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In una società controllata dai Sapotama, compaiono nell'ombra creature spaventose chiamate Digimon. Dopo che una sua compagna di scuola viene attaccata, le emozioni di Tomoro Tenma esplodono furiosamente. All'improvviso, il suo Sapotama brilla e dall'uovo nasce Gekkomon.

Tomoro e Gekkomon riescono a tenere testa agli Hyemon, ma quando uno di loro evolve è necessario l'arrivo di Kyo con il suo Digimon partner per mettere in fuga il nemico. Dopo aver salvato Tomoro, Kyo lo porta alla base della Glowing Dawn e gli spiega che è un vecchio amico di suo fratello Asuka, che gli ha chiesto di prendersi cura di lui.

I membri della Glowing Dawn visitano l'Antro, un negozio gestito dall'informatrice Maki Kutsuwada, per raccogliere indizi sullo Hyemon che ha rubato il Sapotama contente l'e-Pulse di Asuka. Nel frattempo, Gekkomon sente un odore delizioso da una parte della città e corre a controllare, così Tomoro è costretto a inseguirlo.

I membri della Glowing Dawn accettano un nuovo incarico senza Kyo che deve assentarsi per altre faccende e che quindi affida il comando a Reina. Durante la missione, Tomoro e Reina faticano a collaborare e la ragazza finisce per ferirsi, riusciranno i due a trovare l'armonia come famiglia e come compagni di squadra?

Mentre cercano un banchetto di nikuman, Tomoro e Gekkomon finiscono in un vecchio quartiere della città abitato solo da persone che non possiedono un Sapotama. All'improvviso si presenta un gruppo di malavitosi che vuole sfrattare gli abitanti per costruire un resort di lusso, ma subito vengono scacciati da un Digimon che è diventato il protettore del quartiere.

Yuukari dell'associazione Koala ha preso d'assalto il quartiere dopo il fallimento del lavoratore part-time mettendo alle strette Gekkomon e Pandamon, ma l'intervento degli altri membri della Glowing Dawn allontana momentaneamente il malavitoso. Se vorranno sconfiggere Astamon, il suo potente Digimon di stadio Evoluto, i ragazzi dovranno unire le forze.

Kyo deve lasciare i ragazzi per un impegno e chiede a Tomoro di preparare la colazione, ma il giovane non ha esperienza in cucina e causa un disastro. Per riparare i danni, i membri della Glowing Dawn cercano incarichi nel locale di Maki, però sembra che tutti i ricercati della zona siano stati cacciati e non sanno come fare, finché non arriva Yoshimura con una richiesta improvvisa.

Tomoro incontra Hitomi, la ragazza che aveva salvato dal caso di Cold Heart, che gli chiede di aiutarla a ritrovare un'amica scomparsa all'improvviso a scuola. Nel frattempo, gli altri membri della Glowing Dawn devono indagare sulle sparizioni misteriose avvenute proprio nell'istituto frequentato dal loro compagno.

I membri della Glowing Dawn decidono di dare la caccia a un gruppo di tre Digimon ricercati che si sono infiltrati nello Shangri-La Egg, ma per accedere a quel luogo esclusivo è necessario essere autenticati tramite il Sapotama e i loro ormai non funzionano più. Per fortuna, Makoto conosce un metodo alternativo per far entrare i suoi compagni, ma una volta lì incontra una vecchia conoscenza.

Nello Shangri-La Egg, Makoto ha rivisto la sua amica d'infanzia Haruko che, su ordine del padre, ha preso controllo di Chiropmon grazie al potere del suo Digimon Shademon. Ora che Makoto è rimasto senza il proprio partner, i membri della Glowing Dawn preparano un'operazione di salvataggio prima che il Digimon venga venduto sul mercato nero.

È giorno di paga per la Glowing Dawn e Tomoro decide di andare a comprare un regalo di compleanno a suo fratello Asuka, ma Gekkomon insiste per accompagnarlo e causa un guaio dopo l'altro. Quando un pericoloso Digimon minaccia di attaccare la città, il rapporto tra i due partner sarà messo alla prova.

Dopo la batosta subita contro Flaremon, il rapporto tra Tomoro e Gekkomon si inclina e il Digimon regredisce diventando Kekomon. Mentre Tomoro si tormenta pensando a ciò che è avvenuto e a cosa vuole fare in futuro, la base della Glowing Dawn viene presa di mira da un pericoloso Digimon Evoluto.

I Cinque Astri si radunano per discutere con il presidente della World Union dei recenti attacchi di Digimon alla città e di come devono prepararsi per contrastarli. Nel frattempo, i membri della Glowing Dawn indagano su un bombarolo che ha minacciato di far saltare in aria un centro commerciale con il suo nuovo Digimon.

I membri della Glowing Dawn si sono fatti soffiare un ricercato da un misterioso gruppo di domatori di Digimon, così accettano di dare la caccia a un pericoloso ricercato che ha già causato diversi casi di Cold Heart. Tuttavia, mentre sono sulle sue tracce, i ragazzi incappano di nuovo nei Tactics, un team di Cleaner che agisce in tutto il mondo.

Dopo la sconfitta da parte della Glowing Dawn e la perdita di Chamblemon il Team Fungo non riesce più a trovare lavoro e ha dovuto abbandonare la baia per rifugiarsi in montagna. Proprio lì, la squadra di Cleaner scopre per caso il rifugio Anemone e decide così di attuare un piano di vendetta grazie all'aiuto di RedVegiemon, il nuovo Digimon del loro leader.

Reina dà la caccia a un ricercato colpevole di furto in banca, ma nel Mirror World incontra Granit del Tactics Team 7 che ha il suo stesso bersaglio. Quando il Digimon del ladro apre un varco verso il mondo reale, i due ragazzi si trovano dispersi su una montagna innevata e devono collaborare per sopravvivere alle intemperie.

Durante un lavoro, Makoto e Chiropmon proteggono due bambini dall'attacco di un ricercato senza sapere che si tratta dei fratelli minori di Hotaruko dei Tactics. Quando i due bambini invitano il ragazzo a mangiare degli okonomiyaki al ristorante di famiglia, viene a crearsi una certa tensione con il membro del team rivale, ma nell'ombra si aggira un ladro di cibo.

Mentre tornano a casa dopo aver fatto la spesa, i membri della Glowing Dawn trovano un uomo affamato accasciato per strada e gli offrono da mangiare. Si tratta di Haruomi, un ex membro dei Tactics che è fuggito dall'organizzazione con il suo Digimon e vuole solo ottenere la libertà.

Su richiesta personale di Kawarazaki del Ministero della protezione civile, Maki chiede alla Glowing Dawn di indagare su una presunta asta illegale dove si vendono Digimon organizzata da Klay Arslan, un membro dei Cinque Asti. I ragazzi si infiltrano nell'evento, ma quella che doveva essere una semplice indagine si trasforma in un caso più grande.

Tomoro vede un Digimon scimmia e lo segue pensando che sia quello che ha sottratto l'e-Pulse a suo fratello Asuka, ma viene colto alla sprovvista e perde i sensi. Quando riapre gli occhi, il ragazzo si trova costretto a combattere in un'arena dove si svolgono combattimenti clandestini tra Digimon su cui le persone ricche possono scommettere.

Dopo la vittoria di Tomoro contro Raito, i membri della Glowing Dawn fanno irruzione nell'arena all'interno del Mirror World per salvare il loro compagno. Tuttavia, Naito e i Tactics fanno di tutto per impedirglielo e proteggere gli interessi di Klay, il loro datore di lavoro. Tra di essi c'è anche Granit, che viene convocato d'urgenza per adempiere a un vecchio ordine.

La World Union dichiara ricercato Klay Arslan, così l'uomo si prepara a una guerra aperta con il presidente Wong facendo radunare tutti i Tactics Team. Prima di partecipare alla battaglia, Naito dice che deve occuparsi di una faccenda in sospeso e, insieme a Hotaruko, attacca la Glowing Dawn che sta offrendo riparo a Granit dopo che è fuggito dalla squadra.

Naito è stato sconfitto da Kyo e la World Union ha sterminato tutte le squadre di Tactics sparse nel mondo, così Klay ha perso ogni forza a sua disposizione. Però, l'ex membro dei Cinque Astri non si è ancora arreso e ordina al suo Digimon di rapire Raito, Hotaruko e Granit, così i ragazzi della Glowing Dawn decidono di andare a salvarli.

Murasamemon riesce a sconfiggere Pyramidimon grazie a tutto l'e-Pulse che Kyo ha accumulato mentre i membri della Glowing Dawn tenevano occupato il Digimon di stadio Mega, ma Klay non si arrende e colpisce a tradimento l'avversario, sottraendogli l'e-Pulse per continuare a combattere. Vedendo Kyo sul punto di essere congelato, Tomoro si fa prendere dalla rabbia e contrattacca.

I membri della Glowing Dawn decidono di andare in crociera grazie ai soldi ottenuti consegnando Klay alle autorità. Proprio mentre si stanno rilassando, una banda di pirati prende d'assalto la nave insieme a un Digimon, però a bordo si trova anche Starman, un eroe beniamino di tutti i bambini di cui Makoto e Chiropmon sono grandi fan.

Al rifugio Anemone arriva un uomo misterioso che tutti credevano perduto. Si tratta di Haruomi, il membro dei Tactics che aveva disertato ed era stato portato via per aver tentato la fuga. Nonostante si sia riunito a Commandramon, al suo fianco si trova un altro Digimon che lo considera il suo proprietario. Per decidere chi è il suo vero partner, i due si affronteranno in una sfida ai fornelli!

Hitomi incontra uno strano indovino che le regala un portafortuna dicendo che le permetterà di realizzare il proprio amore. Per caso, la ragazza incontra Tomoro per strada e gli chiede di accompagnarla in un luogo dove poter parlare da soli, ma una volta tornato alla base Tomoro inizia a comportarsi in modo diverso dal solito e a coccolare Gekkomon.

Mentre si trova all'ospedale per visitare suo fratello Asuka, Tomoro incontra una ragazza misteriosa che afferma che i Digimon non hanno colpe ed è il mondo a essere buggato. Poco dopo, il ragazzo viene contattato dagli altri membri della Glowing Dawn, che stanno indagando su un caso di omicidi seriali in cui è coinvolto un Digimon, e una delle vittime è ricoverata proprio in quell'ospedale.

Reina deve infiltrarsi in un fan meeting organizzato da un famoso attore per indagare su un caso di scomparse misteriose di giovani donne in cui è coinvolto un Digimon ignoto. Nonostante gli abiti e gli accessori forniti da Maki, la ragazza dovrà sfruttare tutto il suo fascino per fare colpo sull'attore e ottenere l'invito a un tea party privato.

La Glowing Dawn riceve una richiesta di lavoro direttamente dal presidente delle industrie Kuonji, ovvero il padre di Makoto. L'uomo vuole che il team di Cleaner indaghi sul recente attacco alla sede dell'azienda da parte di un Digimon ignoto in cui è rimasto ferito suo figlio Tsukasa, il gemello di Makoto.

Tomoro fa la conoscenza di Chihiro, una bambina che vive nello stesso condominio di Hitomi e che per un lungo periodo di tempo è rimasta chiusa nella propria stanza, finché un giorno non è nato un Digimon dal suo Sapotama. Nel frattempo, la Glowing Dawn viene contattata da Maki per un lavoro urgente riguardante un Digimon particolare e pericoloso.

Quando piove a Maki piace preparare il caffè ricordando il passato. All'epoca, i Digimon erano un fenomeno emergente e il concetto di Cleaner non esisteva ancora, ma gli scontri tra proprietari erano comuni e spesso con esiti tragici. Durante quel periodo, Maki incontra un Digimon che ha perso il proprio proprietario ed è in cerca di vendetta.

I ragazzi della Glowing Dawn sono invitati a un ristorante sul mare gestito da Hotaruko e Granit, che vogliono sdebitarsi per tutto ciò il loro aiuto. Mentre si stanno godendo gli okonomiyaki, Chiropmon capta Raito che è svenuto per la fame sulla spiaggia, così Hotaruko gli prepara qualcosa da mangiare. Nel frattempo, un gruppo misterioso ha preso di mira gli ex membri del Tactics Team 7.

La Glowing Dawn risolve un caso di rapimenti seriali in cui è coinvolto un membro di GIFT, ma il Ministero della protezione civile decide di rilasciare il complice così che possa condurli dal leader dell'organizzazione. Mentre Tomoro lo sta pedinando, l'uomo viene messo a tacere e il suo Sapotama riceve un messaggio misterioso di Miharu che chiede al ragazzo di presentarsi da lei da solo.

Reina and Pristimon train hard to prove Rose wrong. Meanwhile, GIFT is orchestrating a series of bombings targeting World Union-related facilities. Feeling anxious, Reina loses focus and the culprit gets away, leaving her feeling discouraged.

Tomoro Tenma lives in a world where human thoughts and emotions power AI devices called Sapotama; but when Digimon begin materializing from Sapotama and feeding on e-Pulse, society begins to fracture.

Tomoro, Rose and the others enter the GIFT base. Miharu takes control of Shangri-La Egg's systems, taking the residents hostage, to pressure Chairman Wong into revealing the existence of Digimon. When questioned, Miharu brings up Chifuyu's wish…

Tomoro and the others secretly prepare a party for Kyo, who spends a peaceful time reaffirming their family ties. Meanwhile, Kawarazaki receives a report of a man who escaped from prison by using a Digimon.

Meto and Kanon attack the Glowing Dawn, looking for Kyo Sawashiro. Meanwhile, at Nirinso, Souji Kuroshio attempts to quench his thirst by threatening to destroy everything Kyo treasures, demanding Kyo return to his old self.

Tomoro is shocked to learn from Klay the identity of the former Five Star, Souji Kuroshio, but is once again resolved to get Kyo back. Meanwhile, Kyo reminisces about the days he spent at the old observatory as he heads out to settle the score.

Tomoro and the others find themselves struggling against Souji's three Ultimate Digimon. Finding his resolve, Kyo defeats Souji, and Tomoro tries to stop him by reminding him of the Glowing Dawn's rule, but…

Kyo joins Tomoro on a hospital visit to see Asuka for the first time in a while. On the way, Kyo shares his memories of Asuka which were unknown to Tomoro. Within them lies the hidden truth behind the birth of Cougarmon.

Tomoro is shocked by Asuka's sudden appearance with a Digimon partner. Meanwhile Kishiwada arrives at Apraxas, after having been appointed as the new Star of Earth. The final piece needed to complete the Shangri-La Project is…

Kyo and the others rush to rescue Tomoro when Kaito appears, intent on settling a score. They split up, and Reina faces Honoka, while Makoto fights Kishiwada. Kaito, seeking to be the strongest, smirks as a fierce pulse wraps Flaremon in light…

Tomoro resolves to bring Asuka back, so with his family he confronts Heliosboamon. Suddenly, Kanada and Gokuwmon show up and force Tomoro onto the defensive, but what is their real motive…?

Waking up at Nirinso, Tomoro is grief-stricken. Meanwhile, Chairman Wong announces he will eliminate all “glitches” known as Digimon to create an ideal world. Then, a new Five Star launches an attack on Nirinso.

The Glowing Dawn charges into Apraxas to save Asuka. With the help of their allies, they manage to get in, only to find Chairman Wong and Kanada blocking Tomoro’s way. Monarchlizamon engages in a fierce battle with his rival Gokuwmon, but…

Sanzomon finally reveals their true self and begins to absorb e-Pulse from humans to create an ideal world for the Digimon. With renewed resolve, Tomoro and the others confront Seitengokuwmon to save Gekkomon and Asuka.

Tomoro and Asuka enter the final battle for the sake of a new future for humans and Digimon. However, they find themselves in a pinch when facing the overwhelming strength of Seitengokuwmon. Then, a bright light shines from Atratusmon's Sapotama.