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人类迎来了全新的变革，在其背后出现了被称为数码暴龙的可怕生命体，天马得知同班同学被冻结后情绪激动，他认为此事与自己有关，此时，天马的辅助蛋突然发光，守宫兽出现了。

一只神秘的数码兽出现，吃掉了天马智郞。这只来历不明的数码兽口中更说出了小瞳的名字。另一边厢，智郞遇见清道夫「闪耀黎明」队长泽城京，泽城京的一句话让智郞大吃一惊。

智郞和月光壁虎兽中了鬣狗兽的计，进入了网络的虚拟空间镜中世界。智郞决心要夺回小瞳的辅助蛋，让她恢复如初。

玲奈对京委托的下一项工作充满热情。然而，由于智郞的失误，马赫兽逃脱了。身为新人，智郞无法理解玲奈对「闪耀黎明」团队的执着。

智郎在光之滨东商店街看到有人闹事，此时，熊猫兽出现了。月光壁虎兽多了一个新朋友，对方说要和物成为平起平坐的兄弟。

熊猫兽对老板被伤感到愤怒，但牠内心却在自己的情感和骑士精神的教诲之间摇摆不定。明天，牠准备想阿斯塔兽发起挑战。

玲奈一行人發現了一位被數碼獸襲擊、濒臨「冰心」的登山者。他們雖然確定是數碼獸所為，但卻不知道數碼獸沒有把人吸到徹底凍結的原因。

最近接二連三地有高中生失蹤，事發地點是智郎的學校。智郎和瞳一起寻找失蹤的亞子。

閃耀黎明成員潛入香格里拉蛋，抓捕通緝犯。他們誤進了一個危險的地方，黃金鼻涕獸出現了。

誠的兜帽蝠獸被春子帶走了，春子把數碼獸當成玩具。誠因為自己的軟弱導致兜帽蝠獸受苦而感到苦惱。

智郎外出為飛鳥購買生日禮物，卻因為圍巾的選擇和月光壁虎獸發生了爭執。與智郎分別後，月光壁虎獸悶悶不樂，這時一隻會釋放毒氣 的數碼獸出現在他面前。

智郎后悔自己害到京和月光壁虎兽受伤，他开始重新面对自己作为清道夫的工作。

五行星齐聚一堂召开会议，议题是心冻症事件增加和灾难级数码兽出现。与此同时，智郞和他的朋友们遇到了三个奇怪的人。

怀恨在心的战术小组趁着京不在，企图把闪耀黎明全部猎杀殆尽。传说中最年轻的战术小组对上壁虎月光兽等人，但是...

怀恨在心的蘑菇团决心要打败闪耀黎明。红鼻屎兽制服了月光壁虎兽等数码兽，剩下的幼年期数码兽只能在暗处观望...

玲奈和格拉尼特被傅送到一座寒冷的雪山。尽管他们不和，但也一起寻找能脱身的线索。

在追捕的过程中，闪耀黎明和战术小组发生了冲突。萤子的弟弟妹妹们刚好也在场，误 把阿诚当成了萤子的同事，邀请他到自家的大阪烧店吃饭。

智郎等人发现了一个晕倒的男子，并为他做了火锅。战术小组要求闪耀黎明交出该男子，在危急之下，他丢下了自己的数码兽。

智郎一行人发现外界正流傅著世界知名慈善家克莱·阿尔斯兰所举办的慈善拍卖会，背后其实另有内情，于是接受国民保护省的委托，到拍卖会现场进行调查。

智郎和月光壁虎兽被猴子数码兽带走，进入了镜中世界的竞技场。他们发现有人在用数码兽的战斗做赌局...

闪耀黎明的成员们赶往智郞身处的地方，智郞前往竞技场的地下室营救被带走的赖人。

为了实现克莱的愿望，内藤无情地瞄准了京。五行星之一的水星深渊穗香出现，宣告她前来狩猎克莱和战术小组

智郞和他的朋友们前往竞技场营救那些被冻住的人。与此同时，克莱正稳步筹划着实现自己的野心。

为了救阿晶，智郞与「五行星」的「土星」展开战斗。面对他压倒性的力量，智郞毫无招架之力，他的家人也因此受伤。愤怒吞噬了友郎，他彻底陷入狂暴状态。

智郞和他的朋友们在一艘豪华游轮上度过了一个短暂的假期，并遇到了受欢迎的表演者星星人。对诚和兜帽蝠兽而言，他是传说中的清道夫。

晴臣与突击龙兽重聚，但同时也遇到了虚弱的褶襟蜥蜴兽。这两只数码兽都想成为晴臣的拍档，于是采纳了月光壁虎兽的建议，决定用一场厨艺对决来解决彼此的竞争。

小瞳与智郞久别重逢，但似乎有些不对劲。小瞳身上缠着一条奇怪的绷带，这让智郞等人开始对数码宝贝表现出亲密的举动。月光壁虎兽和其他数码宝贝吓得逃走，向真希求助.....

智郎去医院探病，并遇到了一位神秘少女。同时，闪耀黎明成员也前往医院抓捕连续杀 人犯。在那里，却遇到了一位迷恋数码宝贝的支持者，以及一只对送货有著异常执念的 数码宝贝。

为了调查数码兽事件，玲奈潜入了年轻演员浦户的粉丝见面会。在会场中，她遇到了 「美之传教士」，同时也是五行星之一的萝丝。玲奈在不习惯的场合中感到不知所措， 而就在此时，前来向她搭话的浦户，其真实身份竟然是...

应久远寺工业社长的请求，闪耀黎明再次造访香格里拉蛋。真琴和兜帽蝠兽在聆听住院 的双胞胎弟弟阿司的证词时，神情凝重。随著调查的深入，真正的幕后黑手也逐渐浮 现。

智郎在海边遇见了一位带著数码兽的隐居女孩。真希告诉智郎和他的朋友们有紧急案件 委托，湾岸地区出现了一种极其危险的数码兽。这时，两名清道夫出现，朝女孩走来。

情报商人不断被袭击，下一个被制裁的会是真希。为了撇清自己与其他数码兽的关系，真希想到了一个主意......

智郞和他的朋友们来到萤子经营的海滨小店 。正当他们享用当地特制菜式时，却发现有黑影在暗中注视着他们......

三玉银行行长的女儿被勒索赎金，赎金是天价数目。于是委托闪耀黎明出手帮助，团队想出一个计划，抓住这个连环绑匪。

GIFT对世界联合的机构发动了一系列爆炸攻击。玲奈感到焦虑不安，注意力难以集中，导致目标逃脱，并因此感到沮丧。

绑架了王会长的GIFT组织为了实现其真正目的，开始对全世界的辅助蛋进行倒数计时。同时，智郎在镜中世界与美晴相遇。

京和萝丝突袭了GIFT的行动基地－神殿。美晴控制了香格里拉蛋系统后，挟持了居民，并向王会长施压。

智郎和朋友们正秘密地为京准备派对，庆祝闪耀黎明两周年。京则度过了一段平静的时光，重温了家人之间的情谊。

阿京和丛雨兽成了通缉犯。黑潮宗治为了满足自身的渴望，出言威胁要毁掉对京而言至关重要之物。

虽然托莫罗对克雷所揭露的前五行星黑潮宗司的真实身份感到震惊，但他再次下定决心要带回京。另一方面，为了了结恩怨而前往决战现场的京，不禁回想起昔日在天文台度过的日子。

闪耀黎明团队前往营救阿京，进行了一场激战。最终，下定决心的阿京压制住了宗治。智郎试图找方法阻止京，但是…

智郎带著想见飞鸟已久的京，前往医院探望。在前往医院的途中，京讲述了连智郎都不知道的、关于他和飞鸟的回忆。

智郎与哥哥飞鸟重逢，飞鸟竟说需要智郎的e-脉冲，并指示自己的数码兽光辉巨蟒兽攻击智郎…

当大家冲上前去救智郎时，海斗出现了，他来解决问题。两人分道扬镳。烈焰兽脉动著，周身被光芒笼罩，而追求极致力量的海斗则发出了一声挑衅的笑声…

智郎下定決心，要救回失去意識的飛鳥。他與成員們一起迎戰，然而金剛玄奘和孫悟空獸卻突然亂入戰局…

在二轮草醒来的智朗神情悲伤。与此同时，王会长宣告要清除被视为漏洞的数码兽，打造一个理想世界。然而，就在这时，新的五行星突然来袭，向二轮草发动攻击。

为了营救飞鸟，闪耀黎明突入了Abraxas。在伙伴们的协助下，智郎终于抵达目的地，却遭到了王会长与金田的阻拦。

终于显露真身的三藏兽，为了实现数码兽的理想乡，开始从人们身上吸收「e-脉冲」。重拾决心的智郎等人，为了夺回月光壁虎兽与明日香，毅然向齐天悟空兽发起了挑战…

智郎与飞鸟为了人类与数码兽的崭新未来，向最终之战发起了挑战。然而，面对齐天悟空兽那压倒性的力量，他们陷入了绝境。