cadavre d’un rat sur son palier. Il est contacté par Sylvain Rambert, un journaliste venu de la capitale pour enquêter sur d’étranges disparitions toutes classées sans suite. Alerté par un employé de la mairie, Rieux suggère à Rambert de s’intéresser aux manœuvres du maire, prêt à tout pour sauver sa saison estivale, alors qu’une mystérieuse maladie commence à se répandre en ville …

Lors d’une réunion houleuse à la mairie, Rieux, Laurence et Castel ont beau alerter les autorités et parler d’un bacille de la peste en pleine mutation, rien n’y fait. Ne pas affoler les touristes, c’est le mot d’ordre. Tarrou propose à Rieux de créer des brigades sanitaires. La grève des éboueurs est neutralisée par la milice paramilitaire et l’un des grévistes, Oumar Diop, est condamné à un an de prison. Rambert envisage de rejoindre Laurence à la capitale, quitte à renoncer à son enquête. Il n’en a pas le temps : le préfet Chauvat verrouille la ville et parle au professeur Richard de l’application d’un mystérieux plan « D ».

Toute la ville est confinée sous haute surveillance. C’est la première phase du plan Darwin. La jeune Nora, son frère et sa petite sœur, se réfugient chez Rieux qui demande à Lucie Ferrières, la voisine pianiste du cinquième, de les prendre en charge. Sans nouvelle de Laurence, Rambert veut quitter la ville à tout prix. Grand apprend à Rieux que le préfet a l’intention de déclencher la deuxième phase du plan Darwin, aux conséquences funestes pour la population…

Oumar Diop a déclenché une mutinerie et pris le directeur de la maison d’arrêt en otage. Rambert accepte de négocier avec Diop en échange de la libération de Laurence, et à condition que Rieux puisse porter secours aux survivants de la prison avec ses brigades sanitaires. Mais tout ne se passe pas comme prévu. Profitant de l’absence de Lucie, Nora a invité chez elle Jacky, son amoureux, jeune milicien dévoré par l’ambition. Il se retrouve bientôt en possession d’informations clés sur la réalité du plan Darwin...